1. 宫野志保跟琴酒
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
2. 宫保志野和琴酒
因为换了发型的园子和宫野志保的长相一模一样，宫野志保是琴酒的追杀目标。
变小后化名灰原哀的宫野志保为了聆听已故姐姐宫野明美的声音，一直在晚上往她姐姐的电话上留言，却被琴酒和伏特加监听并追踪她的位置。恰巧在第二天，园子换了和宫野志保的同款发型参加晚会而被琴酒错认，试图狙杀她。
3. 宫野志保和琴酒的图片
工藤新一变小成为柯南的药叫APTX4869。
APTX4869是日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的神秘药物，首次出现是在第一集中由黑衣组织琴酒给工藤新一灌下。黑衣组织成员宫野志保（代号雪莉，即灰原哀）继承父母的成果研制而成。
APTX4869研发的目的大致推测为逆转时光，其试验期产品带有毒性，可以杀人于无形，偶发作用下会使服药者的身体恢复成幼年。工藤新一、宫野志保、贝尔摩德（沙朗）和赤井玛丽（即“领域外的妹妹”）均因服用此药而身体缩小。
4. 宫野志保和琴酒文
假的，琴酒没有发现柯南是工藤新一。
琴酒从来不记已死之人的名字和样貌，在琴酒眼中工藤新一已死于APTX4869，所以不会去关注工藤新一的消息，也不会就此发现柯南就是新一这件事。
其次，宫野志保在APTX4869死亡名单上将工藤新一的名字划去，并备注死亡。这样就不会有人发现工藤新一还活着并变身为柯南。
5. 宫野志保琴酒过去
1.黑麦威士忌
这位想必大家都很熟悉了，帅气的FBI搜查官赤井秀一。曾打入组织内部，代号“黑麦威士忌”。被组织内部称为“银色子弹”。狙击能力一流，至今还没有发现能与之抗衡的。现以冲矢昴的身份住在新一家。
2.波本
这一位和上一位是死对头了。本名降谷零，化名安室透。真实身份是日本公安警察。潜入组织内部，组织代号波本。也是一个有极强观察力和推理能力的人，和上一位一样都是大帅哥。
3.苏格兰威士忌
上两位的恩怨就是因为这一位。他与安室透同为日本公安警察派入组织的卧底。后因身份被发现，自杀。而安室透却误认为是赤井秀一杀了他，因此与秀一结怨。
4.雪莉
原名宫野志保，在组织里代号为雪莉。是APTX4869的研制者。因姐姐宫野明美被组织杀害，于是与组织反抗。被囚禁后，喝下了APTX4869，变成了小孩。化名为灰原哀住在阿笠博士家。
5.宫野明美
宫野志保的姐姐，秀一的前女友。因想带着妹妹脱离组织，答应组织完成抢劫十亿日元的任务，之后却被琴酒杀害。是一个很善良的女生。
6.基尔
真名为本堂瑛海。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号"基尔"。后因受到FBI帮助，答应向FBI提供情报，条件是FBI需对自己的弟弟本堂瑛佑进行保护。
7.库拉索
是剧场版《纯黑的噩梦》里的主要角色。是朗姆的心腹。入侵警视厅电脑盗得各国间谍名单后，被日本公安警察发现。逃离过程中，被赤井秀一击破轮胎，落入海中，失去记忆。之后得到少年侦探团的帮助，而被感动，背叛了组织。最后为了救人牺牲了。
8.爱尔兰
剧场版《漆黑的追踪者》中的主要人物。因琴酒杀死了自己如父亲般尊重的皮斯克，而讨厌琴酒。无意中发现了柯南的真实身份是工藤新一，向组织隐瞒了自己的发现。之后为保护柯南而死，在死前鼓励新一“无论如何，都要追下去”。
9.贝尔摩德
贝姐可谓是一个复杂性人物了。虽说没有背叛组织，但是知道柯南的真实身份却没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，是很多柯迷眼中女神一般的存在。