1. 琴酒的真实身份是小兰
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。 小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔…… 警视厅的松本警视、静冈的横沟警部，神奈川的横沟警部，群马的山村警部，长野的大和警部，崎玉的荻野警部，京都的绫小路警部，长野的上原刑事，当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。 需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。
期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。
而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”
中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了…… 侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。
柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。
后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（理由是看到她口袋里有手枪形状的东西……）营救之后找她问事情原由。 原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。
柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？
（是目暮的上司!松本……） 而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。
（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似） 之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”， 两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。
当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。
组织还没有那么傻，直接和警察对抗。
佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。
可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。
佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。
在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。 故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单， 小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多…… 柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。 所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。 可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛…… 柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了…… 之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，（估计是要看看有没有旁边听到的人……）直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。 而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。 就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（加强的伸缩背带），不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。 众多警察赶到，营救成功，欢喜大结局！ 看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！” 后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。
2. 琴酒的真实身份到底是
没有这集，琴酒并不知道安室透是卧底。
琴酒是黑衣组织的重要成员，可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织叛徒的任务，会第一时间处决身边的卧底或叛徒，因此琴酒并不知道安室透的卧底身份。
3. 琴酒喜欢小兰
大家都知道，工藤新一和小兰是十多年的青梅竹马关系，而且在工藤新一的心目中，一定是非毛利兰不可的。毕竟在他的世界里面，除了小兰之外，就只剩下推理了。
工藤新一对于小兰是从头到尾都没有变过的。可以说新一是十分的专一了。即使是后来出现的灰原哀，都没有打动工藤新一。其实灰原哀的表现都不输于小兰，而且比小兰更懂新一。
灰原哀和工藤新一经历了更多的事情，毕竟他们都是被琴酒追击的人，现在两人是隐姓埋名的状态，而且经常探讨各种事情。两人处境是动漫中最为艰辛的两位少年。
但是小兰却毫不知情。不知道新一就在她的身边，所以有时候会把怪盗基德直接当成是新一。所以也就形成了新一爱小兰，小兰爱怪盗基德的三角恋关系。但是他们却不是真正意义上的三角恋。
4. 琴酒的真实身份是小兰嘛
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
5. 琴酒的真实身份是小兰几集
新一出现一般分为：回忆、变长大，也有借助道具让小兰以为看到的就是新一，比如关掉灯和小兰对话，比如阿笠博士打灯让柯南的影子拉长，比如蝴蝶变声器
第一集：云霄飞车杀人事件，那个时候的新一还是个高中生，解决完老爷杀人又解决了云霄飞车，就被琴酒灌药。
第二集：四十九和五十集，关东有工藤，关西有服部，因此服部就来找新一，还给柯南喝了中国的白干，结果柯南恢复了正常。
第三次是在柯南一行人中遇到了危险，柯南中枪后需要输血，小兰知道柯南就是新一知道他的血腥型，为了糊弄小兰，柯南喝了解毒剂恢复了新一的身份。