1. 被琴酒炸死的那个人是谁
电影开头是很可怕的，晚上柯南在侦探事务所2楼里取东西的时候，门外有动静，柯南去查看，结果回来的时候Gin和Vodka却突然出现在屋子里，GIN堵住了柯南的嘴巴，说：“觉悟吧，工藤新一，不……现在应该是江户川柯南吧”，之后掐住柯南的嘴把他举了起来，小兰下楼来寻找柯南，这时候Gin使了个眼色对Vodka，说：“看看和你扯上关系的人都是怎么玩完的吧”，门口的玻璃出现了小兰的身影，柯南被堵住嘴巴说不出话，Vodka举起了枪，门开了，但是没有枪声，原来只是个梦，到最后随着柯南一句“小兰”这样的大喊。
少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有便利店OPEN的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于中国传说牛郎和织女的哦。
案件是一个以麻将牌为提示的连续杀人事件。
其次是警视厅的间谍，具体的发现是因为那个群马县的山村警官（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后唱起了《七子之歌》，被柯南听到后追踪，结果发现了某个警察进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某间谍听到。
（这个间谍大家绝对想不到多厉害，稍后揭示） 会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某间谍听到…… 一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是间谍，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案。 本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士，灰原与组织重逢，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而元太是鳗鱼 （像蛇），柯南是海豚…… 深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个间谍，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的戏服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的头盔上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！
此事镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运...... 此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了警官证导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁警察要放了他男友，并用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警（剧场版首次登场，大和敢助警官的青梅竹马（见TV516-517风林火山）），这时候目暮警官挡下了那一刀，（也就是预告片了的那段），并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则劫持人质，而那人质是苦艾酒装扮的，之后柯南偷偷跟到了地下停车场揭露她的身份，理由是追踪眼镜看到她左裤筒里有手枪形状的痕迹，并且被刀划伤的左脸没有流血。至于苦艾酒为什么故意被劫持，我就留个谜底吧，苦艾酒给了柯南的提示是组织的另外一个人，Irish，即那个警视厅间谍……Irish是组织新人。
镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死 预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是制造事故拖延时间，之后佐藤开始怀疑警视厅内有间谍，因为他们的行动路线被掌握（基安蒂说：“一个郎才”（高木），科恩说：“一个女貌”（佐藤））（13剧场版佐藤和高木总是在一起，连目暮警官分配任务也是，目暮警官是不是故意的呢？） 注明：这里的真相请看原片 真正的嫌疑人是一个男人，姓水谷，女友叫奈奈，死于一起宾馆火灾事件，至于事件和复仇理由我也留作谜底，本来是7张麻将牌，但是听到有人说真正的嫌疑人水谷说到8个人不能原谅时候明白了。 毛利小五郎虽然开始推理错误，但是后期和笨蛋刑警在群马山野观看北斗七星时得到启发，成功推理了一些脉络。 警视厅一行向东京塔奔袭。 而博士那边接连发现身上贴有交叉封印的甲虫，少年侦探队的小朋友们认为这是求救，于是到了第一次目击甲虫的地点，（这时候回忆预告片，那时候少年侦探队3个真正的小学生似乎被袭击了惊讶的惨叫），但是事实上那是博士不放心他们被灰原劝说来到了树林的突然出现吓到了步美等人，在那里发现一个小屋，但是亮着灯，里面闪过拿手枪的人的身影，于是博士给高木和佐藤电话，高木佐藤时改道去了米花之森，森林入口闪过一辆摩托车，不是别人的，正是苦艾酒的车子，而那个屋子里闪过的拿枪的影子…… 警视厅长松本和众人到达东京塔。 柯南则通过调查知道水谷和奈奈的兴趣是看星星，单枪匹马到了东京塔，水谷似乎正准备结束自己，柯南又一次像忘记了黑暗组织一样开始耍酷做推理。 最惊险的时刻，突然发现一个黑影闪过，白鸟，千叶等警官竟然全被打昏！ 推理结束的时候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南准备反击，手枪突然响了，警视厅厅长松本出现，还说真及时啊！ 但是，为什么那些打昏的刑警里没有警视厅长呢？因为现实是可怕的，于此同时米花森的小屋里那个人真的发现了一个被绑架的人，那人不是别人，正是松本厅长本人！而东京塔的松本厅长却是黑衣组织的人伪装的，那个伪装者，就是Irish！柯南早就知道这个松本是伪装的，于是举麻醉枪射击，不料射偏。 小兰为什么会出现在东京塔呢，因为园子在看电视直播东京塔的时候电视里独自奔袭的柯南被电视台镜头捕捉，园子打电话给兰说发现了柯南的位置，正担心柯南的兰知道了之后立刻去了东京塔。 奈奈的哥哥举刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一个勾拳打得对方吐血。 柯南又开始耍酷推理，说出了Irish的伪装和黑组织的一些事情，不料后来Irish一句话让他当时就闭嘴了。。。Irish揭露了柯南就是工藤新一！但是他没有告诉过琴酒和伏特加，至于为什么，就是因为联系到灰原遭遇黑暗组织的那集里，当时琴酒杀了任务失败的Pisco，而那个Pisco是Irish尊敬如父亲的人啊……所以Irish缄默了，为的是以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，之后想让柯南失去意识，不停追打柯南，最后一下踢飞到墙角。 之后经过一段时间，兰来到柯南那里，但是她不知道这个松本是假的，先去关照了柯南，看到了预告里柯南的话，兰，快跑。兰回头却发现假松本用手枪指向了她，于是事情回到了TV第一集新一告诉兰子弹射出的速度，伪装的松本开枪的时候兰竟然成功躲避了枪击，但是飘逸的长发被打碎不少。 这个假松本（Irish，非常强壮，而且竟然是兰级别相仿的空手道高手）兰的几次踢头攻击全然无效，而最后一次踢头把Irish的假脸踢烂了一半，漏出半张真脸（可以参照NARUTO里的大蛇丸），于是兰被吓了一跳，惊讶和恐惧之余，反而被Irish一拳打飞，正要结束兰的lrish，突然听到了新一的声音，惊讶之余（因为他知道柯南就是新一）但是不知道变声器，于是放弃了兰去追击柯南，柯南将手表灯埋在门后，Irish看到手表的灯亮后以为柯南在屋子里就开枪……结果却不是…… 这时候柯南突然出现，一个足球踢出去，不想Irish极为强壮，再次无效，而且Irish枪法极准，对着柯南能发出充气皮球的腰带和强力踢鞋就是几枪，于是柯南的宝贝道具除了开头的新背带，变声蝴蝶结和眼镜，还外寄存在东京塔服务员那的滑板以外，装备全部报销。 经过追击，到了塔顶，柯南在楼梯后埋伏，利用跳下来的重力成功让强壮的Irish头撞台阶眩晕，柯南夺枪，但是黑色直升机突然出现。柯南一犹豫，Irish反击，掐住柯南的脖子按在地上，琴酒给Irish打电话，问他拿到记忆卡没有，当Irish把记忆卡举给琴酒看时，被琴酒下令让基安蒂用狙击枪残忍杀害了。琴酒缓缓的说：“看下面（警车保卫东都塔），他已经逃不掉了！”琴酒真是太残忍了，对待同伴毫不留情啊。之后快死的Irish知道自己被组织背叛反而告诉柯南：“你要继续追击下去啊，工藤新一，将黑暗组织揭露！”柯南被直升机的机枪追到塔顶，机智的他利用了他的背带伸长反弹能力，自己用背带跳到了东京塔中部，背带强力伸缩反弹将机枪击落的一个探照灯弹起，正好击中了黑色直升机，直升机坠毁。而琴酒等人生死如何？结果还是在坠毁前逃掉了。看着坠落爆炸的直升机，苦艾酒冷笑着说：“做的不错嘛，真不愧是我的银色子弹。” 到此结束了。柯南带着Irish的勉励，决心继续追击黑暗组织。
2. 琴酒会被判死刑吗
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
3. 琴酒被抓
在第504集
为了帮助卧底进入组织的水无怜奈重新进入组织并骗取琴酒的信任,假装被枪击身亡。之后以冲矢昴的身份出现,暗中保护灰原哀,期间知晓了柯南的真实身份。并在第782集中暂时回归,后继续使用冲矢昴的身份。
4. 被琴酒杀死的黑衣组织成员是谁
因为雪莉背叛了黑衣组织，所以琴酒要杀她。
雪莉，黑衣组织的科研人员，因为姐姐宫野明美遭组织无情杀害而中断药品研究以示抗议，后被琴酒等人关押于研究所房间时，服下APTX4869，使得自己身体缩小，成功逃离并背叛组织。
琴酒，黑衣组织的重要成员，经常执行各种暗杀和清除组织叛徒的任务。
5. 琴酒被杀死
宫野明美就是那个组织的人，具体什么职业也没说，琴酒之所以杀害她，是因为她背叛了组织