1. 黑衣组织除了琴酒全是卧底
第一位：波本本名降谷零 ，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，组织代号“波本” 由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
第二位：基尔真名本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号“基尔（Kir）”。曾于一次暗杀行动中遭遇车祸昏迷，受到FBI保护。之后在FBI的协助下重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
第三位：伊森·本堂是本堂瑛海（化名水无怜奈）和本堂瑛祐的亲生父亲，同为CIA的谍报员，后潜入黑衣组织进行卧底调查工作，于四年前为掩护同是黑衣组织卧底女儿基尔的身份自杀身亡。
第四位：黑麦威士忌充满神秘感的FBI搜查官
2. 黑衣组织为什么这么多卧底
FBI知道安室透是卧底的，赤井秀一在绯色篇中曾经和同事提及了安室透的身份，也证实了安室透同样是黑衣组织的卧底，这个信息在FBI内部是公开的。
3. 黑衣组织除了琴酒全是卧底图片
琴酒（杜松子酒）和沃特加——第一集就登场（漫画里柯南是在第五集新干线爆炸事件中知道他们的名字的）。
龙舌兰酒——054 电玩公司杀人事件（已故）。
邵渊己一郎——代号不明，现被捕，原先是组织培训的杀手，后来打算用作药物试验，但是却逃走了。118 浪花连续杀人事件 1小时特别篇初登场。后来在289-290迷茫森林中的光彦中再次登场，才从灰原口中知道他也是组织一员
宫野明美——灰原的姐姐（已故），代号不明。原本是第13集奇怪的寻亲杀人事件登场，但是TV该过后，变成第128集黑衣组织10亿元抢劫事件正式登场。
雪莉酒——就是灰原，129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 2小时特别篇初登场。
匹斯克——代号不明（已故），176—178与黑暗组织的再会。
吞口重彦——代号不明，被匹斯克封口消灭（他具体是不使组织成员，不太清楚，只不过是一个被组织收买的政客）。
板仓卓——为组织收集情报，代号不明，已故，关于其日记本和他本人的剧情：309-311与黑衣组织接触。
宫野厚司和艾雷娜(英国)——灰原的父母，已故，在329-330金钱买不到的友情中被提到。
苦艾酒（贝尔摩得）——莎朗·斯通（克里斯蒂）,176—178与黑暗组织的再会初登场，后假扮成新出医生，潜在帝丹高中，直到第345集与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理 2个半小时特别篇才揭示其真面目。
苹果酒（卡尔瓦多斯）——在第345集与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理 2个半小时特别篇中登场，连面都没有露一下，就挂了……
基尔酒——水无怜奈，425 黑色冲击!黑衣组织伸出魔爪的瞬间 2个半小时特别篇初登场，本身是新闻记者，这一集中就受伤住院。后来才知道她是CIA派来的卧底，为了使组织相信她，她和她的父亲制造了一起谋杀案（给我们的假象是：基尔杀死了自己的父亲），后来她的弟弟本堂瑛佑知道真相。
基安蒂（意大利红葡萄酒）——很厉害的阻击手。425 黑色冲击!黑衣组织伸出魔爪的瞬间 2个半小时特别篇初登场。
科恩（德国谷物蒸馏白酒）——很厉害的阻击手。425 黑色冲击!黑衣组织伸出魔爪的瞬间 2个半小时特别篇初登场。
原佳明——代号不明，初登场第五部剧场版——通往天国的倒数计时。
4. 谁是黑衣组织的卧底
降谷零没有被杀，问题不成立。
降谷零，是日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”。现化名安室透，表面职业为私家侦探、波洛咖啡厅服务生。
擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死。
5. 黑衣组织除了琴酒全是卧底吗
不是，只是粉丝调侃。因为琴酒效命的黑衣组织卧底太多，真正有能力且忠于组织的只有琴酒。
琴酒，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色。黑衣组织的重要成员。
身穿黑色风衣，留着银色（早期动画为金色）长发，脸总被帽子和刘海半遮掩着，性格冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织叛徒的任务，是给工藤新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首，亦是柯南所面对的主要敌人之一。
6. 黑衣组织除了琴酒都是卧底
沃克不是卧底，他是黑衣组织的骨干成员，真名鱼冢三郎，大多数时间和琴酒黑泽阵一起行动，一直以来没有太亮眼的表现。
7. 黑衣组织琴酒是卧底吗
1、皮斯科
在组织中，皮斯可是一位靠着组织的力量成为成功的企业家，与Boss关系密切，是黑衣组织中元老级成员。对外宣称，他的名字是枡山宪三，不知道是化名还是真名。因为在暗杀政治家吞口重彦的行动中被摄影师拍到，留下重要杀人证据，在Boss的命令下被琴酒灭口。
2、龙舌兰
在组织中，龙舌兰是一位体型高大，面目狰狞的凶大汉。他个性十分凶暴，对于柯南这种小孩子都能毫不留情下脚猛踹，说话带有浓厚的关西口音，让人不敢接近。在一次与和满天堂游戏公司社员中岛英明进行交易后，龙舌兰由于错拿了装有炸弹的手提箱，结果被炸死了。
3、卡尔瓦多斯
组织中，卡尔瓦多斯是一名狙击手，与基安蒂和科恩是搭档。他因为喜欢贝尔摩得，所以总是协助她进行任务。作为一名杀手，他擅长用来福枪、猎枪、手枪等武器，不过他最喜欢的还是霰弹枪。在贝尔摩得与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。正是因为他的死，使得基安蒂和科恩无比讨厌贝尔摩得。
4、爱尔兰酒
爱尔兰酒登场于剧场版《漆黑的追踪者》，他的观察能力与智力都很高，格斗技术更是一流，以一己之力能打昏七名警官。曾在贝尔摩得的帮助下，他易容为松本清长潜入警视厅去拿回存有组织成员名单的闪存卡。他与组织中的皮斯可的关系很好，他是将皮斯可当成父亲来敬重的，所以对于杀死皮斯可的琴酒恨之入骨，因此他识破柯南就是新一时，就想将他带到Boss面前，证实琴酒的失职。后来因为他的身份被暴露，所以琴酒想杀他灭口，最后在东京铁塔上，爱尔兰酒为了保护柯南而被基安蒂射杀，在死之前，他鼓励新一“无论如何都要追下去”。
5、苏格兰威士忌
苏格兰威士忌是日本公安打入组织的卧底，与波本安室透是好朋友。后来因为卧底身份曝光，所以他选择自杀身亡。
6、司陶特
在组织中，他是M16(英国军情六处)打入组织的卧底。因为库拉索偷盗了各国打入组织的卧底名单而暴露，最后被科恩射杀于巴士中。
7、阿夸维特
在组织中，阿夸维特是CSIS（加拿大安全情报局）派入黑衣组织的卧底，后因卧底身份暴露，被基安蒂射杀。
8、威士莲
在组织中，她是BND（德国联邦情报局总部）派入组织的卧底，后来卧底身份被曝光，在柏林被琴酒杀死。
9、库拉索
在组织中，库拉索是黑衣组织二把手朗姆的心腹，由于其大脑拥有记忆存储功能而被重用。她身手矫健，曾以一己之力进入公安厅偷盗走各国的卧底名单，并在警方的重重追捕中成功脱身。后来因为撞击失去记忆并且流落到东都水族馆，在那里她得到少年侦探团帮助后被感化，决定背叛组织。最后为了阻止被琴酒他们射落而掉下的摩天轮砸中避难所的游客以及为了救下摩天轮上的少年侦探团，库拉索驾驶吊车阻止摩天轮，由于摩天轮重量巨大，碾轧了其所在的驾驶室。