1. 工藤新一vs黑衣组织
第1至2集，云霄飞车杀人事件。工藤新一与青梅竹马毛利兰遇上“黑色组织”的大佬琴酒及伏特加，新一解决案件后只顾着看伏特加交易，没想到琴酒在背后来了一棍！还用新一试毒药APTX4869！但新一却没死，而是身体缩小了，从高中生变成了小学生，为了不危及身边的人，化名江户川柯南，寄住在父亲是侦探的毛利兰家里，只有阿笠博士知道实情。
2. 工藤新一活着被黑衣组织盯上
随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的 庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了 其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 命要挟其制作缩小药的解药。
早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。
gin果然在得到解 药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团…… 柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 到。
在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦 中突发灵感而揭开谜题。
3. 工藤新一是黑衣组织boss
在《名侦探柯南》最新播出的999集中，动画版也首次播出了工藤优作推理出乌丸莲耶是黑衣组织老大这件事，也就是二十年来，黑衣组织的BOSS身份终于在动画版中出现了。在之前的剧情中，乌丸莲耶曾经在动画的219集登场，是黄昏之馆的主人，只不过当初没人会想到他就是黑衣组织的BOSS。
4. 工藤新一和黑衣组织
《名侦探柯南》还没完结，结局未知。
黑暗组织一般指黑衣组织，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的组织，一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织。江户川柯南称其为“乌鸦军团”。主人公工藤新一就是被该组织成员琴酒灌下药物APTX4869而导致身体缩小，开始了整个故事。
5. 工藤新一被黑衣组织发现
是的，工藤新一在《名侦探柯南》第58集暴露了身份，被服部平次发现真相。
在“福尔摩斯迷杀人事件”中，由于在案发现场的过度活跃，总能在关键时刻发现线索而引起服部平次的怀疑，最终身份暴露，被服部平次揭穿柯南的真实身份就是工藤新一。
6. 工藤新一和黑衣人有什么关系
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南） 005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人） 013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同） 043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复) 054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死) 057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份) 128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场） 176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场) 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场） 226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（下集） 230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂） 231 诡密的乘客（下集） 242元太的灾难（提到GIN是左撇子) 258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场） 259 来自芝加哥的男子（下集） 269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南） 270 犯罪的遗物 （下集） 271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急） 272 急忙掩饰的忽略（下集） 277 英语教师VS西部名侦探（上集） 278 英语教师VS西部名侦探（下集） 279 迷宫的阴暗（上集） 280 迷宫的阴暗（下集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。） 286 工藤新一纽约事件（事件篇） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） 288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪） 307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴） 308 无声的证据（后篇）（下一集的引子） 309 与黑暗组织的接触（交涉篇） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇） 311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 330金钱买不到的友情（下集） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来） 336 东京现影所的秘密（后篇） 338 四辆保时捷（前篇） 339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言） 343 便利店的陷阱（前篇） 344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片） 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落） 346 寻找P股上的印记（前篇） 347 寻找P股上的印记（后篇） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇） 362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真新出医生回归） 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲) 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向） 425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起） 429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场） 430 无法回到从前的两人(后篇) 462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意） 463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看） 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份受到怀疑） 507 卡拉OK包房的死角（前篇) 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一） 509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 510 柯南VS W暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原） 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人出场） 值得一提的是，005在漫画版中与TV版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而TV版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的，接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕。这段剧情像极了动画版128集，可以说128集是一个补丁，但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到了第128集却变成了只有柯南认识广田雅美，而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。 漫画 01/01 001 现代的福尔摩斯 01/02 002 变成小孩子的名侦探 12/04 114 突如其来的遭遇 12/05 115 炸弹的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 转学生 18/07 177 黑衣女郎 18/08 178 秘密组织成员· 18/09 179 伪装的少女 18/10 180 将死 19/01 181 为什么？ 19/09 189 被狙击的球！ 19/10 190 5万6千名人质 20/01 191 远方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的丧葬行列 24/09 240 不告而别 24/10 241 来自过去的子弹 24/11 242 白色世界 29/03 287 看不见的恐怖 29/04 288 危险讯号 29/05 289 光天化日下的埋 34/11 350 金苹果（1） 35/01 351 金苹果（2） 35/02 352 金苹果（3） 35/03 353 金苹果（4） 35/04 354 金苹果（5） 37/05 377 黑暗的足迹（1） 37/06 378 黑暗的足迹（2） 37/07 379 黑暗的足迹（3） 37/08 380 白雪…黑影… 37/09 381 危险的相遇 37/10 382 顺风车 38/01 383 新兵器！ 41/10 423 到访者留下的谜 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隐藏的真相 42/05 429 月圆之夜和黑宴 42/06 430 染血的幽灵船 42/07 431 隐形人出现 42/08 432 工藤新一登场 42/09 433 面具下的真相 42/10 434 腐坏的苹果 48/09 499 门铃怪客 48/10 500 新的黑衣组织成员 49/01 501 追踪目标！ 49/02 502 新的指令！ 49/03 503 黑衣组织vsFBI 49/04 504 黑衣组织vsFBI 53/07 550 目击者一人 53/08 551 钉子与蛇 53/09 552 锤子的真面目 53/10 553 不可思议的兼职 54/01 554 晚餐的菜单 54/02 555 梦中之星 FILE.595 乌鸦之歌 FILE.596 第二条线 FILE.597 假患者 VOL.58 FILE.598 跟踪，然后…… FILE.599 赤井的过去 FILE.600 孤注一掷 FILE.601 伪装 FILE.602 最终手段 FILE.603 任务 FILE.604 姐弟 FILE.605 意外的嫌疑人 FILE.606 13日又是星期五 FILE.607 卡迈尔的过去 FILE.608 魔法的咒语 VOL.59 FILE.609 钢楔 File.622 红白黄色 File.623 黑白人 File.624 新邻居 File.635 燃烧 File.637 噼里啪啦 File.638 纸飞机 File.639 信息 File.640 解救 File.664 一角岩 File.665 鲭鱼・鲤鱼・鲷鱼・鲆鱼 File.666 杀气 File.680 与危险的二人同行 File.691 柯南VS侦探团 File.700 危险地带 File.701 赤与13的暗示 File.702 炸弹犯的目的 File.703 暴风雪中的真相 File.704 寂静的战争 [编辑本段]内容简介 注：按时间顺序，并非剧集顺序 身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识。 真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。 （莎朗对小朱蒂说的"A secret makes a woman woman”（秘密会使人有女人味）令她印象深刻）。 新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一） 莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）。 龙舌兰找到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织拼命骚扰板仓卓，最后迫使他就范。 新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南。 漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号。 漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死。 黑暗组织10亿抢劫事件 哀的姐姐宫野明美被杀害。 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 哀逃离组织并寄住阿笠博士家。 黑暗中的死角杀人事件，新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。 与黑暗组织的再会 哀被组织成员匹斯克绑架，后在柯南的协助下逃脱，匹斯克因身份暴露被琴酒灭口 （当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。 贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。 危命的复活，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现。 格斗游戏的陷阱 朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。）。 神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人（现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）。 柯南等人认识了来自芝加哥的老人”詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。 佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止（本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）。 犯罪的纪念品事件（案件本身无关紧要，与主线有关就是目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导）。 方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（即赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。个人认为这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令）。 西部名侦探vs英语老师，案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。 中华街雨中的似曾相识。承接前面兰回忆起“戴黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了黄金苹果事件（具体见前）。 无声的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila(即龙舌兰)接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。 柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了），唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了）。 金钱买不到的友情 （剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾瑞娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）。 黑暗中的圈套，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。 博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。 PS：这位卡尔多瓦斯可算是组指出场成员中最霉的一个，连个脸都没露，话没说半句就挂了。 朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。 贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南知道了黑暗组织BOSS的邮箱地址，即“七个孩子”的曲子）。 柯南等人去一钢琴世家，调查“七个孩子”的曲子。 小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。 贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。 小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。 水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织排出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？ 银行抢劫案疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的伤疤。昙花一现后又给在商场的朱蒂老师留下“这里很危险，快逃”的字条。琴以及基蒂安等人欲狙击赤井秀一，却被柯南巧妙地引开。而赤井秀一却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。这又是怎么回事？
7. 工藤新一加入黑衣组织贴吧
波本当然知道柯南是工藤新一。
没有明确安室透知道柯南是工藤新一，不过以他的聪明才智，应该已经推断出来了，柯南小小年纪不可能有那么强大的推理能力，再结合他是黑暗组织的卧底，知道知道药物研发的事情，推断出柯南就是工藤新一。
室透作为日本警方派入黑衣组织的卧底，表面上以私家侦探和餐馆服务生为职业，日常中与毛利小五郎经常接触，我觉得实际上是为了接触柯南。对于这个小身体里面蕴藏着巨大能力的小孩，作为一个那那都有他身影的小侦探，安室透自然是充满了乐趣。
从这里可以看出，安室透接近毛利一家很有可能是因为贝尔摩德的原因。这里可以猜测贝尔摩德与波本有了某种交易。譬如贝姐告诉波本，关注毛利一家可以得到他想要的情报，但必须保护毛利兰和柯南不受伤害之类的。
安室透似乎在名侦探柯南中是一个卧底的存在，他的真实身份已经曝光，作为日本警方派入黑衣组织的卧底。虽然表面上是以私家侦探和餐馆服务生为职业，但是他的行为早已被柯南观察过。不过，柯南对他到底知道多少就不清楚了。
8. 工藤新一黑衣服
光洁白皙的脸庞，透着棱角分明的冷俊；乌黑深邃的眼眸，泛着迷人的色泽；那浓密的眉，高挺的鼻，绝美的唇形，无一不在张扬着高贵与优雅， 浓密的眉毛叛逆地稍稍向上扬起，长而微卷的睫毛下，有着一双像朝露一样清澈的眼睛，英挺的鼻梁，像玫瑰花瓣一样粉嫩的嘴唇，还有白皙的皮肤…… 一张坏坏的笑脸，连两道浓浓的眉毛也泛起柔柔的涟漪，好像一直都带着笑意，弯弯的，像是夜空里皎洁的上弦月。白皙的皮肤衬托着淡淡桃红色的嘴唇，俊美突出的五官，完美的脸型，特别是左耳闪着炫目光亮的钻石耳钉，给他的阳光帅气中加入了一丝不羁…… 只见那人俊美绝伦，脸如雕刻般五官分明，有棱有角的脸俊美异常。外表看起来好象放荡不拘，但眼里不经意流露出的精光让人不敢小看。一头乌黑茂密的头发，一双剑眉下却是一对细长的桃花眼，充满了多情，让人一不小心就会沦陷进去。高挺的鼻子，厚薄适中的红唇这时却漾着另人目眩的笑容。 一个半跪在地面上的紫发男子。那是一个极美的男子，长眉若柳，身如玉树，上身纯白的衬衣微微有些湿，薄薄的汗透过衬衣渗出来，将原本绝好的身体更是突显的玲珑剔透。长长的紫发披在雪白颈后，简直可以用娇艳欲滴来形容。一个男子能长成这样，也是天下少有。 一个十七八岁的少女，一头如墨的黑发散在身后，紫色的蕾丝线将一束小发悬在耳侧，红色的衬衣外是一件方格的蕾丝小礼服，白皙的手腕上悬满了漂亮的镯子，小指上还戴了一个没有任何修饰的银戒，一切的装扮都是那样奢华精致，却让人感觉不出半点多余和累赘，仿佛她本来就应该穿成这样。少女的身后还站着三个大约在20以上的年轻男子，均是面容娇美，体态修长。
9. 工藤新一和黑衣组织半个世纪前的计划
主角是工藤新一的小说有《柯南：我是工藤新一》。是一本连载于飞卢小说网的同人穿越类型的小说，作者是帅的让人砍。
内容简介：特种兵穿越成了工藤新一！
黑衣组织：“这高中的侦探小子，怎么这么能打？”
毛利兰：“新一，有你一直的陪伴，我真的很高兴。”
日暮警官：“什么？被三十几个人包围，还把全部人打成骨折，这正当防卫真厉害了！”
10. 工藤新一的复活~与黑衣组织的对决
第一次变回新一：柯南第一次变回工藤新一是在TV的第49集和第50集的“外交官杀人事件”。
第49集开头就是柯南用变声器和小兰打电话，却因为柯南感冒而被小兰数落后挂掉电话，接着一个名场面出现了，柯南打开电话亭的门，大声的说出了：“我真的时搞不懂女人耶。”在处理案件时候，白干的作用开始了，柯南变回了新一，并在服部误认错犯人的时候，新一及时出现处理了案件，最后赢了服部。
11. 工藤新一是黑衣组织的老大
日本漫画家青山刚昌创作漫画《名侦探柯南》中的角色。“那位先生”即黑衣组织成员对组织首领的称呼。其真实身份至今仍是个谜，在漫画中从未以组织首领的身份露面或者有过一个剪影。
首先，那位先生肯定是一个十分聪明的人，那么，我们可以得到几个可能的人。
1.丸莲耶符合组织BOSS身份的几点猜测：
1）乌丸莲耶死于半个世纪前，和组织成立的时间似乎很相近
2）乌丸莲耶的家徽是乌鸦，乌鸦是黑色，组织的颜色也是黑色，并且BOSS的邮件地址按键音是《七子之歌》（又叫《七只乌鸦》），组织又称为乌鸦军团
3）乌丸莲耶对外宣称99岁死亡，实际可能建立组织开发能使自己“长生不老”的药物而隐匿于世，该药物的半成品有可能就是APTX4869 4）乌丸莲耶是大富翁，有资本建立一个具有一定规模的恐怖组织 5）小哀曾经和柯南提到过，组织在半个世纪以前就和他们有着千丝万缕的联系了……同第一点猜测，乌丸莲耶因此极有可能是组织创始者。
2.黑羽盗一（怪盗基德之父，上一代怪盗基德）是黑衣组织的首领： 在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。 这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？ 这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。 他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。 七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。 从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。 盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。 很多人怀疑他就是黑暗组织的boss。
但是，在《怪盗基德1412》中，黑羽盗一好像是因为调查另一个组织（不是黑色组织），才假装死亡。
3.“阿笠博士=BOSS说”的证据也不少。下面便是经过收集整理的一些证据。
①早在178集，就有了证据浮出水面。他们对灰原的行动了如指掌这点也叫我奇怪，他们似乎非常确定灰原一定会到追思会场，一般人光看头发谁会知道那是谁啊。”但是，如果博士真的是BOSS，这就不奇怪了。在那一段时间柯南和阿笠博士是不在一起的，博士干了什么柯南也不会知道。BOSS和柯南、灰原在去追思会现场之前一直在一起，柯南的安排他也都知道，这样，不就能做到“对灰原的行动了如指掌”了。另外，柯南他们与黑暗组织对抗的一系列里面，无论是176-179集、309-311集、345集，还是425集都有出现，而且对柯南他们的行动掌握的清清楚楚。但是在“红与黑的碰撞”系列中，出现次数相对太少了些，如果说这是因为他在部署什么事（救出水无怜奈),这也不是没可能的。
②阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚蒂。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——那是柯南道尔笔下福尔摩斯势均力敌的对手，被称为“罪犯中的天才”。罪犯中的天才，说的不正是庞大的黑暗组织的BOSS么？
③在178集中间，博士和柯南在车上，博士意示柯南往前面看，只见Gin和Vodka从车上下来，博士从来没看过Gin和Vodka，怎么就知道那就是黑衣组织的人呢？这点就很可疑。
青山冈昌作者，这一生带给了我们巨大的精神财富，我很爱柯南，很喜欢很喜欢，希望作者不要拍完柯南，要一直播下去，如果结局了，柯南粉们不知道要哭的多伤心，所以要加油哦！