1. 我要和琴酒分
名柯主线的剧情可以分为与怪盗基德对决篇、与黑暗组织对决篇、交涉篇、零的日常篇等多个篇章的。尤其是琴酒的篇章更加引人注目。
2. 我要和琴酒分手七十五瓶琴酒
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……
（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……
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柯南之预测大结局
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶--一个男孩，取名为工藤柯南……
(二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶--一个女孩，取名为工藤志保
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶--一个女孩，取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：\"我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！\"若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
柯南第987集黑暗组织的秘密（大结局）54
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在小日本警方及柯南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是小日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然gin被枪击倒。真正的gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对小日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场……
兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已……
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而
coolguy十分欣赏的cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打)
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家gino的私生子的秘密后自杀。cris此时说出自己是美国安插
在组织裏的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变)
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。|
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。oz}L
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪……
还有这个版本
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一
最后完结哦
4. 我要和琴酒分手
偶看了动漫周刊啊~青山老师说，其实柯南早就已经有结局了，就是因为柯迷们不想让它完结，所以青山老师不得不一直让柯南破案~ 偶见过柯南的12种结局，但偶觉得都是胡扯的， 贴出来看看啊 （一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶——一个男孩，取名为工藤柯南…… （二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶——一个女孩，取名为工藤志保…… （三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶——一个女孩，取名为毛利洋子…… （四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧…… （五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸…… （六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞…… （七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射…… （八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼…… （九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽…… （十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症…… （十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南…… （十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
5. 我要和琴酒分手68
一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶——一个男孩，取名为工藤柯南…… （二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶——一个女孩，取名为工藤志保…… （三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶——一个女孩，取名为毛利洋子…… （四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧…… （五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸…… （六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞…… （七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射…… （八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼…… （九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽…… （十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症…… （十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南…… （十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
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7. 我要和琴酒分手全文免费阅读
我最近感觉好孤独，虽然你在我身边，可是我总感觉你其实离我很遥远。
我一直在努力的想抓紧我们的幸福，可是总感觉它正在从我的指间悄悄的溜走，每当这个时候我都非常想把你叫到我身边，可是...就算你来了，我也还是感觉孤独，你告诉我，我们的爱是不是越来越淡，越来越少，我们是不是两条交叉的直线，开始走着自己的路，就算相遇了，相爱了，也终有一天会越走越远，最终要分手？
我不是胡思乱想，而是你给我的感觉就是这样，我也不知道原因是什么，所以来问你。
8. 我要和琴酒分手无防盗
可能会在一起。柯南和小兰作为《名侦探柯南》中的主要角色，长期保持着特殊关系和两人之间的感情纠葛，一直是粉丝们津津乐道的话题之一。但是，作为一部长篇连载的漫画作品，它的结局现在还没有确定，甚至连漫画的作者青山刚昌也没有透露过。
目前为止，关于柯南和小兰的结局，都是各种猜测和猜想。一些粉丝们认为柯南和小兰最终能够在一起，有一个美好的结局；也有人则认为两人会因为工作原因无法在一起，最终只能表达彼此的思念。
总之，《名侦探柯南》作为一部长篇连载漫画，其后续的情节和结局一直是粉丝们关注和期待的焦点，也是等待青山刚昌的