1. 被琴酒炸死的那个人是谁
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……警视厅的松本警视、静冈的横沟警部，神奈川的横沟警部，群马的山村警部，长野的大和警部，崎玉的荻野警部，京都的绫小路警部，长野的上原刑事，当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了……侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（理由是看到她口袋里有手枪形状的东西……）营救之后找她问事情原由。原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？（是目暮的上司!松本……）而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似）之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。组织还没有那么傻，直接和警察对抗。佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多……柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，（估计是要看看有没有旁边听到的人……）直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（加强的伸缩背带），不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。众多警察赶到，营救成功，欢喜大结局！看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。
2. 琴酒被警察抓走
赤井秀一的恋人是宫野明美，小哀的姐姐漫画600话左右已经证实以前有个镜头：赤井很阴郁的从电话亭走出来遇见小兰那个时候是他得知明美死了赤井是FBI，曾经作为卧底潜入黑衣组织，在潜入中混熟了哀和明美后来他引诱琴酒到住处，组织FBI其他人员埋伏逮捕结果因为另一个FBI的小失误，走漏风声，没成功，赤井也逃离了组织赤井当然是好人啦，黑衣组织很畏惧他的，想尽办法要除掉他-----------------------------------补充：茱蒂也是FBI，也是好人啦-----------------------------------再补：飞镖是贝尔摩的射的，扔的是小哀茱蒂房里的那个照片是从贝尔摩的那复制的当时柯南和平次怀疑茱蒂是贝尔摩的，不过后来得知茱蒂是FBI
3. 琴酒被打死
凶手是王牌杀手黑泽阵，为了保住atpx4869的研究数据 代号琴酒的黑泽阵用格林机枪杀死了出宫野志保外的所有研究员，所以不死之身的凶手就是黑泽阵。
4. 被琴酒杀死的黑衣组织成员是谁
柯南琴酒被用枪绑架会发生绑架案，琴酒是黑暗组织里的成员，他和贝尔摩德是搭档，为了逮捕雪莉和柯南，琴酒和贝尔摩德来到了园子叔叔开的摩天大楼参加宴会，柯南被琴酒用枪绑架了，而小兰的父亲毛利小五郎为了救出柯南，他联系了目暮警官。
5. 被琴酒杀死的中心干部
1.黑麦威士忌
这位想必大家都很熟悉了，帅气的FBI搜查官赤井秀一。曾打入组织内部，代号“黑麦威士忌”。被组织内部称为“银色子弹”。狙击能力一流，至今还没有发现能与之抗衡的。现以冲矢昴的身份住在新一家。
2.波本
这一位和上一位是死对头了。本名降谷零，化名安室透。真实身份是日本公安警察。潜入组织内部，组织代号波本。也是一个有极强观察力和推理能力的人，和上一位一样都是大帅哥。
3.苏格兰威士忌
上两位的恩怨就是因为这一位。他与安室透同为日本公安警察派入组织的卧底。后因身份被发现，自杀。而安室透却误认为是赤井秀一杀了他，因此与秀一结怨。
4.雪莉
原名宫野志保，在组织里代号为雪莉。是APTX4869的研制者。因姐姐宫野明美被组织杀害，于是与组织反抗。被囚禁后，喝下了APTX4869，变成了小孩。化名为灰原哀住在阿笠博士家。
5.宫野明美
宫野志保的姐姐，秀一的前女友。因想带着妹妹脱离组织，答应组织完成抢劫十亿日元的任务，之后却被琴酒杀害。是一个很善良的女生。
6.基尔
真名为本堂瑛海。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号"基尔"。后因受到FBI帮助，答应向FBI提供情报，条件是FBI需对自己的弟弟本堂瑛佑进行保护。
7.库拉索
是剧场版《纯黑的噩梦》里的主要角色。是朗姆的心腹。入侵警视厅电脑盗得各国间谍名单后，被日本公安警察发现。逃离过程中，被赤井秀一击破轮胎，落入海中，失去记忆。之后得到少年侦探团的帮助，而被感动，背叛了组织。最后为了救人牺牲了。
8.爱尔兰
剧场版《漆黑的追踪者》中的主要人物。因琴酒杀死了自己如父亲般尊重的皮斯克，而讨厌琴酒。无意中发现了柯南的真实身份是工藤新一，向组织隐瞒了自己的发现。之后为保护柯南而死，在死前鼓励新一“无论如何，都要追下去”。
9.贝尔摩德
贝姐可谓是一个复杂性人物了。虽说没有背叛组织，但是知道柯南的真实身份却没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，是很多柯迷眼中女神一般的存在。
6. 被琴酒炸死的那个人是谁呀
灰原哀受伤5次。
177~178与黑暗组织的再会 被琴酒用枪打伤多处
M14 天空的遇难船 被敌人装扮成的女服务员打了
212~213 蘑菇、熊与侦探队 脚扭伤了
231 神秘的乘客 被柯南从快爆炸的公交中破窗而出擦伤流血
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 晕死
7. 琴酒会被判死刑吗
柯南的故事是如何开始的呢？这一切都要从20多年前，新一遇到了黑衣组织的那一刻，转眼间，柯南已经跟黑衣组织奋战了20多年了，关于这个神秘组织的面纱也在一点点的揭露出来。
黑衣组织是一个神秘的跨国犯罪集团，虽然关于这个组织的全名/目的以及内部结构不是很清楚，但是可以知道的是在成立的这半个多世纪以来，一直在进行着各种犯罪活动，成员都是以酒名作为代号，而他们的主要目的之一就是研究药物，让人永葆青春，或者是让人死而复生！
该组织的首领是超级大富翁乌丸莲耶，不过目前关于他的相关消息并不是很多！只知道他特别特别的有钱！值得一提的是，在这位首领没有出现之前，很多的柯迷都认为大BOSS有可能是阿笠博士，直到17年12月青山亲自证实了乌丸莲耶的身份后，阿笠博士才彻底洗刷冤屈！
说完了首领，我们再来看看这个组织的嫌疑成员！
首先是琴酒和伏特加，这一对正是在第一集中给柯南下药的二人，伏特加做事不缜密，所以虽然跟伏特加看起来是搭档，但是真的行动起来却完全是人家的小弟！而琴酒，则是黑衣组织最重要的成员之一，冷酷无情，心思细腻！为了完成任务不择手动！但是对组织却极为忠诚，尤其是特别讨厌背叛者！一旦发现背叛者，便会倾尽所有也要彻底铲除他！
贝尔摩得
人称贝姐，黑衣组织中的颜值担当，在剧中美国的两位女明星都是由她一人扮演的！在组织中负责情报工作，擅长易容和变声！男人。女人老人。小孩，只有你想不到，没有贝姐模仿不到！是这个组织的神秘主义者，关于贝姐的立场一直是个谜，虽然她一直在为组织做事，但是另一方面，他知道柯南和灰原的真实身份，但是却没有报给组织！并且还非常希望柯南赶紧摧毁掉这个组织！
波本
真名安室透，是日本警察派到黑衣组织中的卧底，虽然表面上是个普通的咖啡店员，但是实际上，擅长分析于推理的他，跟贝姐一样都是负责收集情报！
基尔
真名位本堂瑛海，真实身份是CIA派到组织中的卧底，为了保护弟弟不被伤害，于是在FBI的协助下，再次进入到了组织中，向FBI提供情报！
基安蒂/科恩
这两人也是一对搭档，二人都是黑衣组织的狙击手，基安蒂左眼有蝴蝶纹身，经常画很重的眼影！而科恩则是平常带着一个帽子，沉默寡语，没有什么话！
目前的现役成员也就只有这些了，当然了，也有人脱离了组织！比如灰原和赤井秀一这两位就是组织曾经的成员，灰原的代号是雪莉，是开发药物的主要研究员，而赤井秀一则是非常擅长狙击工作！逃离的还有一位，那就是本来想要培养成杀手的沼渊己一郎，这个家伙因为杀人太多，被警方抓到后，立马处于死刑！
除了他俩之外，还有不少的人没等逃离，便已经死在组织的琴酒的枪声之下，比如灰原的姐姐以及父母，姐姐明美死在了琴酒的枪下，
而她的父母则是死在一场意外的火灾中，那这到底是事故还是人为的就不得而知了！
除了他们之外，还有因为拿错箱子而被杀掉的倒霉蛋龙舌兰，
因为杀人时留下重要线索而被组织灭口的皮克斯！以及身份暴露的伊森本堂/诸伏景光！
自杀的卡尔瓦多斯和楠田陆道，这大概就是黑衣组织的主要成员了，死的没死的，逃离的卧底的，加起来足足有20人！但是我觉得如果按照这个速度下去的话，等到柯南战胜黑衣组织的那一刻，估计怎么还得个20年。