1. 琴酒 叛徒
1.黑麦威士忌
这位想必大家都很熟悉了，帅气的FBI搜查官赤井秀一。曾打入组织内部，代号“黑麦威士忌”。被组织内部称为“银色子弹”。狙击能力一流，至今还没有发现能与之抗衡的。现以冲矢昴的身份住在新一家。
2.波本
这一位和上一位是死对头了。本名降谷零，化名安室透。真实身份是日本公安警察。潜入组织内部，组织代号波本。也是一个有极强观察力和推理能力的人，和上一位一样都是大帅哥。
3.苏格兰威士忌
上两位的恩怨就是因为这一位。他与安室透同为日本公安警察派入组织的卧底。后因身份被发现，自杀。而安室透却误认为是赤井秀一杀了他，因此与秀一结怨。
4.雪莉
原名宫野志保，在组织里代号为雪莉。是APTX4869的研制者。因姐姐宫野明美被组织杀害，于是与组织反抗。被囚禁后，喝下了APTX4869，变成了小孩。化名为灰原哀住在阿笠博士家。
5.宫野明美
宫野志保的姐姐，秀一的前女友。因想带着妹妹脱离组织，答应组织完成抢劫十亿日元的任务，之后却被琴酒杀害。是一个很善良的女生。
6.基尔
真名为本堂瑛海。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号"基尔"。后因受到FBI帮助，答应向FBI提供情报，条件是FBI需对自己的弟弟本堂瑛佑进行保护。
7.库拉索
是剧场版《纯黑的噩梦》里的主要角色。是朗姆的心腹。入侵警视厅电脑盗得各国间谍名单后，被日本公安警察发现。逃离过程中，被赤井秀一击破轮胎，落入海中，失去记忆。之后得到少年侦探团的帮助，而被感动，背叛了组织。最后为了救人牺牲了。
8.爱尔兰
剧场版《漆黑的追踪者》中的主要人物。因琴酒杀死了自己如父亲般尊重的皮斯克，而讨厌琴酒。无意中发现了柯南的真实身份是工藤新一，向组织隐瞒了自己的发现。之后为保护柯南而死，在死前鼓励新一“无论如何，都要追下去”。
9.贝尔摩德
贝姐可谓是一个复杂性人物了。虽说没有背叛组织，但是知道柯南的真实身份却没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，是很多柯迷眼中女神一般的存在。
2. 琴酒对波本的评价
伏特加对琴酒是真心的。
黑衣组织内部比较混乱，各成员之间关系也不好，从琴酒的角度来看，波本和基尔很可能是卧底，贝尔摩得的行动古怪，对组织的忠诚度降低，基安蒂与贝尔摩得关系恶劣，科恩又是跟着基安蒂，组织里唯一的还能用的人也就伏特加一人，虽然人是不怎么机灵，但却是个狠角色，平日里还能打打下手，也不用担心伏特加会叛变，这或许才是琴酒愿意和伏特加搭档行动的原因。
那么伏特加之所以没有什么特长，还能成为核心成员的原因，自然就是由琴酒一手提携混上来的，伏特加非常尊敬琴酒也就说得通，不然以伏特加的能力，最多只能沦为一个没有酒名的底层人员，或许能跟楠田陆道相匹配。
3. 琴酒评价波本
琴酒尽力了，这仗没法打。
贝姐窝里横，朗姆爱宅家。
波本不姓安，雪莉NTR。
基尔反骨仔，老伏战五渣。
基安老丑女，科恩不说话。
全家是卧底，你说咋办啊？
再看看对手，满脸都哭花。
秀一蟑螂命，柯南全身挂。
父母世无双，全是奥斯卡。
博士爱发明，诺奖拿一打。
世良雌雄体，朱蒂英语佳。
平次虽不强，智商180。
基德易容癖，能变你全家。
还有那小兰，招式美如画。
可怜我琴酒，当爹又当妈。
破车开十年，天天防刮花。
黑衣厚又重，有汗自己擦。
你说我不行，你行你上啊。
4. 琴酒怀疑波本
他们不是研究毒药，是研制返老还童药时发现致死率过高，无法作为投入使用，所以给该药物命名APTX4869，意为“残废的名侦探”；偏偏这药杀人不留痕，是极佳的暗杀药物，所以被当作毒药使用。这解释了：
1、灰原说自己本来不想造什么毒药；
2、药物的真正用途一直是组织机密，只有贝尔摩德等极少数与boss密切相关的人知晓；
3、基于第2点，琴酒和波本因为不知道药物的“副作用”，一个把它当毒药使用，一个懵然不知雪莉和工藤新一就在自己眼皮底下晃悠。
5. 琴酒和波本
因为黑色组织核心成员都是以酒的名字命名的，所以黑色组织的外号叫做酒厂。
1.琴酒
组织骨干，让新一变成柯南的主要推手。
2.伏特加
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档。完全服从琴酒且经常一起行动
3.贝尔摩德
黑衣组织重要成员之一，在组织中地位很高，深受组织Boss的宠爱。一旦碰到跟柯南起冲突的事情，第一选择都是保护柯南
4.波本（安室透）
真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，打工皇帝
5.基尔（水无伶奈）
真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员
6. 琴酒 组织
多喽
一以黑色为主的黑衣组织，又称酒厂或者假酒厂，大boss乌丸莲耶、二把手朗姆、苦艾酒、琴酒、伏特加等等，假酒：雪莉、威士忌、波本等等
二日本警察，以卧底警察降谷零，东京警察目暮警官、大阪警官服部平藏、远山警官、大泷警官。
三FBI英国的情报组织，赤井秀一、朱蒂、卡梅隆
四CIA伊桑本堂、本堂瑛海、本堂瑛佑（不知道加入了没）
五SIS是英国陆军情报六局，代号MI6 赤井务武、赤井玛丽