1. 琴酒杀了谁
425集：黑色的冲击
主要剧情：小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰，便与柯南和兰一同前往怜奈家。小五郎等人抓到了“犯人”，柯南所安装的偷听器却偶然地粘在了水无怜奈的鞋底，而更意想不到的是，柯南通过窃听器得知怜奈实际是黑衣组织成员,代号“Kir”。随后，黑衣组织制定了于下午1点在ADP地点暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南。为了阻止暗杀计划，就要知道ADP地点和DJ是什么意思，随即展开了推理。终于代号被解开，柯南和朱蒂及时赶到了现场，在Chianti和Korn动手狙击前阻止了暗杀。
2. 琴酒的下场
柯南一直都没有结局，所以人物好坏的结局就只有网友的推理：
第一种：柯南和他的同伴们在共同的努力下终于还是击败了黑衣组织，因此他们也拿到了可以使身体恢复原样的解药，可惜的是，当时他们在和黑衣组织交战时刻，在危机的时候小哀为了保护柯南，因此帮他挡了致命的一枪，最终在抢救的时候无效死亡，柯南服下解药后变成原来的样子，最终和小兰结婚，并且有了爱的结晶，他为了记着小哀，因此给自己孩子取名为“工藤志保"。
第二种：黑衣组织最终还是被击败了，但是在最终一战中，柯南的头部受了重伤，因此他丧失了全部的记忆，医生告诉小兰他们这种情况下是没有办法恢复的，小哀把事情的缘由完完整整的告诉了小兰，其实柯南就是新一，她觉得没必要让他在恢复原来的样子，他现在的这个样子其实挺好，就让他做一个无忧无虑的小学生吧，没理由逼迫他去思索以前的事情，于是柯南还是叫柯南，他和他的那些小伙伴一起成长。
第三种：柯南他们在抓捕黑衣组织的时候，小兰担心他会有危险，于是便去帮忙，在去的途中遭到了黑衣组织的袭击，小兰遭遇了车祸，虽然生命是保住了，可是小兰醒来时刻把全部记忆都忘记了，甚至于连自己爸爸都不认得，在昏迷的那段时间，她的脑海中一直有个高中生浮现在她的眼前，虽然不知道是谁，可她觉得那个人非常的重要，剿灭了黑衣组织之后，柯南觉得这一切都怪自己，于是他选择默默地守护小兰并帮她找回失去的记忆。
第四种：柯南他们最终还是击败了黑衣组织，可惜他们最终还是没能拿到解药，也就是说他可能永远都不能回复工藤新一的身份了，柯南把这一切的一切从头到尾告诉了小兰，然后转身哭着就跑开了，一个月过后，大家都以为这一切就这么过去了，这天他的班级来了一个可爱萌萌的转学生，此时的柯南内心仍未平静下来，当他看到门口那个小女生之后，还是忍不住留下了眼泪，这个女孩直接走到了柯南的跟前抓住他的衣服，她那看不出来是高兴还是伤心的脸上，她微笑的流着泪告诉柯南“你以后再也跑不掉了，我会死死地抓住你不放手”！
3. 琴酒死了
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……警视厅的松本警视、静冈的横沟警部，神奈川的横沟警部，群马的山村警部，长野的大和警部，崎玉的荻野警部，京都的绫小路警部，长野的上原刑事，当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了……侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（理由是看到她口袋里有手枪形状的东西……）营救之后找她问事情原由。原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？（是目暮的上司!松本……）而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似）之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。组织还没有那么傻，直接和警察对抗。佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多……柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，（估计是要看看有没有旁边听到的人……）直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（加强的伸缩背带），不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。众多警察赶到，营救成功，欢喜大结局！看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。
4. 琴酒被打死
凶手是王牌杀手黑泽阵，为了保住atpx4869的研究数据 代号琴酒的黑泽阵用格林机枪杀死了出宫野志保外的所有研究员，所以不死之身的凶手就是黑泽阵。
5. 琴酒最后怎么了
是在第425集：黑色的冲击
毛利小五郎是最后接触水无怜奈的人，琴酒因为任务失败就把矛头指向了他，因为当时毛利小五郎带着耳机误以为他在监听。
6. 琴酒杀fbi
1、詹姆斯·布莱克
美国芝加哥人，FBI的高级搜查官，是赤井秀一和朱蒂的上司。曾在日本被媒体误认为马戏团表演负责人——兰迪霍克，还是柯南帮助他摆脱记者的包围。
2、赤井秀一
射击水平高，可以在700码之外击伤琴酒。被黑衣组织的BOSS（那位先生）列为是“银色子弹”的人物。曾经是黑色长发，后来剪短了，总带着一顶黑色针织帽。
3、茱蒂·斯泰琳
美国FBI的搜查官，詹姆斯的下级，父亲也是FBI，因收集黑衣组织的资料，而被贝尔摩德杀害，并连同房屋一起烧毁，小朱蒂因为外出侥幸逃过，后被FBI采取了证人保护计划，条件是长大后叫加入FBI成为FBI后追踪组织来到日本，并做帝丹高中的英语老师掩饰身份。
4、安德雷·卡迈尔
FBI搜查官。相貌险恶，曾被茱蒂误认是黑衣组织派出的卧底，后才得知他确实是FBI的搜查官。两年前曾在任务时犯错，导致行动失败，还暴露了赤井秀一的卧底身份。
5、茱蒂·斯泰琳
美国人，FBI搜查官，为追查杀父仇人贝尔摩得而来到日本。曾为赤井秀一的女友，虽然已经分手，但至今仍然很喜欢秀一。
6、安德雷·卡迈尔（卡梅隆、卡迈尔）
FBI搜查官。相貌险恶，曾被茱蒂·斯泰琳误认是黑衣组织派出的卧底，后才得知他确实是FBI的搜查官。