1. 假如琴酒失忆
第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。
第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）
第6集，铃木园子首次登场。
第7集，小兰首次怀疑柯南身份。
第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。
第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。
第14集，广田雅美首次登场。
第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。
第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。
第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。
第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。
第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。
第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。
第118集，帝丹小学小林老师首次登场。
剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。
第124—125集，组织的杀手沼渊己一郎犯案。
第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗杀。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。
第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）
第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。
第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。
第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。
第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。
第181—182集，新出智明登场。
第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店和琴酒交手，成员皮斯可被杀。贝尔摩德登场，奉命寻找雪莉。
第203—208集，生死篇；柯南因保护少年侦探团而负伤，小兰第三次怀疑柯南身份；紧接着，柯南再次恢复身体，扮演黑衣骑士解决案件，和小兰在饭店约会时药效到期。
剧场版5，天国篇；琴酒枪杀电脑工程师原佳明，炸掉西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。柯南用夏威夷学的车技拯救侦探团。
第233—234集，目暮警官的秘密。
第235—238集，黄昏篇；黑羽快斗第二次登场，怪盗基德VS工藤新一；黄昏之馆内家具都有乌鸦的标记，主人是半个世纪前去世的富豪乌丸莲耶。
第241—243集，人鱼篇；组织在自称长生不老的人鱼岛留下的痕迹；疑似与雪莉、琴酒、伏特加、波本有关。
第245—246集，朱蒂老师首次登场。
第249集，贝尔摩德调戏琴酒，易容成新出医生坐公交试探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登场，和朱蒂一起追查贝尔摩德。
第250集，公交车抢劫案解决，柯南救下灰原哀，引起贝尔摩德注意。
第261集，柯南得知琴酒是个左撇子。
第265—266集，灰原哀的高冷个性开始转变。
第272—273集，小兰与赤井秀一偶遇。
第277集，詹姆斯登场，并被歹徒绑架。
第278集，侦探团解决案件，赤井秀一接走詹姆斯。
第291—292集，高木警官告诉柯南关于小五郎资料被盗的事；赤井秀一开始监视毛利侦探所。
第293—294集，小兰开始回忆赤井秀一；贝尔摩德注意灰原哀。
第299集，贝尔摩德的身份暴露，柯南查出来克莉丝•温雅德是组织成员。
第300集，服部平次VS朱蒂老师。
第301—302集，柯南得知克莉丝•温雅德曾经出现在母亲的葬礼，说出了神秘的女人更有魅力的名言。
第306—310集，纽约篇；女明星莎郎•温雅德登场，克莉丝•温雅德是她女儿；一年前工藤解决案件后，小兰偶遇赤井秀一得知他是FBI，并救下贝尔摩德易容的公路恶魔；从此贝尔摩德被感化，称呼小兰“angel”。
第311—312集，沼渊己一郎被判死刑，柯南得知他是组织的成员。
第326—329集，松田阵平首次登场，最后牺牲。
第332—336集，接触篇；第二次掌握组织线索，龙舌兰在威胁游戏工程师板仓卓开发软体。柯南取走板仓卓的日记光盘，在小兰口中得知赤井秀一是FBI。最后，伏特加指纹差点被柯南录取，幸亏有琴酒出现。
第354—355集，阿笠博士回忆灰原哀父亲，宫野厚司。曾出现在新科技发布会，被称为疯狂的科学家。母亲爱莲娜是英国人，宫野厚司留学时相识。
第360—370集，为满月对决做准备；灰原哀重病不起，贝尔摩德以新出医生身份看病，窃听得知雪莉变小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司爱莲娜留给灰原哀的录音带；赤井秀一得知灰原哀是宫野志保，FBI开始暗中保护灰原哀；小兰怀疑朱蒂老师是坏人。
第371—375集，满月篇；贝尔摩德开始追杀雪莉，莎郎和克莉丝以及新出三重身份暴露，曾在二十年前杀死朱蒂父亲，在码头与朱蒂 赤井秀一枪战，小兰救下灰原哀；最后贝尔摩德没有上报柯南和灰原哀的事，因为小兰是她救命恩人，组织boss邮件按键声被柯南录下；赤井秀一和朱蒂身份都揭晓；组织成员卡尔瓦多斯自杀。（主线剧情的高潮，满月对决）
第386—387集，怪盗基德的空中漫步。
剧场版3世纪末的魔术师，怪盗基德得知柯南身份。
第392—393集，真正的新出医生回归。
第419―421集，柯南得知组织boss邮件按键声是日本童谣《七个孩子》。
第428—430集，柯南准备查找boss邮件地址被灰原哀阻止，声称是“潘多拉的魔盒”。
第455―456集，阿笠博士的初恋故事。
第459—463集，冲击篇；FBI和柯南阻止琴酒领导的暗杀活动；基安蒂 科恩 水无怜奈登场；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀一与琴酒对狙，水无怜奈车祸被FBI运往杯户医院。（为红黑对决做准备）
第467—468集，本堂瑛佑登场。
第497―498集，京极真大战黑道组织泥惨会。
第502—505集，贝尔摩德出动调查水无怜奈下落，本堂瑛佑引起柯南怀疑。
第509―510集，怪盗基德盗窃四幅名画。
第512―513集，黑羽盗一和幼年快斗登场，柯南得知KID名称来源于工藤优作。
第519—522集，服部平次和柯南互通情报，白马探登场。
第527—528集，本堂瑛佑父亲是CIA的事情揭晓。
第538—550集，红黑篇；安德烈卡迈尔登场；琴酒用计将水无怜奈夺回组织，成员楠田陆道自杀；詹姆斯告诉柯南，赤井秀一曾前往组织当卧底化名诸星大，代号黑麦，与宫野明美谈恋爱深入组织。两年前准备计划逮捕琴酒，却不小心暴露身份，返回美国后宫野明美就遭到了杀害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；最后，赤井秀一假死，让水无怜奈获得信任成为FBI情报员，使用楠田陆道尸体逃脱。除詹姆斯外都以为赤井秀一真死；水无怜奈发来短信，组织推理能力高超的波本已经开始行动。（主线剧情的大高潮，红与黑的碰撞）
第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，并前往美国准备加入CIA。
剧场版13，漆黑篇；柯南第一次与组织正面对决；成员爱尔兰易容成松本管理管参加警视厅会议，寻找被连续杀人犯取走的组织SD卡，得知柯南真实身份工藤新一。最后，爱尔兰被琴酒命令基安蒂狙击杀死，临死前弃暗投明保护柯南，柯南从东京塔上跳落用足球腰带绑住安全帽击落琴酒的直升机。贝尔摩德称柯南为“银色子弹”。
第556―558集，冲矢昴登场，真实身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家，暗中保护灰原哀。
第562―563集，怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集，死罗神事件，柯南第三次恢复身体。
第588―589集，怪盗基德VS最强金库。
第593―594集，鱼儿消失的一角岩事件，冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集，诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集，银行抢劫案；伤疤赤井秀一登场，引起朱蒂注意。
第629―632集，目标篇；伤疤赤井秀一再次登场，实际上是波本假扮，行动试探FBI探员。引起琴酒的注意，准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井，被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集，白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集，怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集，伦敦篇；柯南第四次恢复，在英国伦敦遇到案件，自称“福尔摩斯的弟子”，并在大本钟下向小兰表白；世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集，灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集，怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集，世良真纯登场，转入帝丹高中。
第702―707集，毒恨篇；世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意，将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集，冲矢昴窃听柯南和阿笠博士，得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场，组织代号：波本； 拜毛利小五郎为师，在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南，获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集，灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集，安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集，灰原哀第二次恢复身体，引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集，列车篇；有希子和贝尔摩德见面，琴酒和伏特加准备炸掉车站，冲矢昴救下世良真纯和灰原哀，安室透身份揭晓，怪盗基德救场，雪莉被报告死亡。
第757—758集，安室透依旧在隔壁咖啡厅打工，并看见了柯南使用麻醉针。从此，安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集，安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集，怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集，小兰回忆自己似乎在以前见过世良，看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集，“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集，柯南向朱蒂通风报信，安室透和贝尔摩德一起行动，窃听对话。
第797―800集，怪盗基德VS京极真。
第807―808集，红衣女事件；世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥，她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集，世良•玛丽首次出现，照片在世良真纯的手机上显示。
第812集，世良真纯告诉柯南 小兰 园子，她曾经去过美国，回国后准备前往二哥那里居住被拒绝，父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住；他们前往世良真纯居住的酒店去玩，遇到杀人案，柯南趁机安装窃听器。
第813集，世良•玛丽识破柯南的阴谋，让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集，柯南向灰原哀通风报信，领妹的事情。
第823―824集，柯南得知安室透的第二个代号“零”；安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀，称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集，绯色篇；赤井秀一假死计划暴露；安室透真实姓名降谷零，日本公安卧底身份揭晓，开始调查楠田陆道自杀的手枪；朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着，水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。（日本公安加入与黑衣组织的对决）
第838―839集，羽田秀吉再次登场，知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手，世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集，大和敢助的左眼受伤，疑似朗姆；黑田兵卫在长野县登场。
第868集，安室透的调查，被琴酒盯上。
第891―892集，苏格兰登场在回忆，成为赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集，羽田秀吉输掉比赛，和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字，想起组织死亡名单也有羽田浩司，把这件事告诉了柯南。
第916―917集，柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案，破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆，资产家阿曼达和羽田浩司一起死去，浅香是她的保镖；冲矢昴告诉柯南，羽案是让他加入FBI的重要案子，和他父亲有关。
第918―919集，柯南继续调查羽田浩司案，小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集，苏格兰自杀原因揭晓，柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案，降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20，纯黑篇；库拉索前往公安内部找卧底名单，得知赤井秀一还活着被狙击轮胎，失忆流落东都水族馆；风见警官登场；组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀，柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机，库拉索牺牲。
第933―934集，世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集，涟漪篇；柯南终于想起来，十年前在英国海滩边玩见过世良一家；柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”，“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI，提及赤井武务。
第940―941集，大冈红叶与伊织无我首次登场；大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集，帝丹小学新老师若狭留美登场，开始一步步试探柯南。
第949―950集，胁田兼则登场，刻意接近小五郎，还有一个义眼，十分诡异。
第951―952集，若狭留美武力拯救侦探团，上了新闻。引起胁田兼则的注意，她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集，黑田兵卫也在调查羽田浩司案，并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人，揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集，剑道大赛；冲田总司首次登场，撩小兰引起柯南不满；大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集，柯南获得灰原哀信任，风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集，柯南第五次恢复，参加京都修学旅行遇上案件，破解案件后和小兰亲吻，开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999，修学篇；工藤新一出现在清水寺暴露，引起轰动。最后，工藤优作和有希子回国帮忙解围，并解开羽田浩司案的真正暗号，乌丸。柯南推理出乌丸莲耶，疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一，让降谷零搜集情报。
第1009―1011集，降谷零回忆宫野明美和爱莲娜，似乎与乌丸集团有关系；紧接着，降谷零夜潜工藤家，被赤井秀一逮着。然后，和有希子和工藤优作开始了红茶谈话。
2. 琴酒失忆是哪一集
第五名：库拉索
黑衣组织成员，黑衣组织二把手朗姆的心腹，一次被组织派出调查卧底在组织的名单时被日本公安警察发现，在她开车逃离时被赤井秀一用枪击中了车轮，车子失控落入河中，而后失忆，失忆后遇到少年侦探团，并逐渐被感化，最终为了挽救即将被失控的摩天轮辗轧的众人而牺牲。
第四名：琴酒
他是一个传奇，是柯南中时代的缩影。原本的设计可能是柯南的反面，直接敌人。
这位兄弟，从刚出场时的装狠瞪人、拿钢管子敲人头的小混混，逐渐转变成了如今的百步穿杨、用眼珠子停卡车的真大佬，跨度之大，可谓传奇。
第三名：贝尔摩德
是黑衣组织的重要成员，其真实身份是美国女明星莎朗·温亚德，由于某种特殊原因而停止衰老，所以后来对外宣称是“莎朗的女儿”——克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。
在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”所欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。
贝姐肯定不是纯黑的，尽管她在组织里地位不俗。在对待其他人时，该如何就如何，这时候是黑色的。对待柯南和小兰，就是亲妈级别的保护和喜爱。对待灰原时，可能与她开发的药物有关系，所以是恨到骨子里的。这个女人是很有魅力的，也许有一天会洗白。
第二名：怪盗基德
黑羽快斗是一个很有悲情色彩的天才偶像人物。
一个背负着第二个身份和寻找真相的计划，最尊敬的父亲去世的痛苦，家里没有其他的亲人的可怜高中生。
但是他又很乐观，接下了这样的重任，又自己找到了心理平衡。第一次行动结束以后，他撑着滑翔翼对自己说，“做怪盗基德的感觉，不错嘛。”
我们喜欢黑羽快斗，不仅是因为黑夜中的一袭白衣，也不仅是他与各方斗智斗勇的帅气形象，更多的是理解他的孤独后，看到他表现出的乐观和坚韧。
第一名：黑影君
黑影人是《名侦探柯南》出场集数最多的配角，他一般有着智慧的头脑，敏捷的身手以及出色的特长，黑色是他的代表色，其真身基本上是案件的犯人，真相揭开时会显出真身，有时也代表有鬼鬼祟祟的好人。可以用来代表男性也可以用来代表女性。
他/她是《名侦探柯南》中最勤劳最乐于奉献最有职业道德的主要配角演员，无论是漫画版、TV版还是剧场版，始终默默无闻地出场演出暴力血腥镜头，为了每一集的主题频繁变性，甚至为了顾全剧情大局不惜全裸出镜，无数次不顾人身安危参演全部暴力场面，浪费无数脑细胞布置命案现场，为了上镜效果更出众还努力拼命锻炼出一身好肌肉/好身材，甚至不惜漂白牙齿。
3. 琴酒丢了一个她
动力火车
4. 然而琴酒又做错了什么?免费
是剧场版第5集，《名侦探柯南：通往天国的倒计时》。
《名侦探柯南：通往天国的倒计时》是由儿玉兼嗣执导，高山南、山崎和佳奈、神谷明等人担任主要配音的动画电影，讲述了柯南解决了围绕日本第一高楼发生的连环杀人案件的故事。
该片是《名侦探柯南》剧场版的第5部作品。于2001年4月21日在日本首映。
5. 然而琴酒又做错了什么下载
1、皮斯科
在组织中，皮斯可是一位靠着组织的力量成为成功的企业家，与Boss关系密切，是黑衣组织中元老级成员。对外宣称，他的名字是枡山宪三，不知道是化名还是真名。因为在暗杀政治家吞口重彦的行动中被摄影师拍到，留下重要杀人证据，在Boss的命令下被琴酒灭口。
2、龙舌兰
在组织中，龙舌兰是一位体型高大，面目狰狞的凶大汉。他个性十分凶暴，对于柯南这种小孩子都能毫不留情下脚猛踹，说话带有浓厚的关西口音，让人不敢接近。在一次与和满天堂游戏公司社员中岛英明进行交易后，龙舌兰由于错拿了装有炸弹的手提箱，结果被炸死了。
3、卡尔瓦多斯
组织中，卡尔瓦多斯是一名狙击手，与基安蒂和科恩是搭档。他因为喜欢贝尔摩得，所以总是协助她进行任务。作为一名杀手，他擅长用来福枪、猎枪、手枪等武器，不过他最喜欢的还是霰弹枪。在贝尔摩得与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。正是因为他的死，使得基安蒂和科恩无比讨厌贝尔摩得。
4、爱尔兰酒
爱尔兰酒登场于剧场版《漆黑的追踪者》，他的观察能力与智力都很高，格斗技术更是一流，以一己之力能打昏七名警官。曾在贝尔摩得的帮助下，他易容为松本清长潜入警视厅去拿回存有组织成员名单的闪存卡。他与组织中的皮斯可的关系很好，他是将皮斯可当成父亲来敬重的，所以对于杀死皮斯可的琴酒恨之入骨，因此他识破柯南就是新一时，就想将他带到Boss面前，证实琴酒的失职。后来因为他的身份被暴露，所以琴酒想杀他灭口，最后在东京铁塔上，爱尔兰酒为了保护柯南而被基安蒂射杀，在死之前，他鼓励新一“无论如何都要追下去”。
5、苏格兰威士忌
苏格兰威士忌是日本公安打入组织的卧底，与波本安室透是好朋友。后来因为卧底身份曝光，所以他选择自杀身亡。
6、司陶特
在组织中，他是M16(英国军情六处)打入组织的卧底。因为库拉索偷盗了各国打入组织的卧底名单而暴露，最后被科恩射杀于巴士中。
7、阿夸维特
在组织中，阿夸维特是CSIS（加拿大安全情报局）派入黑衣组织的卧底，后因卧底身份暴露，被基安蒂射杀。
8、威士莲
在组织中，她是BND（德国联邦情报局总部）派入组织的卧底，后来卧底身份被曝光，在柏林被琴酒杀死。
9、库拉索
在组织中，库拉索是黑衣组织二把手朗姆的心腹，由于其大脑拥有记忆存储功能而被重用。她身手矫健，曾以一己之力进入公安厅偷盗走各国的卧底名单，并在警方的重重追捕中成功脱身。后来因为撞击失去记忆并且流落到东都水族馆，在那里她得到少年侦探团帮助后被感化，决定背叛组织。最后为了阻止被琴酒他们射落而掉下的摩天轮砸中避难所的游客以及为了救下摩天轮上的少年侦探团，库拉索驾驶吊车阻止摩天轮，由于摩天轮重量巨大，碾轧了其所在的驾驶室。
6. 《然而琴酒又做错了什么》
首先更正一下你的错误，琴酒和小兰没有直接接触过。称呼小兰为天使的是黑衣组织的贝尔摩德。
在新一喝小兰去纽约看望有希子的时候，遇见了贝尔摩德（她当时的身份是美国的大明星沙龙温亚德，和有希子是很要好的朋友）。当时在和贝尔摩德谈话的过程中，提到了天使，沙龙温亚德悲伤的说天使从来就不存在，它从来就没有帮助过她，甚至从来就没有对她微笑过。结果，后来的一天晚上，贝尔摩德化妆成白发杀人魔要击杀赤井秀一时，不敌赤井秀一，被他打伤。后来遇到了小兰和新一，在掉下楼后被小兰和新一救了。过后，沙龙温亚德对有希子说，真的有天使，她的天使对她微笑了。所以称呼小兰为天使。
7. 琴酒变小后失忆文
第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。
第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）
第6集，铃木园子首次登场。
第7集，小兰首次怀疑柯南身份。
第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。
第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。
第14集，广田雅美首次登场。
第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。
第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。
第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。
第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。
第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。
第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。
第118集，帝丹小学小林老师首次登场。
剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。
第124—125集，组织的杀手沼渊己一郎犯案。
第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗杀。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。
第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）
第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。
第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。
第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。
第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。
第181—182集，新出智明登场。
第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店和琴酒交手，成员皮斯可被杀。贝尔摩德登场，奉命寻找雪莉。
第203—208集，生死篇；柯南因保护少年侦探团而负伤，小兰第三次怀疑柯南身份；紧接着，柯南再次恢复身体，扮演黑衣骑士解决案件，和小兰在饭店约会时药效到期。
剧场版5，天国篇；琴酒枪杀电脑工程师原佳明，炸掉西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。柯南用夏威夷学的车技拯救侦探团。
第233—234集，目暮警官的秘密。
第235—238集，黄昏篇；黑羽快斗第二次登场，怪盗基德VS工藤新一；黄昏之馆内家具都有乌鸦的标记，主人是半个世纪前去世的富豪乌丸莲耶。
第241—243集，人鱼篇；组织在自称长生不老的人鱼岛留下的痕迹；疑似与雪莉、琴酒、伏特加、波本有关。
第245—246集，朱蒂老师首次登场。
第249集，贝尔摩德调戏琴酒，易容成新出医生坐公交试探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登场，和朱蒂一起追查贝尔摩德。
第250集，公交车抢劫案解决，柯南救下灰原哀，引起贝尔摩德注意。
第261集，柯南得知琴酒是个左撇子。
第265—266集，灰原哀的高冷个性开始转变。
第272—273集，小兰与赤井秀一偶遇。
第277集，詹姆斯登场，并被歹徒绑架。
第278集，侦探团解决案件，赤井秀一接走詹姆斯。
第291—292集，高木警官告诉柯南关于小五郎资料被盗的事；赤井秀一开始监视毛利侦探所。
第293—294集，小兰开始回忆赤井秀一；贝尔摩德注意灰原哀。
第299集，贝尔摩德的身份暴露，柯南查出来克莉丝•温雅德是组织成员。
第300集，服部平次VS朱蒂老师。
第301—302集，柯南得知克莉丝•温雅德曾经出现在母亲的葬礼，说出了神秘的女人更有魅力的名言。
第306—310集，纽约篇；女明星莎郎•温雅德登场，克莉丝•温雅德是她女儿；一年前工藤解决案件后，小兰偶遇赤井秀一得知他是FBI，并救下贝尔摩德易容的公路恶魔；从此贝尔摩德被感化，称呼小兰“angel”。
第311—312集，沼渊己一郎被判死刑，柯南得知他是组织的成员。
第326—329集，松田阵平首次登场，最后牺牲。
第332—336集，接触篇；第二次掌握组织线索，龙舌兰在威胁游戏工程师板仓卓开发软体。柯南取走板仓卓的日记光盘，在小兰口中得知赤井秀一是FBI。最后，伏特加指纹差点被柯南录取，幸亏有琴酒出现。
第354—355集，阿笠博士回忆灰原哀父亲，宫野厚司。曾出现在新科技发布会，被称为疯狂的科学家。母亲爱莲娜是英国人，宫野厚司留学时相识。
第360—370集，为满月对决做准备；灰原哀重病不起，贝尔摩德以新出医生身份看病，窃听得知雪莉变小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司爱莲娜留给灰原哀的录音带；赤井秀一得知灰原哀是宫野志保，FBI开始暗中保护灰原哀；小兰怀疑朱蒂老师是坏人。
第371—375集，满月篇；贝尔摩德开始追杀雪莉，莎郎和克莉丝以及新出三重身份暴露，曾在二十年前杀死朱蒂父亲，在码头与朱蒂 赤井秀一枪战，小兰救下灰原哀；最后贝尔摩德没有上报柯南和灰原哀的事，因为小兰是她救命恩人，组织boss邮件按键声被柯南录下；赤井秀一和朱蒂身份都揭晓；组织成员卡尔瓦多斯自杀。（主线剧情的高潮，满月对决）
第386—387集，怪盗基德的空中漫步。
剧场版3世纪末的魔术师，怪盗基德得知柯南身份。
第392—393集，真正的新出医生回归。
第419―421集，柯南得知组织boss邮件按键声是日本童谣《七个孩子》。
第428—430集，柯南准备查找boss邮件地址被灰原哀阻止，声称是“潘多拉的魔盒”。
第455―456集，阿笠博士的初恋故事。
第459—463集，冲击篇；FBI和柯南阻止琴酒领导的暗杀活动；基安蒂 科恩 水无怜奈登场；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀一与琴酒对狙，水无怜奈车祸被FBI运往杯户医院。（为红黑对决做准备）
第467—468集，本堂瑛佑登场。
第497―498集，京极真大战黑道组织泥惨会。
第502—505集，贝尔摩德出动调查水无怜奈下落，本堂瑛佑引起柯南怀疑。
第509―510集，怪盗基德盗窃四幅名画。
第512―513集，黑羽盗一和幼年快斗登场，柯南得知KID名称来源于工藤优作。
第519—522集，服部平次和柯南互通情报，白马探登场。
第527—528集，本堂瑛佑父亲是CIA的事情揭晓。
第538—550集，红黑篇；安德烈卡迈尔登场；琴酒用计将水无怜奈夺回组织，成员楠田陆道自杀；詹姆斯告诉柯南，赤井秀一曾前往组织当卧底化名诸星大，代号黑麦，与宫野明美谈恋爱深入组织。两年前准备计划逮捕琴酒，却不小心暴露身份，返回美国后宫野明美就遭到了杀害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；最后，赤井秀一假死，让水无怜奈获得信任成为FBI情报员，使用楠田陆道尸体逃脱。除詹姆斯外都以为赤井秀一真死；水无怜奈发来短信，组织推理能力高超的波本已经开始行动。（主线剧情的大高潮，红与黑的碰撞）
第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，并前往美国准备加入CIA。
剧场版13，漆黑篇；柯南第一次与组织正面对决；成员爱尔兰易容成松本管理管参加警视厅会议，寻找被连续杀人犯取走的组织SD卡，得知柯南真实身份工藤新一。最后，爱尔兰被琴酒命令基安蒂狙击杀死，临死前弃暗投明保护柯南，柯南从东京塔上跳落用足球腰带绑住安全帽击落琴酒的直升机。贝尔摩德称柯南为“银色子弹”。
第556―558集，冲矢昴登场，真实身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家，暗中保护灰原哀。
第562―563集，怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集，死罗神事件，柯南第三次恢复身体。
第588―589集，怪盗基德VS最强金库。
第593―594集，鱼儿消失的一角岩事件，冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集，诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集，银行抢劫案；伤疤赤井秀一登场，引起朱蒂注意。
第629―632集，目标篇；伤疤赤井秀一再次登场，实际上是波本假扮，行动试探FBI探员。引起琴酒的注意，准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井，被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集，白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集，怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集，伦敦篇；柯南第四次恢复，在英国伦敦遇到案件，自称“福尔摩斯的弟子”，并在大本钟下向小兰表白；世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集，灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集，怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集，世良真纯登场，转入帝丹高中。
第702―707集，毒恨篇；世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意，将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集，冲矢昴窃听柯南和阿笠博士，得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场，组织代号：波本； 拜毛利小五郎为师，在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南，获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集，灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集，安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集，灰原哀第二次恢复身体，引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集，列车篇；有希子和贝尔摩德见面，琴酒和伏特加准备炸掉车站，冲矢昴救下世良真纯和灰原哀，安室透身份揭晓，怪盗基德救场，雪莉被报告死亡。
第757—758集，安室透依旧在隔壁咖啡厅打工，并看见了柯南使用麻醉针。从此，安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集，安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集，怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集，小兰回忆自己似乎在以前见过世良，看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集，“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集，柯南向朱蒂通风报信，安室透和贝尔摩德一起行动，窃听对话。
第797―800集，怪盗基德VS京极真。
第807―808集，红衣女事件；世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥，她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集，世良•玛丽首次出现，照片在世良真纯的手机上显示。
第812集，世良真纯告诉柯南 小兰 园子，她曾经去过美国，回国后准备前往二哥那里居住被拒绝，父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住；他们前往世良真纯居住的酒店去玩，遇到杀人案，柯南趁机安装窃听器。
第813集，世良•玛丽识破柯南的阴谋，让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集，柯南向灰原哀通风报信，领妹的事情。
第823―824集，柯南得知安室透的第二个代号“零”；安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀，称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集，绯色篇；赤井秀一假死计划暴露；安室透真实姓名降谷零，日本公安卧底身份揭晓，开始调查楠田陆道自杀的手枪；朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着，水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。（日本公安加入与黑衣组织的对决）
第838―839集，羽田秀吉再次登场，知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手，世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集，大和敢助的左眼受伤，疑似朗姆；黑田兵卫在长野县登场。
第868集，安室透的调查，被琴酒盯上。
第891―892集，苏格兰登场在回忆，成为赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集，羽田秀吉输掉比赛，和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字，想起组织死亡名单也有羽田浩司，把这件事告诉了柯南。
第916―917集，柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案，破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆，资产家阿曼达和羽田浩司一起死去，浅香是她的保镖；冲矢昴告诉柯南，羽案是让他加入FBI的重要案子，和他父亲有关。
第918―919集，柯南继续调查羽田浩司案，小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集，苏格兰自杀原因揭晓，柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案，降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20，纯黑篇；库拉索前往公安内部找卧底名单，得知赤井秀一还活着被狙击轮胎，失忆流落东都水族馆；风见警官登场；组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀，柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机，库拉索牺牲。
第933―934集，世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集，涟漪篇；柯南终于想起来，十年前在英国海滩边玩见过世良一家；柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”，“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI，提及赤井武务。
第940―941集，大冈红叶与伊织无我首次登场；大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集，帝丹小学新老师若狭留美登场，开始一步步试探柯南。
第949―950集，胁田兼则登场，刻意接近小五郎，还有一个义眼，十分诡异。
第951―952集，若狭留美武力拯救侦探团，上了新闻。引起胁田兼则的注意，她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集，黑田兵卫也在调查羽田浩司案，并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人，揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集，剑道大赛；冲田总司首次登场，撩小兰引起柯南不满；大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集，柯南获得灰原哀信任，风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集，柯南第五次恢复，参加京都修学旅行遇上案件，破解案件后和小兰亲吻，开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999，修学篇；工藤新一出现在清水寺暴露，引起轰动。最后，工藤优作和有希子回国帮忙解围，并解开羽田浩司案的真正暗号，乌丸。柯南推理出乌丸莲耶，疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一，让降谷零搜集情报。
第1009―1011集，降谷零回忆宫野明美和爱莲娜，似乎与乌丸集团有关系；紧接着，降谷零夜潜工藤家，被赤井秀一逮着。然后，和有希子和工藤优作开始了红茶谈话。
剧场版：变小的名侦探柯南，重制版第一集；波本查出来与伏特加交易的董事长与泥惨会有勾结；琴酒 伏特加除掉组织的“老鼠”；朱蒂 赤井秀一与贝尔摩德在纽约的街头追逐战
8. 琴酒哭过吗
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！1 云霄飞车杀人事件新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。
2 董事长千金绑架事件阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。
4 大都会暗号地图事件少年侦探团成立。
5新干线爆破事件
52 雾天狗传说杀人事件漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
13 奇怪的寻亲杀人事件漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
43 江户川柯南诱拐事件工藤夫妇得知柯南身份。
48-49 外交官杀人事件服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54 电玩公司杀人事件柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57-58 福尔摩斯迷杀人事件服部平次知道柯南身份，并开始合作。
128 黑暗组织10亿抢劫事件灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学。
130-131 竞技场无差别胁迫事件灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176-178 与黑暗组织的再会柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可在暗杀得手后偶见到灰原，认出了她是雪莉，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
170-171 黑暗中的死角新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
188-193 危命的复活柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现。
226-227 格斗游戏的陷阱茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
230-231 神秘的乘客本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而茱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是茱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。
242 元太的灾难灰原哀提到琴酒是左撇子。
253-254 本厅刑事恋爱物语4新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259 来自芝加哥的男子柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、Cool Guy。
269-270 犯罪的纪念品事件目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
271-272 匆忙之中的忽略柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278 西部名侦探vs英语老师案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
284-285 中华街雨中的似成相识
286-288 工藤新一纽约事件毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
289-290 光彦森林迷失记灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-308 无声的证据小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
309-311 与黑色组织的接触柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
329-330 金钱买不到的友情阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336 东都现象所的秘密少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338-339 四辆保时捷哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
340-341 厕所里隐藏的秘密博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
343-344 便利店的陷阱茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angel，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）。
346-347 寻找屁股上的印记灰原哀拒绝了证人保护计划。
361-362 帝丹高中校园灵异事件真正的新出医生回归。
374-375 星星和香烟的暗号山村警官给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
394-396 奇异屋宇大冒险柯南得知Boss的手机号。
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。（在这一集中，出现了两个新黑衣组织成员：狙击手基安蒂、科恩）
429-430 无法回头的二人本堂瑛祐登场。
462-465 黑暗组织的影子贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。
484-485 黑色照片的去向柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。
491-504 红与黑的碰撞本堂瑛祐总给柯南不好的感觉。他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
507-508 卡拉OK包房的死角本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509 红白黄色与侦探团水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
511 推理对决！新一VS冲矢昴柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521 杀人犯 工藤新一工藤新一第三次恢复。
542-543 鱼儿消失的一角岩灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
563-564 侦探团VS强盗团脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）
赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581 召唤危机的红色前兆、黑与13的暗示、逼近的黑色时刻、红色的摇摆目标疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616-621 福尔摩斯的默示录工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
622-623 紧急事态252阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
646-647 幽灵旅馆的推理对决
648-650 侦探事务所笼城事件自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中。
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657 博士的视频网站世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668 婚礼前夕自称侦探的安室透登场，在事件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
671-674 侦探们的夜想曲冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676 一丁点都不原谅世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）
结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友