1. 琴酒与赤井秀一
《名侦探柯南》中的赤井秀一没有死。
在TV504中为了帮助卧底进入组织的水无怜奈，重新进入组织并骗取琴酒的信任，假装被枪击身亡。
之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀，期间知晓了柯南的真实身份。
TV782中暂时回归，后继续使用冲矢昴的身份。
2. 琴酒与赤井秀一是官配吗
阿笠博士。
小哀变成小学生后，住进了阿笠博士家，两人也可谓相互照应。阿笠博士是发明天才，柯南的许多装备都出自博士之手。可博士在生活方面就比较“白痴”，单身一人也没个贤内助照顾，此时小哀人小鬼大，就肩负起了照顾阿笠的任务，会顾虑博士的“三高”，监督博士的饮食作息。而小哀变小后，也没有亲人，唯一的姐姐离世，与博士吵吵闹闹，生活也有份寄托。
与其说是cp，更像是心灵之友吧。
3. 琴酒和赤井秀一
因为水无怜奈的被琴酒怀疑，所以导致赤井秀一被“杀”，不过柯南设计好了手法，让赤井秀一死里逃生。
再利用工藤有希子的易容术，让赤井秀一以冲矢昴的身份活下去。其实一开始的意义大一点，但是随着越来越多人知道赤井秀一还活着的信息，那么冲矢昴存在的意义就更少了一点。
4. 琴酒与赤井秀一琴酒怀孕初期被赤井发现
名侦探柯南赤井秀一和琴酒对狙发生在第463集《黑色冲击 组织魔爪伸来的瞬间》。
剧情中，柯南为了调查门铃恶作剧将窃听器贴在水无怜奈鞋子上但是却突然发现她来自黑衣组织。水无怜奈被窃听的事情被琴酒发现后很快将矛头对准毛利小五郎，而知道这件事的赤井秀一则到了对面的高楼进行狙击，打掉了琴酒的狙击枪并且子弹在琴酒脸上擦伤却没有更多伤势。
5. 琴酒与赤井秀一话本小说
赤井秀一没有被杀死，属于假死。
水无怜奈回到组织后以身体原因为由辞去了主持人一职。因其身份受到Boss和琴酒等组织成员的怀疑，被要求杀死赤井秀一以证清白。在来叶山道向秀一开枪并引爆了秀一车上的炸药，使秀一得以实现假死的计划。
之后将黑衣组织派出新成员侦探波本来追查雪莉（宫野志保，即灰原哀）下落的情报传达给FBI，让FBI和柯南等提早应对。后有一外貌很像秀一的神秘男子出现，右脸有烧伤，疑为没有死的秀一。
之后琴酒因听伏特加（Vodka）提到伤疤赤井出现，而怀疑基尔并没有杀死赤井秀一，并把她叫了出来，准备在证实该男子确为赤井秀一后就杀掉基尔。但最后因贝尔摩得带来Boss口信证实伤疤赤井为波本假扮，琴酒相信赤井已死并下令撤退。基尔也重新得到信任。
水无怜奈在FBI的协助下重新进入黑衣组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
6. 琴酒与赤井秀一宿敌
在425集中，赤井秀一射了一枪给Gin，说“终于见到了，我拿可爱的宿敌，”恋人”先生。他们俩并不是恋人
7. 琴酒与赤井秀一对狙的集数
第176集：与黑暗组织的再会（灰原篇）
第177集：与黑暗组织的再会（柯南篇）
第178集：与黑暗组织的再会（解决篇）
第309集：与黑衣组织的接触（交涉篇）
第310集：与黑衣组织的接触（追踪篇）
第311集：与黑衣组织的接触（决死篇）
第345集：与黑衣组织正面对决 满月之夜的二元推理
第425集：黑暗冲击！被组织的魔爪触碰的瞬间
第464集：黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
第465集：黑衣组织的影子 珍珠的流星
第497集：红与黑的碰撞 觉醒
第499集：红与黑的碰撞 伪装
第500集：红与黑的碰撞 遗言
第501集：红与黑的碰撞 嫌疑
第502集：红与黑的碰撞 洁白
第504集：红与黑的碰撞 殉职
8. 琴酒与赤井秀一对狙的漫画集数
名侦探柯南朗姆篇起源于绯色的真相，在结尾的时候赤井秀一表示组织no.2出动了，代号为朗姆。
朗姆篇的集数如下：
845-846 三个第一发现者（朗姆身份线索）
865-867 县警的黑暗（【候选人】黑田兵卫初登场）
891-892 关系不好的女子乐队（回忆中的苏格兰威士忌）
916-917 与17年前同样的现场（羽田浩司案相关）
918-919 灵魂侦探杀害事件（琴酒最近一次出场）
921-922 背叛的舞台（安室透与赤井秀一的恩怨来由）
936-937 涟漪中的魔法师（赤井一家）
944-945 新老师的骸骨事件（【候选人】若狭留美初登场）
949-950 隔壁的江户式推理秀（【候选人】胁田兼则初登场）
951-952 手臂白皙的女人（朗姆三选一）
964-965 燃烧帐篷的怪物（黑田VS若狭）
998-999 寻找玛丽亚（BOSS身份揭晓）
1009-1011 充满谜团的鸡尾酒（红茶会谈）
9. 琴酒与赤井秀一同居
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。