1. 琴酒对自己开枪
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……警视厅的松本警视、静冈的横沟警部，神奈川的横沟警部，群马的山村警部，长野的大和警部，崎玉的荻野警部，京都的绫小路警部，长野的上原刑事，当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了……侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（理由是看到她口袋里有手枪形状的东西……）营救之后找她问事情原由。原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？（是目暮的上司!松本……）而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似）之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。组织还没有那么傻，直接和警察对抗。佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多……柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，（估计是要看看有没有旁边听到的人……）直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明（加强的伸缩背带），不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。众多警察赶到，营救成功，欢喜大结局！看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。
2. 琴酒被杀死
凶手是王牌杀手黑泽阵，为了保住atpx4869的研究数据 代号琴酒的黑泽阵用格林机枪杀死了出宫野志保外的所有研究员，所以不死之身的凶手就是黑泽阵。
3. 琴酒向自己手臂开枪
这次来说说名侦探柯南的一位人气角色贝尔摩德，很多人称她为贝姐、柯南干妈甚至柯南亲妈，因为贝姐虽然是反派人物，却一直保护着柯南小兰他们，甚至有人认为贝姐为了柯南，最后都能反了酒厂，对他简直比亲妈还好，而这次我们就来看看贝姐到底救过柯南多少次。
在满月篇主线的时候，贝姐是伪装成新出医生暗中调查灰原的，一次碰巧和赤井、朱蒂同乘一辆车，遇到了抢匪，柯南因为擅自行动被抓到，抢匪们差点一枪打出大结局，结果是化妆成新出的贝姐护住了柯南，救了死神小学生一命。至于贝姐为什么对柯南这么好，是因为在纽约篇的时候，贝姐被新一和小兰所救。
贝姐因为这两个人领悟到了救人是不需要任何理由的道理，为此将两人视为自己的天使，凡事以两人的安危为主。然后在满月篇里，贝姐实施消灭灰原的计划，最后被柯南和FBI妨碍，自己劫持柯南一起逃走，与那位先生联络时被柯南获取BOSS邮箱地址，贝姐想出了两全之策，使用迷烟，自己打伤腿，把柯南的装备破坏后离开。
即使伤害自己，贝姐也没有取柯南性命，属于第2次救了主角的命。而在水无怜奈初登场的章节里，柯南的监听器弄巧成拙，琴酒误以为酒厂被毛利大叔盯上了，大张旗鼓地全军出动，去取大叔性命。又是贝姐一直在琴酒耳边，帮着说好话，再加上赤井出手，终于使得琴酒最后把毛利大叔从黑名单里去除了。当时琴酒是打算和毛利大叔，还有和他有关的孩子一起消灭的，贝姐第3次出手拯救柯南的性命。
再往后贝姐的出场率就减少了不少，只是经常出现在回忆里，而在波本篇的时候，贝姐也是对安室透千叮咛万嘱咐，让他怎么搜查雪莉都无所谓，但一定不能让柯南和小兰受到一丝伤害。直到波本篇结束，与有希子在列车上对决时，贝姐还是念及旧情，没有把那么多知晓酒厂情报的人全都出手解决掉，答应了有希子的比试，暗杀灰原再一次失败后，陪着柯南等人做戏做全套，隐瞒了雪莉其实还活着的重要消息。
如此看来，贝姐多次为了柯南还有柯南身边的人进行了一系列对酒厂不利的行动，甚至比有希子还要宝贝柯南，被称为干妈还有亲妈属实合适。而贝姐有时还会戏弄戏弄干儿子，协助安室调查赤井死亡真相的时候，给朱蒂还有卡迈尔设套，安室成功识破了赤井诈死的计划。目前贝姐最后一次在动画里出场是在背叛的舞台里，伪装成阿梓，写名字时装成小兰的声音，柯南没反应过来被套路一把。
4. 琴酒哪一集给了自己一枪
国语版应该是459~463黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
是好几集连在一起的，是水无怜奈初登场，然后经过一系列案子后，然后琴酒怀疑毛利小五郎是阻碍他们的人，想把小五郎打死，最后赤井秀一出面，狙击了琴酒的狙击镜，让琴酒以为是他干的，保护了毛利小五郎，我记得当时小五郎大叔好像在听赛马······
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理。
承袭赤井秀一和青山的一贯风格，秀一大人最后时刻登场，解救了GIN等人枪口下的毛利及Judy，柯南等人，用精准的枪法打坏GIN捏在手里的沾有柯南指纹的窃听器，险些洞穿GIN左眼，与黑衣组织用狙击枪进行了枪战，穿过GIN狙击枪，击中了GIN的脸颊及胸膛（GIN穿防弹衣），使GIN被迫下达撤退的指令（有史以来第一次看见GIN紧张的表情）。
5. 琴酒被打死
灰原受伤最惨的一次是第178集，被黑衣组织的琴酒枪击。
剧情中，灰原哀是宫野志保的秘密被匹斯可发现，并且匹斯可把灰原哀关进了地窖里。柯南让灰原哀使用白干恢复成年身体并且从烟囱中爬了出来，但是却被琴酒伏击。琴酒不想快速杀死灰原，只是对它进行射击来折磨她。最后在柯南的帮助下，灰原哀最终脱险。
6. 琴酒拿枪
第一种当然是需要我们的毛利小五郎叔叔来背锅啦。毕竟在剧中每集柯南都会因为各种原因而被毛利叔叔ko一顿。而柯南大多数被打的原因都是因为柯南在案发现场到处闲逛，在毛利叔叔眼里这可就是熊孩子的行为，并且还在这么严肃的事情面前，所以柯南经常就在思索如何破案的时候被毛利叔叔一拳打在脑袋上。所以柯南还是很可怜的，破案的是自己，结果功劳全被毛利叔叔抢走了，自己还要受毛利叔叔的欺负。所以第一种办法就是让毛利叔叔用力的打柯南，随后柯南卒，全剧终。
第二种就是让柯南君离开日本，转移到一个没熟人的地方。要达成这个办法还是很容易的，毕竟柯南的父母常年在国外，而柯南也算是一位名正言顺的留守儿童，结果因为使用“微型麻醉器”导致多位市民出现昏迷现象，因此柯南也被日本警方抓获，并没收了“作案武器”，但因柯南由于年龄过小，所以责成监护人严加管教，并将其接至父母身边。所以柯南就离开了日本，开开心心的和父母团聚啦
第三种就是绑架柯南了，毕竟柯南的仇家黑衣组织一直想抓到柯南并消灭柯南，所以完全可以找个时间绑架柯南，并且将其送到黑衣组织的势力范围内，或者直接通知琴酒来解决柯南，而这次相信琴酒的手枪也不会出现卡壳的问题了吧，所以在顺利的开枪后，柯南也名正言顺的消失了，而《名侦探柯南》也完结了。
第四种更加脑洞大开，在灰原哀的帮助下，柯南吃下了身体变大的药水，而当小兰看到自己的男友工藤新一又回到了自己的身边，开心的小兰一头扎进了工藤新一的怀里，结果小兰的发型由于太长太尖瞬间穿过了工藤新一的脑袋，而小兰的一个拥抱也直接让工藤新一离开了我们，实在是让人不忍直视。
第五种更是简单粗暴，直接将《名侦探柯南》扼杀在第一集。在工藤新一在游乐场跟踪黑衣组织时因为被琴酒发现，让琴酒不要阻止搭档伏特加消灭柯南，随后随着伏特加的枪声一响，柯南直接在第一集中就“领盒饭”了
7. 琴酒用枪打自己手臂是哪一集
名侦探柯南朗姆篇起源于绯色的真相，在结尾的时候赤井秀一表示组织no.2出动了，代号为朗姆。
朗姆篇的集数如下：
845-846 三个第一发现者（朗姆身份线索）
865-867 县警的黑暗（【候选人】黑田兵卫初登场）
891-892 关系不好的女子乐队（回忆中的苏格兰威士忌）
916-917 与17年前同样的现场（羽田浩司案相关）
918-919 灵魂侦探杀害事件（琴酒最近一次出场）
921-922 背叛的舞台（安室透与赤井秀一的恩怨来由）
936-937 涟漪中的魔法师（赤井一家）
944-945 新老师的骸骨事件（【候选人】若狭留美初登场）
949-950 隔壁的江户式推理秀（【候选人】胁田兼则初登场）
951-952 手臂白皙的女人（朗姆三选一）
964-965 燃烧帐篷的怪物（黑田VS若狭）
998-999 寻找玛丽亚（BOSS身份揭晓）
1009-1011 充满谜团的鸡尾酒（红茶会谈）
8. 琴酒开枪打自己是哪一集
第十九集
第19集剧情介绍
真田茗死在张三手中
齐志武等人在夜色的掩盖下向日军阵地摸去，真田茗与手下人做好埋伏准备，一想到心上人凌织羽已经去世，真田茗决定拼尽全力死守阵地与八路军对战到底。
八路军在夜色的掩盖下对日军基地发起冲锋，日军士兵猝不及防乱成一团，真田茗藏在暗处枪法精准开枪打死几个八路军战士。
天色渐渐亮起，八路军与日军士兵依然在激战，日军在路上埋下许多地雷，冲锋的八路军战士纷纷踩到地雷光荣战死。
埋伏在不远处的真田茗侍机狙杀八路军战士，铁路桥上的几名日军士兵居高临下架起重机枪压制桥下的八路军战士，赵连长与老黄等人趴在桥下无法抬头，一辆火车从铁路桥上迅速驶过，赵连长想让老黄开枪打中日军火车的油箱，老黄举枪想射被桥上的日军开枪逼得趴回地上。
火车迅速从桥上经过，张三在另一处位置开枪打中火车油箱，油箱起火导致整辆火车爆炸，负责守护火车的真田茗气急败坏带兵追赶张三。
剩余的日军士兵回到将军身边复命，将军得知真田茗私自追赶张三，气怒交加担心真田茗死在张三手中。
张三与李娴淑藏在石头后面与真田茗对峙，真田茗跟一个手下藏在不远的对面，张三正在寻找机会狙杀真田茗，李娴淑计上心来提醒张三应该射击不远处的石头。
张三没有弄清李娴淑的意图，脸上升起不解搞不懂李娴淑为何想射击石头，李娴淑见张三依然没有明白射击石头的作用，只得压低声音向张三讲解，张三听完李娴淑的话方才恍然大悟，射击石头边角可以弹飞石头碎片，坚硬的碎片同样可以跟子弹一样起到杀人作用。
张三在李娴淑的提醒下举枪对准不远处的石头开枪，真田茗从石头旁边经过的时候石头被子弹击中破成碎片扎进真田茗的脑袋里面，真田茗受伤严重掉入河水中，藏在不远处的长泽见真田茗遇害，心急如焚高呼真田茗的名字。
日军因为真田茗遇害架好小炮向张三藏身地点轰炸，张三赶紧带着李娴淑亡命奔逃。两人成功逃出日军的轰炸范围回到营地。
不久之后，八路军首长来营地准备表扬张三，张三屡建奇功深受首长赏识，首长决定颁发英雄奖给张三，同时还要安排张三在英雄表扬大会上致词发表心中感想。阎团长见首长想让张三在英雄表扬大会上致词，心中升起不安安排李娴淑教张三如何在大会上致词。张三的文化水平有限不懂得说堂面话，阎团长心知不让李娴淑教张三致词，张三肯定会在英雄表扬大会上出洋相。
9. 琴酒对自己开枪是哪一集
第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。
第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）
第6集，铃木园子首次登场。
第7集，小兰首次怀疑柯南身份。
第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。
第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。
第14集，广田雅美首次登场。
第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。
第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。
第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。
第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。
第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。
第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。
第118集，帝丹小学小林老师首次登场。
剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。
第124—125集，组织的杀手沼渊己一郎犯案。
第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗杀。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。
第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）
第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。
第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。
第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。
第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。
第181—182集，新出智明登场。
第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店和琴酒交手，成员皮斯可被杀。贝尔摩德登场，奉命寻找雪莉。
第203—208集，生死篇；柯南因保护少年侦探团而负伤，小兰第三次怀疑柯南身份；紧接着，柯南再次恢复身体，扮演黑衣骑士解决案件，和小兰在饭店约会时药效到期。
剧场版5，天国篇；琴酒枪杀电脑工程师原佳明，炸掉西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。柯南用夏威夷学的车技拯救侦探团。
第233—234集，目暮警官的秘密。
第235—238集，黄昏篇；黑羽快斗第二次登场，怪盗基德VS工藤新一；黄昏之馆内家具都有乌鸦的标记，主人是半个世纪前去世的富豪乌丸莲耶。
第241—243集，人鱼篇；组织在自称长生不老的人鱼岛留下的痕迹；疑似与雪莉、琴酒、伏特加、波本有关。
第245—246集，朱蒂老师首次登场。
第249集，贝尔摩德调戏琴酒，易容成新出医生坐公交试探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登场，和朱蒂一起追查贝尔摩德。
第250集，公交车抢劫案解决，柯南救下灰原哀，引起贝尔摩德注意。
第261集，柯南得知琴酒是个左撇子。
第265—266集，灰原哀的高冷个性开始转变。
第272—273集，小兰与赤井秀一偶遇。
第277集，詹姆斯登场，并被歹徒绑架。
第278集，侦探团解决案件，赤井秀一接走詹姆斯。
第291—292集，高木警官告诉柯南关于小五郎资料被盗的事；赤井秀一开始监视毛利侦探所。
第293—294集，小兰开始回忆赤井秀一；贝尔摩德注意灰原哀。
第299集，贝尔摩德的身份暴露，柯南查出来克莉丝•温雅德是组织成员。
第300集，服部平次VS朱蒂老师。
第301—302集，柯南得知克莉丝•温雅德曾经出现在母亲的葬礼，说出了神秘的女人更有魅力的名言。
第306—310集，纽约篇；女明星莎郎•温雅德登场，克莉丝•温雅德是她女儿；一年前工藤解决案件后，小兰偶遇赤井秀一得知他是FBI，并救下贝尔摩德易容的公路恶魔；从此贝尔摩德被感化，称呼小兰“angel”。
第311—312集，沼渊己一郎被判死刑，柯南得知他是组织的成员。
第326—329集，松田阵平首次登场，最后牺牲。
第332—336集，接触篇；第二次掌握组织线索，龙舌兰在威胁游戏工程师板仓卓开发软体。柯南取走板仓卓的日记光盘，在小兰口中得知赤井秀一是FBI。最后，伏特加指纹差点被柯南录取，幸亏有琴酒出现。
第354—355集，阿笠博士回忆灰原哀父亲，宫野厚司。曾出现在新科技发布会，被称为疯狂的科学家。母亲爱莲娜是英国人，宫野厚司留学时相识。
第360—370集，为满月对决做准备；灰原哀重病不起，贝尔摩德以新出医生身份看病，窃听得知雪莉变小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司爱莲娜留给灰原哀的录音带；赤井秀一得知灰原哀是宫野志保，FBI开始暗中保护灰原哀；小兰怀疑朱蒂老师是坏人。
第371—375集，满月篇；贝尔摩德开始追杀雪莉，莎郎和克莉丝以及新出三重身份暴露，曾在二十年前杀死朱蒂父亲，在码头与朱蒂 赤井秀一枪战，小兰救下灰原哀；最后贝尔摩德没有上报柯南和灰原哀的事，因为小兰是她救命恩人，组织boss邮件按键声被柯南录下；赤井秀一和朱蒂身份都揭晓；组织成员卡尔瓦多斯自杀。（主线剧情的高潮，满月对决）
第386—387集，怪盗基德的空中漫步。
剧场版3世纪末的魔术师，怪盗基德得知柯南身份。
第392—393集，真正的新出医生回归。
第419―421集，柯南得知组织boss邮件按键声是日本童谣《七个孩子》。
第428—430集，柯南准备查找boss邮件地址被灰原哀阻止，声称是“潘多拉的魔盒”。
第455―456集，阿笠博士的初恋故事。
第459—463集，冲击篇；FBI和柯南阻止琴酒领导的暗杀活动；基安蒂 科恩 水无怜奈登场；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀一与琴酒对狙，水无怜奈车祸被FBI运往杯户医院。（为红黑对决做准备）
第467—468集，本堂瑛佑登场。
第497―498集，京极真大战黑道组织泥惨会。
第502—505集，贝尔摩德出动调查水无怜奈下落，本堂瑛佑引起柯南怀疑。
第509―510集，怪盗基德盗窃四幅名画。
第512―513集，黑羽盗一和幼年快斗登场，柯南得知KID名称来源于工藤优作。
第519—522集，服部平次和柯南互通情报，白马探登场。
第527—528集，本堂瑛佑父亲是CIA的事情揭晓。
第538—550集，红黑篇；安德烈卡迈尔登场；琴酒用计将水无怜奈夺回组织，成员楠田陆道自杀；詹姆斯告诉柯南，赤井秀一曾前往组织当卧底化名诸星大，代号黑麦，与宫野明美谈恋爱深入组织。两年前准备计划逮捕琴酒，却不小心暴露身份，返回美国后宫野明美就遭到了杀害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；最后，赤井秀一假死，让水无怜奈获得信任成为FBI情报员，使用楠田陆道尸体逃脱。除詹姆斯外都以为赤井秀一真死；水无怜奈发来短信，组织推理能力高超的波本已经开始行动。（主线剧情的大高潮，红与黑的碰撞）
第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，并前往美国准备加入CIA。
剧场版13，漆黑篇；柯南第一次与组织正面对决；成员爱尔兰易容成松本管理管参加警视厅会议，寻找被连续杀人犯取走的组织SD卡，得知柯南真实身份工藤新一。最后，爱尔兰被琴酒命令基安蒂狙击杀死，临死前弃暗投明保护柯南，柯南从东京塔上跳落用足球腰带绑住安全帽击落琴酒的直升机。贝尔摩德称柯南为“银色子弹”。
第556―558集，冲矢昴登场，真实身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家，暗中保护灰原哀。
第562―563集，怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集，死罗神事件，柯南第三次恢复身体。
第588―589集，怪盗基德VS最强金库。
第593―594集，鱼儿消失的一角岩事件，冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集，诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集，银行抢劫案；伤疤赤井秀一登场，引起朱蒂注意。
第629―632集，目标篇；伤疤赤井秀一再次登场，实际上是波本假扮，行动试探FBI探员。引起琴酒的注意，准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井，被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集，白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集，怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集，伦敦篇；柯南第四次恢复，在英国伦敦遇到案件，自称“福尔摩斯的弟子”，并在大本钟下向小兰表白；世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集，灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集，怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集，世良真纯登场，转入帝丹高中。
第702―707集，毒恨篇；世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意，将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集，冲矢昴窃听柯南和阿笠博士，得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场，组织代号：波本； 拜毛利小五郎为师，在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南，获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集，灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集，安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集，灰原哀第二次恢复身体，引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集，列车篇；有希子和贝尔摩德见面，琴酒和伏特加准备炸掉车站，冲矢昴救下世良真纯和灰原哀，安室透身份揭晓，怪盗基德救场，雪莉被报告死亡。
第757—758集，安室透依旧在隔壁咖啡厅打工，并看见了柯南使用麻醉针。从此，安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集，安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集，怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集，小兰回忆自己似乎在以前见过世良，看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集，“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集，柯南向朱蒂通风报信，安室透和贝尔摩德一起行动，窃听对话。
第797―800集，怪盗基德VS京极真。
第807―808集，红衣女事件；世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥，她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集，世良•玛丽首次出现，照片在世良真纯的手机上显示。
第812集，世良真纯告诉柯南 小兰 园子，她曾经去过美国，回国后准备前往二哥那里居住被拒绝，父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住；他们前往世良真纯居住的酒店去玩，遇到杀人案，柯南趁机安装窃听器。
第813集，世良•玛丽识破柯南的阴谋，让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集，柯南向灰原哀通风报信，领妹的事情。
第823―824集，柯南得知安室透的第二个代号“零”；安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀，称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集，绯色篇；赤井秀一假死计划暴露；安室透真实姓名降谷零，日本公安卧底身份揭晓，开始调查楠田陆道自杀的手枪；朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着，水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。（日本公安加入与黑衣组织的对决）
第838―839集，羽田秀吉再次登场，知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手，世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集，大和敢助的左眼受伤，疑似朗姆；黑田兵卫在长野县登场。
第868集，安室透的调查，被琴酒盯上。
第891―892集，苏格兰登场在回忆，成为赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集，羽田秀吉输掉比赛，和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字，想起组织死亡名单也有羽田浩司，把这件事告诉了柯南。
第916―917集，柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案，破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆，资产家阿曼达和羽田浩司一起死去，浅香是她的保镖；冲矢昴告诉柯南，羽案是让他加入FBI的重要案子，和他父亲有关。
第918―919集，柯南继续调查羽田浩司案，小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集，苏格兰自杀原因揭晓，柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案，降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20，纯黑篇；库拉索前往公安内部找卧底名单，得知赤井秀一还活着被狙击轮胎，失忆流落东都水族馆；风见警官登场；组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀，柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机，库拉索牺牲。
第933―934集，世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集，涟漪篇；柯南终于想起来，十年前在英国海滩边玩见过世良一家；柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”，“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI，提及赤井武务。
第940―941集，大冈红叶与伊织无我首次登场；大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集，帝丹小学新老师若狭留美登场，开始一步步试探柯南。
第949―950集，胁田兼则登场，刻意接近小五郎，还有一个义眼，十分诡异。
第951―952集，若狭留美武力拯救侦探团，上了新闻。引起胁田兼则的注意，她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集，黑田兵卫也在调查羽田浩司案，并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人，揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集，剑道大赛；冲田总司首次登场，撩小兰引起柯南不满；大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集，柯南获得灰原哀信任，风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集，柯南第五次恢复，参加京都修学旅行遇上案件，破解案件后和小兰亲吻，开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999，修学篇；工藤新一出现在清水寺暴露，引起轰动。最后，工藤优作和有希子回国帮忙解围，并解开羽田浩司案的真正暗号，乌丸。柯南推理出乌丸莲耶，疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一，让降谷零搜集情报。
第1009―1011集，降谷零回忆宫野明美和爱莲娜，似乎与乌丸集团有关系；紧接着，降谷零夜潜工藤家，被赤井秀一逮着。然后，和有希子和工藤优作开始了红茶谈话。