1. 琴酒的痛
流传的《名侦探柯南》大结局十四种（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……第一部分：江户川文代二度现身江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！第三部份：小说家的意外访客赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！第四部份：最黑的黑色柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。第五部份：接近画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。第六部份：真相只有一个Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”第七部份：人的战斗柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。Gin向柯南扣动了扳机。第八部份：江户川柯南VS工藤新一哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。第九部份：银色弹丸，我们的约定人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学。”
2. 琴酒片段
柯南琴酒被用枪绑架会发生绑架案，琴酒是黑暗组织里的成员，他和贝尔摩德是搭档，为了逮捕雪莉和柯南，琴酒和贝尔摩德来到了园子叔叔开的摩天大楼参加宴会，柯南被琴酒用枪绑架了，而小兰的父亲毛利小五郎为了救出柯南，他联系了目暮警官。
3. 琴酒的经历
小时候给工藤新一换尿布的人是琴酒。后来因为工藤优作的作品在很长一段时间都没有新的创意，所以他没有稿费。也就没法支付给琴酒的费用了。所以琴酒怀恨在心，在工藤新17岁的时候给他喂了一个返老还童的药。这就是琴酒的童年经历。
4. 琴酒的原名
动漫中柯南被琴酒绑架了是569集。柯南的原名是工藤新一，他是帝丹高中的学生，与服部平次和毛利兰都是好朋友，为了在云霄飞车上找出可疑人物，柯南为新一和毛利小五郎送去了关于琴酒和贝尔摩德的秘密。
5. 琴酒 惨
第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。
第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）
第6集，铃木园子首次登场。
第7集，小兰首次怀疑柯南身份。
第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。
第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。
第14集，广田雅美首次登场。
第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。
第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。
第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。
第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。
第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。
第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。
第118集，帝丹小学小林老师首次登场。
剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。
第124—125集，组织的杀手沼渊己一郎犯案。
第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗杀。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。
第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）
第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。
第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。
第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。
第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。
第181—182集，新出智明登场。
第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店和琴酒交手，成员皮斯可被杀。贝尔摩德登场，奉命寻找雪莉。
第203—208集，生死篇；柯南因保护少年侦探团而负伤，小兰第三次怀疑柯南身份；紧接着，柯南再次恢复身体，扮演黑衣骑士解决案件，和小兰在饭店约会时药效到期。
剧场版5，天国篇；琴酒枪杀电脑工程师原佳明，炸掉西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。柯南用夏威夷学的车技拯救侦探团。
第233—234集，目暮警官的秘密。
第235—238集，黄昏篇；黑羽快斗第二次登场，怪盗基德VS工藤新一；黄昏之馆内家具都有乌鸦的标记，主人是半个世纪前去世的富豪乌丸莲耶。
第241—243集，人鱼篇；组织在自称长生不老的人鱼岛留下的痕迹；疑似与雪莉、琴酒、伏特加、波本有关。
第245—246集，朱蒂老师首次登场。
第249集，贝尔摩德调戏琴酒，易容成新出医生坐公交试探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登场，和朱蒂一起追查贝尔摩德。
第250集，公交车抢劫案解决，柯南救下灰原哀，引起贝尔摩德注意。
第261集，柯南得知琴酒是个左撇子。
第265—266集，灰原哀的高冷个性开始转变。
第272—273集，小兰与赤井秀一偶遇。
第277集，詹姆斯登场，并被歹徒绑架。
第278集，侦探团解决案件，赤井秀一接走詹姆斯。
第291—292集，高木警官告诉柯南关于小五郎资料被盗的事；赤井秀一开始监视毛利侦探所。
第293—294集，小兰开始回忆赤井秀一；贝尔摩德注意灰原哀。
第299集，贝尔摩德的身份暴露，柯南查出来克莉丝•温雅德是组织成员。
第300集，服部平次VS朱蒂老师。
第301—302集，柯南得知克莉丝•温雅德曾经出现在母亲的葬礼，说出了神秘的女人更有魅力的名言。
第306—310集，纽约篇；女明星莎郎•温雅德登场，克莉丝•温雅德是她女儿；一年前工藤解决案件后，小兰偶遇赤井秀一得知他是FBI，并救下贝尔摩德易容的公路恶魔；从此贝尔摩德被感化，称呼小兰“angel”。
第311—312集，沼渊己一郎被判死刑，柯南得知他是组织的成员。
第326—329集，松田阵平首次登场，最后牺牲。
第332—336集，接触篇；第二次掌握组织线索，龙舌兰在威胁游戏工程师板仓卓开发软体。柯南取走板仓卓的日记光盘，在小兰口中得知赤井秀一是FBI。最后，伏特加指纹差点被柯南录取，幸亏有琴酒出现。
第354—355集，阿笠博士回忆灰原哀父亲，宫野厚司。曾出现在新科技发布会，被称为疯狂的科学家。母亲爱莲娜是英国人，宫野厚司留学时相识。
第360—370集，为满月对决做准备；灰原哀重病不起，贝尔摩德以新出医生身份看病，窃听得知雪莉变小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司爱莲娜留给灰原哀的录音带；赤井秀一得知灰原哀是宫野志保，FBI开始暗中保护灰原哀；小兰怀疑朱蒂老师是坏人。
第371—375集，满月篇；贝尔摩德开始追杀雪莉，莎郎和克莉丝以及新出三重身份暴露，曾在二十年前杀死朱蒂父亲，在码头与朱蒂 赤井秀一枪战，小兰救下灰原哀；最后贝尔摩德没有上报柯南和灰原哀的事，因为小兰是她救命恩人，组织boss邮件按键声被柯南录下；赤井秀一和朱蒂身份都揭晓；组织成员卡尔瓦多斯自杀。（主线剧情的高潮，满月对决）
第386—387集，怪盗基德的空中漫步。
剧场版3世纪末的魔术师，怪盗基德得知柯南身份。
第392—393集，真正的新出医生回归。
第419―421集，柯南得知组织boss邮件按键声是日本童谣《七个孩子》。
第428—430集，柯南准备查找boss邮件地址被灰原哀阻止，声称是“潘多拉的魔盒”。
第455―456集，阿笠博士的初恋故事。
第459—463集，冲击篇；FBI和柯南阻止琴酒领导的暗杀活动；基安蒂 科恩 水无怜奈登场；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀一与琴酒对狙，水无怜奈车祸被FBI运往杯户医院。（为红黑对决做准备）
第467—468集，本堂瑛佑登场。
第497―498集，京极真大战黑道组织泥惨会。
第502—505集，贝尔摩德出动调查水无怜奈下落，本堂瑛佑引起柯南怀疑。
第509―510集，怪盗基德盗窃四幅名画。
第512―513集，黑羽盗一和幼年快斗登场，柯南得知KID名称来源于工藤优作。
第519—522集，服部平次和柯南互通情报，白马探登场。
第527—528集，本堂瑛佑父亲是CIA的事情揭晓。
第538—550集，红黑篇；安德烈卡迈尔登场；琴酒用计将水无怜奈夺回组织，成员楠田陆道自杀；詹姆斯告诉柯南，赤井秀一曾前往组织当卧底化名诸星大，代号黑麦，与宫野明美谈恋爱深入组织。两年前准备计划逮捕琴酒，却不小心暴露身份，返回美国后宫野明美就遭到了杀害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；最后，赤井秀一假死，让水无怜奈获得信任成为FBI情报员，使用楠田陆道尸体逃脱。除詹姆斯外都以为赤井秀一真死；水无怜奈发来短信，组织推理能力高超的波本已经开始行动。（主线剧情的大高潮，红与黑的碰撞）
第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，并前往美国准备加入CIA。
剧场版13，漆黑篇；柯南第一次与组织正面对决；成员爱尔兰易容成松本管理管参加警视厅会议，寻找被连续杀人犯取走的组织SD卡，得知柯南真实身份工藤新一。最后，爱尔兰被琴酒命令基安蒂狙击杀死，临死前弃暗投明保护柯南，柯南从东京塔上跳落用足球腰带绑住安全帽击落琴酒的直升机。贝尔摩德称柯南为“银色子弹”。
第556―558集，冲矢昴登场，真实身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家，暗中保护灰原哀。
第562―563集，怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集，死罗神事件，柯南第三次恢复身体。
第588―589集，怪盗基德VS最强金库。
第593―594集，鱼儿消失的一角岩事件，冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集，诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集，银行抢劫案；伤疤赤井秀一登场，引起朱蒂注意。
第629―632集，目标篇；伤疤赤井秀一再次登场，实际上是波本假扮，行动试探FBI探员。引起琴酒的注意，准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井，被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集，白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集，怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集，伦敦篇；柯南第四次恢复，在英国伦敦遇到案件，自称“福尔摩斯的弟子”，并在大本钟下向小兰表白；世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集，灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集，怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集，世良真纯登场，转入帝丹高中。
第702―707集，毒恨篇；世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意，将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集，冲矢昴窃听柯南和阿笠博士，得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场，组织代号：波本； 拜毛利小五郎为师，在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南，获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集，灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集，安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集，灰原哀第二次恢复身体，引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集，列车篇；有希子和贝尔摩德见面，琴酒和伏特加准备炸掉车站，冲矢昴救下世良真纯和灰原哀，安室透身份揭晓，怪盗基德救场，雪莉被报告死亡。
第757—758集，安室透依旧在隔壁咖啡厅打工，并看见了柯南使用麻醉针。从此，安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集，安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集，怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集，小兰回忆自己似乎在以前见过世良，看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集，“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集，柯南向朱蒂通风报信，安室透和贝尔摩德一起行动，窃听对话。
第797―800集，怪盗基德VS京极真。
第807―808集，红衣女事件；世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥，她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集，世良•玛丽首次出现，照片在世良真纯的手机上显示。
第812集，世良真纯告诉柯南 小兰 园子，她曾经去过美国，回国后准备前往二哥那里居住被拒绝，父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住；他们前往世良真纯居住的酒店去玩，遇到杀人案，柯南趁机安装窃听器。
第813集，世良•玛丽识破柯南的阴谋，让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集，柯南向灰原哀通风报信，领妹的事情。
第823―824集，柯南得知安室透的第二个代号“零”；安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀，称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集，绯色篇；赤井秀一假死计划暴露；安室透真实姓名降谷零，日本公安卧底身份揭晓，开始调查楠田陆道自杀的手枪；朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着，水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。（日本公安加入与黑衣组织的对决）
第838―839集，羽田秀吉再次登场，知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手，世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集，大和敢助的左眼受伤，疑似朗姆；黑田兵卫在长野县登场。
第868集，安室透的调查，被琴酒盯上。
第891―892集，苏格兰登场在回忆，成为赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集，羽田秀吉输掉比赛，和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字，想起组织死亡名单也有羽田浩司，把这件事告诉了柯南。
第916―917集，柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案，破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆，资产家阿曼达和羽田浩司一起死去，浅香是她的保镖；冲矢昴告诉柯南，羽案是让他加入FBI的重要案子，和他父亲有关。
第918―919集，柯南继续调查羽田浩司案，小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集，苏格兰自杀原因揭晓，柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案，降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20，纯黑篇；库拉索前往公安内部找卧底名单，得知赤井秀一还活着被狙击轮胎，失忆流落东都水族馆；风见警官登场；组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀，柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机，库拉索牺牲。
第933―934集，世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集，涟漪篇；柯南终于想起来，十年前在英国海滩边玩见过世良一家；柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”，“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI，提及赤井武务。
第940―941集，大冈红叶与伊织无我首次登场；大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集，帝丹小学新老师若狭留美登场，开始一步步试探柯南。
第949―950集，胁田兼则登场，刻意接近小五郎，还有一个义眼，十分诡异。
第951―952集，若狭留美武力拯救侦探团，上了新闻。引起胁田兼则的注意，她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集，黑田兵卫也在调查羽田浩司案，并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人，揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集，剑道大赛；冲田总司首次登场，撩小兰引起柯南不满；大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集，柯南获得灰原哀信任，风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集，柯南第五次恢复，参加京都修学旅行遇上案件，破解案件后和小兰亲吻，开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999，修学篇；工藤新一出现在清水寺暴露，引起轰动。最后，工藤优作和有希子回国帮忙解围，并解开羽田浩司案的真正暗号，乌丸。柯南推理出乌丸莲耶，疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一，让降谷零搜集情报。
第1009―1011集，降谷零回忆宫野明美和爱莲娜，似乎与乌丸集团有关系；紧接着，降谷零夜潜工藤家，被赤井秀一逮着。然后，和有希子和工藤优作开始了红茶谈话。
剧场版：变小的名侦探柯南，重制版第一集；波本查出来与伏特加交易的董事长与泥惨会有勾结；琴酒 伏特加除掉组织的“老鼠”；朱蒂 赤井秀一与贝尔摩德在纽约的街头追逐战
6. 琴酒哭了
《名侦探柯南》怪盗基德出场集数
076柯南对怪盗基德★
132魔术爱好者杀人事件（事件篇）
133魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）
134魔术爱好者杀人事件（解决篇)）
219名侦探大集合工藤新一VS怪盗基德★
356怪盗基德之奇异的空中步行★
394奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396奇异屋宇的大冒险（解决篇)
469基德与四幅名画（前篇)
470基德与四幅名画（后篇)
472工藤新一少年时的冒险（前篇)【第一代怪盗基德登场】
473工藤新一少年时的冒险（后篇)【儿时黑羽快斗登场】
515怪盗基德的瞬间移动魔术★
537怪盗基德VS最强金库（前篇）
538怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇)（柯南回忆）
586黑暗中消失的麒麟之角
587基德VS四神侦探团
627柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）
628柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
《魔术快斗》
01《复活的怪盗》
02《怪盗基德忙碌的约会》
03《公主殿下爱魔术》
04《魔女不流泪》
05《命运之BiueBirthday》
06《圣诞降临恋爱滑雪场》
07《华丽的对手》
08《绯红之泪的秘密》
09《魔女侦探与怪盗》
10《追忆之黄金之眼》
11《闪着泪光的水晶之母》
12《暗夜骑士爱的眼泪》。
7. 琴酒很惨
灰原受伤最惨的一次是第178集，被黑衣组织的琴酒枪击。
剧情中，灰原哀是宫野志保的秘密被匹斯可发现，并且匹斯可把灰原哀关进了地窖里。柯南让灰原哀使用白干恢复成年身体并且从烟囱中爬了出来，但是却被琴酒伏击。琴酒不想快速杀死灰原，只是对它进行射击来折磨她。最后在柯南的帮助下，灰原哀最终脱险。
8. 琴酒有多可怜
下面逐一介绍名侦探柯南中的间谍
首先是那位先生Boss
黑衣组织首领， 乌丸莲耶是一名富翁，黄昏别馆之主。别墅里的大门、地板、扶手、客厅里的国际象棋、扑克牌都是他特别订做的。千间降代称其在40年前“已年过百岁”，40年前“已经死亡”
2.朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
朗姆酒，是以甘蔗糖蜜为原料生产的一种蒸馏酒，也称为糖酒、兰姆酒、蓝姆酒。原产地在古巴，口感甜润、芬芳馥郁。朗姆酒是用甘蔗压出来的糖汁，经过发酵、蒸馏而成。
3.琴酒Gin
黑衣组织重要成员，冷酷残忍，经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，是给新一灌药的罪魁祸首。
琴酒又名叫杜松子酒（geneva）或金酒，最先由荷兰生产，在英国大量生产后闻名于世，是世界第一大类的烈酒。金酒按口味风格又可分为辣味金酒、老汤姆金酒和果味金酒
4.苦艾酒
贝尔摩德Vermouth，黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体原因至今不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一（第一代怪盗基德，基德的父亲）门下学习易容，成为朋友。曾易容为杀人魔后，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，称呼小兰“angel（天使）”。
苦艾酒是一种有茴芹茴香味的高酒精度酒，主要原料是茴芹， 茴香及苦艾 (wormwood) 药草（即洋艾 (Artemisia absinthium)）这三样经常被称作「圣三一」。此酒芳香浓郁，口感清淡而略带苦味，并含有45度以上高酒精度。
5.黑麦威士忌Rye（脱离组织）
FBI卧底，真名赤井秀一，化名诸星大。身份暴露导致女友宫野明美被琴酒杀害，假死后暗中保护明美的妹妹灰原哀，被组织内部称为“银色子弹”
黑麦威士忌也称裸麦威士忌，是用不得少于51%的黑麦及其它谷物酿制而成的，酒液呈琥珀色，味道与波本威士忌不同，具有较为浓郁的口感，因此不太受现代人的喜爱。
6.波本Bourbon
日本公安卧底，本名降谷零，化名安室透，表面职业为私家侦探、咖啡厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。
波本威士忌又作波旁威士忌，是用51一75%的玉米谷物发酵蒸馏而成的威士忌，在新的内壁经烘炙的白橡木桶中陈酿4~8年，酒液呈琥珀色，原体香味浓郁，口感醇厚绵柔，回味悠长，酒度为43.5度。
7.基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
基尔酒是一种著名的法国鸡尾酒，由白葡萄酒与黑醋栗果酒（crème de cassis）混合而成。基尔酒源自勃艮地地区。常作为开胃酒饮用。
8.雪莉Sherry（脱离组织）
老婆！黑衣组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。真名宫野志保，姐姐宫野明美受害后反抗组织，被囚禁时服药导致身体幼年化，化名灰原哀，寄宿阿笠博士家。
雪莉酒曾被莎士比亚比喻作「装在瓶子里的西班牙阳光」，可想而知它将带给我们如西班牙阳光般灿烂的欢愉感受，然而若无神奇的Flor与索雷拉（Solera）系统，雪莉酒将只是平淡无奇的白葡萄酒。在西班牙南部安达鲁西亚地方（Andalucia ），面向卡堤兹海湾之处，就是雪莉酒的出产地。
9.伏特加Vodka
黑衣组织重要成员，头脑简单，完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥。
伏特加酒是俄罗斯的传统酒精饮料；伏特加酒以谷物或马铃薯为原料，经过蒸馏制成高达95度的酒精，再用蒸馏水淡化至40度到60度，并经过活性炭过滤，使酒质更加晶莹澄澈，无色且清淡爽口，使人感到不甜、不苦、不涩，只有烈焰般的刺激，形成伏特加酒独具一格的特色。因此，在各种调制鸡尾酒的基酒之中，伏特加酒是最具有灵活性、适应性和变通性的一种酒。
10.卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和来福枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
卡尔瓦多斯酒（Calvados）是种以苹果为原料所做出来的白兰地，法国下诺曼底大区卡尔瓦多斯省（法文：Calvados）的特产酒。
11.基安蒂 Chianti
黑衣组织中的狙击手，实力强劲，性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
基安蒂酒（Chianti）是一种意大利基安蒂地区的世界驰名的红葡萄酒，据说是十九世纪的一位男爵忽发灵想，把此地的几种葡萄混合发明出来后来就名扬世界的红酒。
12.科恩 Korn
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，技术出众。性格冷酷，同样讨厌贝尔摩德。
科恩酒是将谷物压碎后用酵母和水发酵，反复蒸馏而成，口味自然。与伏特加的不同点在与筛选并不严格，从而可以使用更多的谷物来进行酿造。
13.皮斯克 Pisco（死亡）
枡山宪三，黑衣组织元老级成员，与Boss关系密切。他和宫野厚司、宫野艾莲娜交情深厚，了解到一些开发中的药物的情况，并对宫野志保幼年外貌有印象暗杀政要任务失败，在Boss的要求下被琴酒灭口。
是秘鲁流行的一种由葡萄蒸馏酿制而成的烈性酒，在世界上知名度很高，堪称秘鲁的国酒。
14.龙舌兰Tequila（死亡）
关西口音的大汉，在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子被误炸而死。
龙舌兰酒是墨西哥的国酒，被称为墨西哥的灵魂，是在墨西哥开奥运会时，开始变得为世界所知的。该酒是以龙舌兰（agave）为原料经过蒸馏制作而成的一款蒸馏酒。
15.爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
爱尔兰威士忌是指以经过蒸馏所制造的威士忌。爱尔兰可以说是威士忌的发源地，最早是从修道院里流传到民间的蒸馏术，在英王亨利八世宣布开始课征重税之前，一度曾是爱尔兰毎个山野乡林必备的民生工业。爱尔兰威士忌比它优秀的苏格兰后继更早在英格兰地区流行。
16.库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
库拉索酒是产于荷属库拉索群岛的一种酒，味微苦但十分爽适。 但是能与伏特加混搭 会导致神经衰弱。
17.伊森·本堂（死亡）
CIA卧底， 4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而选择自杀。
18.苏格兰威士忌Scotch（死亡）
日本公安卧底，安室透的同事，身份暴露后自杀。
苏格兰威士忌色泽棕黄带红，清澈透明，气味焦香，带有一定的烟熏味，具有浓厚的苏格兰乡土气息。苏格兰威士忌具有口感干冽、醇厚、劲足、圆润、绵柔的特点，是世界上最好的威士忌酒之一。
19.宫野明美（死亡）
黑衣组织的基层成员，被迫加入组织。灰原哀的亲姐姐，为了自己和妹妹能够脱离组织，完成组织任务后被琴酒杀害。
20.朱奈瑞克Generic（脱离组织）
黑衣组织中的科学家，灰原的旧同事。开发出删改记忆的药物，打算把灰原变成自己家人，结果使自己丧失记忆，后被普通家庭收养过上正常人的生活。漫画特别篇出现，不为原作。
21.冈仓政明（死亡）
第13部剧场版《漆黑的追踪者》中的原创角色，黑衣组织派出的间谍（NOC）。擅自将黑衣组织所有NOC成员的名单拷贝到SD卡上并随身携带，因而成为黑衣组织的暗杀对象。但在被黑衣组织铲除之前，就因卷入了一起麻将牌连续杀人案，被本上和树杀害。
22.原佳明（死亡）
黑衣组织的外围人员，日本的游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑而被GIN所杀害。但死前留下了信息，从而柯南得知他与组织有关。初登场:第五部剧场版——通往天国的倒计时
23.宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，灰原哀的父亲，与妻子艾莲娜一起进行神秘研究，并一同“意外死亡”。
24.宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，灰原哀的母亲，生前对自己的死亡有所察觉，给幼女灰原哀留下了线索。
25.楠田陆道（死亡）
黑衣组织基层成员，为了寻找失踪的基尔而被组织安排装病住进杯户中央医院进行秘密调查的眼线，调查任务中被赤井秀一发现而驾车逃亡，途中自杀。
26.沼渊己一郎（被捕）
黑衣组织培养的杀手，后被作为药物实验对象。逃跑后制造了连环杀人案，被逮捕并判处死刑。
27.阿拉克Arak（死亡）
黑衣组织的职业杀手，暗杀帕纳苏格拉国公主失败，被捕时服毒自杀
28.黑胡子（死亡）
黑衣组织中的药物研发成员，散播病毒任务失败后遭琴酒处决