1. 灰原和琴酒一起出场次数
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南） 005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人） 013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同） 043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复) 054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死) 057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份) 128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场） 176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场) 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场） 226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（下集） 230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂） 231 诡密的乘客（下集） 242元太的灾难（提到GIN是左撇子) 258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场） 259 来自芝加哥的男子（下集） 269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南） 270 犯罪的遗物 （下集） 271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急） 272 急忙掩饰的忽略（下集） 277 英语教师VS西部名侦探（上集） 278 英语教师VS西部名侦探（下集） 279 迷宫的阴暗（上集） 280 迷宫的阴暗（下集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。） 286 工藤新一纽约事件（事件篇） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） 288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪） 307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴） 308 无声的证据（后篇）（下一集的引子） 309 与黑暗组织的接触（交涉篇） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇） 311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 330金钱买不到的友情（下集） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来） 336 东京现影所的秘密（后篇） 338 四辆保时捷（前篇） 339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言） 343 便利店的陷阱（前篇） 344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片） 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落） 346 寻找P股上的印记（前篇） 347 寻找P股上的印记（后篇） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇） 362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真新出医生回归） 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲) 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向） 425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起） 429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场） 430 无法回到从前的两人(后篇) 462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意） 463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看） 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份受到怀疑） 507 卡拉OK包房的死角（前篇) 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一） 509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 510 柯南VS W暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原） 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人出场） 值得一提的是，005在漫画版中与TV版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而TV版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的，接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕。这段剧情像极了动画版128集，可以说128集是一个补丁，但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到了第128集却变成了只有柯南认识广田雅美，而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。 漫画 01/01 001 现代的福尔摩斯 01/02 002 变成小孩子的名侦探 12/04 114 突如其来的遭遇 12/05 115 炸弹的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 转学生 18/07 177 黑衣女郎 18/08 178 秘密组织成员· 18/09 179 伪装的少女 18/10 180 将死 19/01 181 为什么？ 19/09 189 被狙击的球！ 19/10 190 5万6千名人质 20/01 191 远方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的丧葬行列 24/09 240 不告而别 24/10 241 来自过去的子弹 24/11 242 白色世界 29/03 287 看不见的恐怖 29/04 288 危险讯号 29/05 289 光天化日下的埋 34/11 350 金苹果（1） 35/01 351 金苹果（2） 35/02 352 金苹果（3） 35/03 353 金苹果（4） 35/04 354 金苹果（5） 37/05 377 黑暗的足迹（1） 37/06 378 黑暗的足迹（2） 37/07 379 黑暗的足迹（3） 37/08 380 白雪…黑影… 37/09 381 危险的相遇 37/10 382 顺风车 38/01 383 新兵器！ 41/10 423 到访者留下的谜 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隐藏的真相 42/05 429 月圆之夜和黑宴 42/06 430 染血的幽灵船 42/07 431 隐形人出现 42/08 432 工藤新一登场 42/09 433 面具下的真相 42/10 434 腐坏的苹果 48/09 499 门铃怪客 48/10 500 新的黑衣组织成员 49/01 501 追踪目标！ 49/02 502 新的指令！ 49/03 503 黑衣组织vsFBI 49/04 504 黑衣组织vsFBI 53/07 550 目击者一人 53/08 551 钉子与蛇 53/09 552 锤子的真面目 53/10 553 不可思议的兼职 54/01 554 晚餐的菜单 54/02 555 梦中之星 FILE.595 乌鸦之歌 FILE.596 第二条线 FILE.597 假患者 VOL.58 FILE.598 跟踪，然后…… FILE.599 赤井的过去 FILE.600 孤注一掷 FILE.601 伪装 FILE.602 最终手段 FILE.603 任务 FILE.604 姐弟 FILE.605 意外的嫌疑人 FILE.606 13日又是星期五 FILE.607 卡迈尔的过去 FILE.608 魔法的咒语 VOL.59 FILE.609 钢楔 File.622 红白黄色 File.623 黑白人 File.624 新邻居 File.635 燃烧 File.637 噼里啪啦 File.638 纸飞机 File.639 信息 File.640 解救 File.664 一角岩 File.665 鲭鱼・鲤鱼・鲷鱼・鲆鱼 File.666 杀气 File.680 与危险的二人同行 File.691 柯南VS侦探团 File.700 危险地带 File.701 赤与13的暗示 File.702 炸弹犯的目的 File.703 暴风雪中的真相 File.704 寂静的战争 [编辑本段]内容简介 注：按时间顺序，并非剧集顺序 身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识。 真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。 （莎朗对小朱蒂说的"A secret makes a woman woman”（秘密会使人有女人味）令她印象深刻）。 新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一） 莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）。 龙舌兰找到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织拼命骚扰板仓卓，最后迫使他就范。 新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南。 漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号。 漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死。 黑暗组织10亿抢劫事件 哀的姐姐宫野明美被杀害。 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 哀逃离组织并寄住阿笠博士家。 黑暗中的死角杀人事件，新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。 与黑暗组织的再会 哀被组织成员匹斯克绑架，后在柯南的协助下逃脱，匹斯克因身份暴露被琴酒灭口 （当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。 贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。 危命的复活，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现。 格斗游戏的陷阱 朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。）。 神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人（现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）。 柯南等人认识了来自芝加哥的老人”詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。 佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止（本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）。 犯罪的纪念品事件（案件本身无关紧要，与主线有关就是目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导）。 方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（即赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。个人认为这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令）。 西部名侦探vs英语老师，案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。 中华街雨中的似曾相识。承接前面兰回忆起“戴黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了黄金苹果事件（具体见前）。 无声的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila(即龙舌兰)接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。 柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了），唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了）。 金钱买不到的友情 （剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾瑞娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）。 黑暗中的圈套，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。 博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。 PS：这位卡尔多瓦斯可算是组指出场成员中最霉的一个，连个脸都没露，话没说半句就挂了。 朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。 贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南知道了黑暗组织BOSS的邮箱地址，即“七个孩子”的曲子）。 柯南等人去一钢琴世家，调查“七个孩子”的曲子。 小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。 贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。 小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。 水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织排出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？ 银行抢劫案疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的伤疤。昙花一现后又给在商场的朱蒂老师留下“这里很危险，快逃”的字条。琴以及基蒂安等人欲狙击赤井秀一，却被柯南巧妙地引开。而赤井秀一却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。这又是怎么回事？
2. 灰原和琴酒在一起
名侦探柯南到目前为止的剧情，都没讲到她嫁人，反正总不会是工藤新一，新一喜欢的是小兰
《名侦探柯南》的原作者青山刚昌已经不止一次说过了：“柯南最终会和小兰在一起，我会画到新一和小兰生孩子。”
说不定是和琴酒，灰原哀和琴酒的关系非常不一般，在作品里，对于琴酒和灰原哀的描写几乎都是以回忆的方式展开，而每次出现在琴酒回忆中的灰原哀都是裸体，这不禁让读者对两人的关系产生怀疑。
3. 灰原琴酒一起出现是第几集
灰原受伤最惨的一次是第178集，被黑衣组织的琴酒枪击。
剧情中，灰原哀是宫野志保的秘密被匹斯可发现，并且匹斯可把灰原哀关进了地窖里。柯南让灰原哀使用白干恢复成年身体并且从烟囱中爬了出来，但是却被琴酒伏击。琴酒不想快速杀死灰原，只是对它进行射击来折磨她。最后在柯南的帮助下，灰原哀最终脱险。
4. 灰原与琴酒的集数
主线剧情有以下集数：
1、新一变柯南
TV1-2集
新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。
变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。
2、服部识破柯南身份
TV59-60集
通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉枪对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。两人正式成为好基友。
3、雪莉出场
TV135-141集
琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法。
雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。
中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。
4、再会琴酒
TV176-178
琴酒接到组织的任务杀掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了窃听器，上车不久后，琴酒就发现了窃听器和一根啡色的头发。
匹斯可顺利的杀死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。
赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。
5、人鱼篇
TV241-243集
柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，这两个名字可能是琴酒和伏特加的真名。
6、纽约篇
TV308-310集
新一和小兰救下了假扮成杀人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。
7、板仓卓的日记
TV332-336集
半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。
8、宫野志保的录音带
TV363-366集
贝姐发现灰原哀的真实身份，灰原哀在厕所里找到了宫野艾莲娜留下的录音带。重点是录音带的内容，录音带的前18卷提到了爱莲娜正在研究一种药物，大概率就是A药。
9、满月篇
TV371-375集
朱蒂发现了贝尔摩德就是沙朗温亚德，想借此除掉她，却不料被贝姐反打一波，命悬一线的时候，赤井秀一出来向贝姐开了一枪，虽说有防弹衣的保护，但还是被打断了三根肋骨。
情急之下的贝姐挟持柯南逃跑，柯南在身上装了收讯装置，监听到贝姐和BOSS联系的邮箱声音。
贝姐发现后用催眠瓦斯让柯南睡着，而自己则用手枪打自己保持清醒，柯南醒来后发现装置都被破坏，而身上则盖着贝姐的衣服。
10、黑色的冲击
TV459-463集
组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止
11、黑色的影子
TV502-505集
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。
12、红黑篇
TV538-551集
非常非常经典的一个主线篇，水无伶奈执行任务返程后出车祸被FBI救下，期间发现水无伶奈的真实身份是CAI的成员，是在黑衣组织的卧底，也确认了本堂瑛佑和水无伶奈是姐弟关系。
琴酒设计找到了水无伶奈并且最终成功营救水无伶奈，但是回到组织的水无伶奈似乎被怀疑忠诚度，于是琴酒要求她约出赤井秀一并杀死他，水无伶奈按照要求杀死了赤井秀一。
13、列车篇
TV753-756集
组织发现雪莉乘坐了这一趟的列车，并计划杀死雪莉，派出贝姐和波本来执行这一次任务，但柯南早就看穿了这一切，联系怪盗基德假扮雪莉，期间柯南一行人救下灰原哀。
列车到站之后，贝姐发现雪莉还活着，但是贝姐并没有向上报告，波本也开始怀疑赤井秀一死亡的真实性！
14、世良真纯巧妙的安排
TV812-813集
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
15、绯色篇
TV779-783集
非常关键的主线篇，上承列车红黑篇，下接朗姆篇。波本为了验证自己的怀疑，联手贝姐调查赤井秀一假死的事情，波本的疑虑得到了验证，赤井秀一确实还活着，但并不知道就是以冲矢昴的身份或者。
绯色篇的结尾出现了经典的红茶游戏，三个骷髅头杯垫最后都消失了。最后赤井秀一展示了水无伶奈发来的RUM的消息。
16、领妹出场
TV839-840集
“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领域外的妹妹”表示柯南未必符合她的期待。
5. 灰原被琴酒差点死掉的集数
129集（来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件）剧情简介：柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。扩展资料：后续——柯南没想到元太等人也悄悄的跟着他，这时，俊野提起哥哥曾打来电说自己和夏目漱石一样的小说家在一起，柯南仔细想了想便明白哥哥想要传达的信息。
一家在警局旁边的报社引起了少年侦探团的注意，柯南断定这就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察却不相信他们的话，无奈之下，柯南用变声领结给暮目警官打电话，于此同时，元太等人却私自潜入了报社；虽然少年侦探团被发现且命悬一线，不过幸好柯南及时赶到，大家得以解救，至于这个黑衣女人根本不是组织里的人。
回家的路上，灰原识破柯南的身份并说自己是黑衣组织的人，而阿笠博士现在已经……，听到这些，柯南匆忙赶去博士家却发现博士安然无恙...
6. 灰原为什么害怕琴酒
苦艾酒明知道柯南和灰原的身份而没有告诉琴酒，有几点原因：
1、工藤新一（柯南）和毛利兰在纽约救过她的命，而且当时工藤新一所说的“人救人是没有理由的。虽然，人杀人的理由我从来就不明白”，这句话给了苦艾酒很大的震撼。
2、苦艾酒十分的欣赏柯南的能力，不想他死。
3、苦艾酒对黑暗组织有了厌倦之心，柯南是她盼了许久的银色子弹。
4、灰原和柯南现在是连在一起的，如果苦艾酒告诉了琴酒灰原的真实身份，那么很有可能柯南是工藤新一的身份也会暴露。到时候工藤新一和毛利兰也会有危险，甚至会丢掉性命，而苦艾酒并不想他们出事。所以苦艾酒一直都隐瞒了柯南和灰原的身份。扩展资料：名侦探柯南剧情简介高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
7. 灰原与琴酒
TV版第190～192集 与黑暗组织的再会
柯南和灰原放学回家的路上，发现了Gin的车，于是对其进行跟踪，却因Gin发现了跟踪器而不得不放弃。
Pisco暗杀得手后偶尔见到灰原，认出她就是Sherry，乘她和柯南走散用麻药迷昏后藏在酒窖里。
柯南让灰原喝下白干酒变回了成人体形，并从壁炉的烟囱逃至饭店顶楼。不料Gin早已在顶楼守株待兔。在Gin的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。柯南及时赶到，用麻醉枪击中了Gin，同时灰原用尽了全身力气再次由烟囱逃回酒窖，白干效力已过，灰原身体缩小。