1. 我和琴酒他
干爹只是网友戏称，不是真的，因为琴酒在剧中遇到柯南的时候，多次有意无意的放过了柯南，行为比较违反常理，网友们纷纷猜测琴酒是在暗中保护柯南，变于是戏称他是柯南的干爹
2. 我要和琴酒分手了
名侦探柯南中赤井秀一不爱朱蒂了，一开始在FBI的时候赤井秀一和朱蒂是男女朋友，但是在赤井秀一为了潜入组织和宫野明美交往中，被宫野明美的漂亮所打动，向朱蒂说出了分手，并表示自己是真的爱上了宫野明美不是逢场作戏，后来还主动将身份告诉了宫野明美，在自己的真实身份被组织发现之后为了保护宫野明美一直不敢联系她，宫野明美被组织枪杀之后赤井秀一剪掉了一头长发，并且手机里一直保存着宫野明美最后发给他的信息，一直寻找组织中人为宫野明美报仇。
3. 我和琴酒分手后
自己整理哒主线剧集，包括黑衣组织、FBI、CIA以及出现平次和新一的部分。 如果觉得有用，自己留用就好，勿转载。喵~ B表示出现黑衣组织，F表示出现FBI，C表示出现CIA，S表示出现工藤新一，X表示出现服部平次，K表示出现怪盗基德。 呐，开始： 1 云霄飞车杀人事件 B/S（琴酒、伏特加出场，工藤新一被灌下药变小） 2 董事长千金绑架事件（阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南） 5 新干线大爆破事件（知道黑衣人代号） 13 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美第一次出场） 43 江户川柯南诱拐事件（工藤夫妇知道新一变小） 48 外交官杀人事件（前篇） X 49 外交官杀人事件（后篇） S/X（服部平次登场，工藤新一第一次恢复） 54 电玩公司杀人事件 B（龙舌兰出现，被炸死） 57 福尔摩斯迷杀人事件（前篇） X 58 福尔摩斯迷杀人事件（后篇） X（平次知道柯南的身份，二人成挚友） 76 柯南VS怪盗基德 K 77 名门连续惨死事件（前篇） X 78 名门连续惨死事件（后篇） X 117 推理小说家失踪事件（后篇） X 118 浪花连续杀人事件 X（沼渊己一郎第一次出场，被警方逮捕） 128 黑衣组织10亿元抢劫事件 B（宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面） 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 B（灰原哀出场，组织代号“雪莉”，说出药名是APTX4869） 130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）（灰原说：“工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。”） 132 魔术爱好者杀人事件（事件篇） K 133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） K 134 魔术爱好者杀人事件（解决篇） K 141 结婚前夕密室事件（前篇） X 142 结婚前夕密室事件（后篇） X 162 飞天密室 工藤新一最初的事件 S（小兰回忆工藤新一最初的事件） 166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇） X 167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇） X 168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇） X 170 黑暗中的死角（前篇）（重要人物新出智明医生登场） 174 二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 X 176 与黑衣组织的再会（灰原篇） B（匹斯可出场，任务为暗杀吞口重彦。贝尔摩德出场） 177 与黑衣组织的再会（柯南篇） B（宫野志保第一次恢复，匹斯可知其身份） 178 与黑衣组织的再会（解决篇） B（匹斯可被琴酒灭口，灰原哀逃脱。揭示贝尔摩德组织成员身份） 189 危命的复活 名侦探负伤记 X 190 危命的复活 第三个选择 X（工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活 黑衣骑士 S/X 192 危命的复活 新一回来了 S/X 193 危命的复活 约定的地点 S 219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德 S/K（前半集“钟楼对决”根据《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇改编，并非改编自《名侦探柯南》漫画） 221 满口谎言的委托人（后篇） X 222 人鱼失踪记（事件篇） X（提到了宫野志保，暗示灰原的研究与长生不老有关） 223 人鱼失踪记（推理篇） X 224 人鱼失踪记（解决篇） X 226 格斗游戏的陷阱（前篇） F（茱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（后篇） F（茱蒂称呼柯南为Cool guy【小酷男】） 230 神秘的乘客（前篇） B/F（赤井秀一出场。灰原感觉到汽车上有强烈的组织成员气息） 231 神秘的乘客（后篇） B/F 238 大阪3K事件（前篇） X 239 大阪3K事件（后篇） X 240 新干线护送事件（前篇） X 254 本厅刑事恋爱物语4（后篇） F（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器） 258 来自芝加哥的男子（前篇） F（詹姆斯·布莱克出场） 259 来自芝加哥的男子（后篇） F（詹姆斯称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy） 263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁城 X 267 情人节的真相（推理篇） F 270 犯罪的遗物（后篇） F 271 情急之下的应变之道（前篇） F 272 情急之下的应变之道（后篇） B/F（柯南被怀疑，形势危急） 274 幽灵屋的真相（前篇） B（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情） 277 英语教师VS西部名侦探（前篇） F/X（柯南让博士调查克丽斯·温亚德） 278 英语教师VS西部名侦探（后篇） F/X 284 中华街的雨中幻影（前篇） F（小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情） 286 工藤新一纽约事件（事件篇） B/S（知道克丽斯是美国已故大明星莎朗·温亚德的女儿） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） B/S 288 工藤新一纽约事件（解决篇） B/F/S（贝尔摩德杀死真正杀人魔后假扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。贝尔摩德打算杀死秀一，却被打伤。兰和新一救下受伤的杀人魔。结尾处，莎朗对有希子说：“我也有我的angel了。”为后续剧情作铺垫） 289 光彦森林迷失记（前篇） B 290 光彦森林迷失记（后篇） B（提到沼渊己一郎是组打算培养的杀手，却被其逃脱。最后沼渊再次被警方逮捕） 291 孤岛的公主与海龙宫（事件篇） X 292 孤岛的公主与海龙宫（探索篇） X 293 孤岛的公主与海龙宫（解决篇） X 307 残留下来的无声证言（前篇） B（得知龙舌兰生前信息，再次抓住黑暗组织的尾巴） 308 残留下来的无声证言（后篇） B/F（下一集的引子） 309 与黑衣组织的接触（交涉篇） B/F（柯南、小兰路上偶遇赤井秀一。小兰告诉柯南秀一是FBI。柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 310 与黑衣组织的接触（追踪篇） B（对板仓卓的日记进行详细研究，获得情报） 311 与黑衣组织的接触（决死篇） B/F 323 服部平次一筹莫展！（前篇） X 324 服部平次一筹莫展！（后篇） X 325 火焰中的红马（事件篇） X 326 火焰中的红马（搜查篇） X 327 火焰中的红马（解决篇） X 335 东都现象所的秘密（前篇） F（柯南、灰原被跟踪，山雨欲来） 336 东都现象所的秘密（后篇） F（追踪者为秀一手下，跟踪失败。秀一对着灰原的照片说：“真是像啊。”） 338 四辆保时捷（前篇） F 339 四辆保时捷（后篇） B/F（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系。贝尔摩德在博士家安装窃听器，得知了灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） B（柯南等人去寻找灰原父母可能留下的信息） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇） B（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言） 343 便利商店的陷阱（前篇） F（茱蒂辞去老师职务，貌似有所行动） 344 便利商店的陷阱（后篇） F（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对茱蒂身份的怀疑。为下一集中小兰从茱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 B/F/X（茱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI，贝尔摩德真实身份是克里斯同时也是莎朗，一直假扮为新出医生行动。贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉。解释了286～288《工藤新一纽约事件》的全部线索） 346 寻找屁股上的印记（前篇） F（为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划） 347 寻找屁股上的印记（后篇） F（哀拒绝参加证人保护计划） 356 怪盗基德令人惊异的空中漫步 K 361 帝丹高中校园灵异事件（前篇）（真正的新出医生回归） 362 帝丹高中校园灵异事件（后篇） F 372 沉默的航线（后篇）（柯南对345集中贝尔摩德给Boss发邮件时的按键音有些奇怪的感觉） 375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德的按键音相似，推测Boss在鸟取县） 381 谁的推理秀（前篇） X 382 谁的推理秀（后篇） X 383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔X 394 奇异屋宇大冒险（封印篇） K（组织Boss的邮件地址被柯南破解。哀似乎有些了解Boss，警告柯南这个邮件地址是“潘多拉的魔盒”） 395 奇异屋宇大冒险（机关篇） K 396 奇异屋宇大冒险（解决篇） K 400 心存疑惑的小兰 S 406 柯南和平次的推理魔术（机关篇） X 407 柯南和平次的推理魔术（宅第篇） X 408 柯南和平次的推理魔术（解决篇） X 425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间 B/F/C（组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止。烽烟再起） 429 无法回头的二人（前篇） C（本堂瑛佑出场） 437 上户彩与新一 4年前的约定 S 462 黑衣组织的影子 小小的目击者 B/F/C（本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意） 464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬 B 465 黑衣组织的影子 珍珠流星 B（结尾提到贝尔摩德的口头禅） 469 怪盗基德与四幅名画（前篇） K 470 怪盗基德与四幅名画（后篇） K 472 工藤新一少年冒险（前篇） S/K 473 工藤新一少年冒险（后篇） S/K 479 和服部平次共度的3天 C/X 484 黑色照片的去向（前篇） B/X 485 黑色照片的去向（后篇） B/C（找到本堂瑛佑的父亲的照片） 490 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决 S/X 491 红与黑的碰撞 开端 B/F/C/X 492 红与黑的碰撞 血缘 B/F/C 493 红与黑的碰撞 绝叫 B/F/C 494 红与黑的碰撞 冥土 B/F/C 495 红与黑的碰撞 昏睡 B/F/C 496 红与黑的碰撞 侵入 B/F/C 497 红与黑的碰撞 觉醒 B/F/C 498 红与黑的碰撞 搅乱 B/F/C 499 红与黑的碰撞 伪装 B/F/C 500 红与黑的碰撞 遗言 B/F/C 501 红与黑的碰撞 嫌疑 B/F/C 502 红与黑的碰撞 洁白 B/F/C 503 红与黑的碰撞 决死 B/F/C 504 红与黑的碰撞 殉职 B/F/C（赤井疑似死亡） 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑得知柯南是工藤新一。当他说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井之死显得更加神秘） 509 红白黄色与侦探团 F/C（水无怜奈给FBI传递信息，组织派出一名代号为“波本”的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下。昴喝波本酒） 515 怪盗基德的瞬间移动魔术 X/K 516 风林火山 迷宫的铠甲武士 X 517 风林火山 阴和雷霆的对决 X 521 杀人犯 工藤新一S/X 522 新一的真实身份与小兰的眼泪 S/X（工藤新一第三次恢复） 523 真正想问的事 S/X 524 憎恨的蓝色火花（前篇） X 537 怪盗基德VS最强金库（前篇） K 538 怪盗基德VS最强金库（后篇） K 542 鱼儿消失的一角岩（前篇）（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，灰原对柯南说出她对冲矢的怀疑） 543 鱼儿消失的一角岩（后篇）（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感。结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……） 563 侦探团VS强盗团（骚乱） F/C（回忆秀一潜入组织前与茱蒂分手。与脸上有烧伤、疑似秀一的人登场。茱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团（沉默） F（“伤疤男”自始至终没有说话，最后右手开枪救了柯南。少年侦探团知道茱蒂身份） 572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇） X 573 难为情的护身符的去向（前篇） X 574 难为情的护身符的去向（后篇） X 578 召唤危机的红色前兆 F（侦探团说道银行抢案中看到类似秀一的人物，柯南大吃一惊。FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花百货商厦） 579 黑与13的暗示 B/F/C（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现。商厦遭炸弹劫持，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 逼近的黑色时刻 B/F/C（基尔被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人） 581 红色的摇摆目标 B/F/C（冲矢昴称组织为“笨狼”，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的。“伤疤男”对着狙击枪轻蔑的一笑。贝尔摩德传达Boss指令，琴酒下令撤退，并似乎不再对基尔表示怀疑。“伤疤男”是否为真秀一被质疑） 585 跨越时空的樱花之恋 K 586 黑暗中消失的麒麟之角 K 587 基德VS四神侦探团 K 610 被害者是工藤伸壹 X 611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章） X 612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章） X 613 犬伏城 炎之魔犬（公主之章） X 616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子） S 617 福尔摩斯的默示录（Love is 0） S 618 福尔摩斯的默示录（撒旦） S 619 福尔摩斯的默示录（Code break） 620 福尔摩斯的默示录（草场女王） 621 福尔摩斯的默示录（0 is Start） S（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白） 623 紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉） 627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇） K 628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇） K 646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑） 647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上） 648 侦探事务所笼城事件（勃发）（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持，事态危急） 651 柯南VS平次 东西侦探推理对决★ F/X（FBI的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生，显得更加可疑） 652 毒与幻的设计（EYE） X 653 毒与幻的设计（S） X 654 毒与幻的设计（Poison） X 655 毒与幻的设计（Illusion） X 674 侦探们的夜想曲（波本）B 700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）B 701 漆黑的特快列车（发车） B/K 702 漆黑的特快列车（隧道） B/K 703 漆黑的特快列车（交叉） B/K 704 漆黑的特快列车（终点） B/K 705 密室中的柯南 B 706 解谜的波本 B 710 每个人都看见了（前篇） X 711 每个人都看见了（后篇） X 712 服部平次与吸血鬼公馆（一） X 713 服部平次与吸血鬼公馆（二） X 714 服部平次与吸血鬼公馆（三） X 715 服部平次与吸血鬼公馆（四） X 724 怪盗基德与赤面人鱼（前篇） K 725 怪盗基德与赤面人鱼（后篇） K 734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱 B/F 738 小五郎在酒吧里（前篇） B 739 小五郎在酒吧里（后篇） B 740 小兰也倒在浴室里了（前篇） B 741 小兰也倒在浴室里了（后篇） B 746 怪盗基德VS京极真（前篇）K 747 怪盗基德VS京极真（后篇）K 763 柯南与平次 恋爱的暗号（前篇）X 764 柯南与平次 恋爱的暗号（后篇）X 完。 柯哀党万岁！
4. 我要和琴酒分手全文
偶看了动漫周刊啊~青山老师说，其实柯南早就已经有结局了，就是因为柯迷们不想让它完结，所以青山老师不得不一直让柯南破案~ 偶见过柯南的12种结局，但偶觉得都是胡扯的， 贴出来看看啊 （一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶——一个男孩，取名为工藤柯南…… （二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶——一个女孩，取名为工藤志保…… （三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶——一个女孩，取名为毛利洋子…… （四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧…… （五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸…… （六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞…… （七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射…… （八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼…… （九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽…… （十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症…… （十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南…… （十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
5. 我想和琴酒分手
流传的《名侦探柯南》大结局十四种（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……第一部分：江户川文代二度现身江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！第三部份：小说家的意外访客赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！第四部份：最黑的黑色柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。第五部份：接近画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。第六部份：真相只有一个Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”第七部份：人的战斗柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。Gin向柯南扣动了扳机。第八部份：江户川柯南VS工藤新一哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。第九部份：银色弹丸，我们的约定人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学。”