1. 琴酒身边谁是卧底
第一位：波本本名降谷零 ，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，组织代号“波本” 由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
第二位：基尔真名本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号“基尔（Kir）”。曾于一次暗杀行动中遭遇车祸昏迷，受到FBI保护。之后在FBI的协助下重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
第三位：伊森·本堂是本堂瑛海（化名水无怜奈）和本堂瑛祐的亲生父亲，同为CIA的谍报员，后潜入黑衣组织进行卧底调查工作，于四年前为掩护同是黑衣组织卧底女儿基尔的身份自杀身亡。
第四位：黑麦威士忌充满神秘感的FBI搜查官
2. 琴酒原来是最大的卧底
1.黑麦威士忌
这位想必大家都很熟悉了，帅气的FBI搜查官赤井秀一。曾打入组织内部，代号“黑麦威士忌”。被组织内部称为“银色子弹”。狙击能力一流，至今还没有发现能与之抗衡的。现以冲矢昴的身份住在新一家。
2.波本
这一位和上一位是死对头了。本名降谷零，化名安室透。真实身份是日本公安警察。潜入组织内部，组织代号波本。也是一个有极强观察力和推理能力的人，和上一位一样都是大帅哥。
3.苏格兰威士忌
上两位的恩怨就是因为这一位。他与安室透同为日本公安警察派入组织的卧底。后因身份被发现，自杀。而安室透却误认为是赤井秀一杀了他，因此与秀一结怨。
4.雪莉
原名宫野志保，在组织里代号为雪莉。是APTX4869的研制者。因姐姐宫野明美被组织杀害，于是与组织反抗。被囚禁后，喝下了APTX4869，变成了小孩。化名为灰原哀住在阿笠博士家。
5.宫野明美
宫野志保的姐姐，秀一的前女友。因想带着妹妹脱离组织，答应组织完成抢劫十亿日元的任务，之后却被琴酒杀害。是一个很善良的女生。
6.基尔
真名为本堂瑛海。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号"基尔"。后因受到FBI帮助，答应向FBI提供情报，条件是FBI需对自己的弟弟本堂瑛佑进行保护。
7.库拉索
是剧场版《纯黑的噩梦》里的主要角色。是朗姆的心腹。入侵警视厅电脑盗得各国间谍名单后，被日本公安警察发现。逃离过程中，被赤井秀一击破轮胎，落入海中，失去记忆。之后得到少年侦探团的帮助，而被感动，背叛了组织。最后为了救人牺牲了。
8.爱尔兰
剧场版《漆黑的追踪者》中的主要人物。因琴酒杀死了自己如父亲般尊重的皮斯克，而讨厌琴酒。无意中发现了柯南的真实身份是工藤新一，向组织隐瞒了自己的发现。之后为保护柯南而死，在死前鼓励新一“无论如何，都要追下去”。
9.贝尔摩德
贝姐可谓是一个复杂性人物了。虽说没有背叛组织，但是知道柯南的真实身份却没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，是很多柯迷眼中女神一般的存在。
3. 琴酒的身边竟然全是叛徒和卧底
琴酒白发的一大原因很可能就是在黑衣组织中过于操劳了，因为在黑衣组织中基本上大事小事都要交给琴酒，琴酒这个角色背负了他本来不应该背负的沉重负担。
动漫一开始他就要帮伏特加收拾残局，打晕了偷听的工藤新一，随后在和抓捕灰原哀的行动中琴酒也是起到了巨大的作用，在这个满是叛徒的黑衣组织中，几乎什么事情都要琴酒去做，琴酒一个人当两个人用如此操劳自然就白发了。
琴酒白发的原因正经来说自然是因为画风的变化，前期和后期的琴酒画风变化是不小的，早期的黄发琴酒相比于后期的银发琴酒的确气质上要差一些，像是琴酒这种角色配上银色的头发才是最能体现气质的。
4. 琴酒是不是卧底
第192集
琴酒射杀了匹斯科后，弹幕满屏都是“专杀自己人”、“琴酒做的最错误的一件事”等等吐槽性的弹幕。琴酒解决掉的人数不胜数，为何观众们对他射杀匹斯科如此不满？
因为作为旁观者的观众们知道，这位仅仅出现了几十分钟的龙套角色，在整个主线里起着至关重要的作用！他的死亡，导致琴酒失去了三样东西
5. 琴酒杀了多少卧底
具体原因作者没有讲明，网友猜测琴酒很有可能是一个卧底。第一次故意放过柯南超明显，明明已经发现柯南躲在柜子里，也已经开到了一半，只需要继续打开就能揪出柯南，但是琴酒就假装很傻没看见，故意不打开。按理说如此谨慎入微的反派角色，怎么可能犯错，明明就是有意思放过柯南。
6. 琴酒身边有多少卧底
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
7. 琴酒的卧底名单
1、赤井秀一
代号：黑麦威士忌
实际身份为卧底在黑衣组织里的FBI搜查官。
2、沙朗.温亚德
代号：贝尔摩德
目前身份成谜，虽为黑衣组织成员，但似乎并未真正敌对柯南等人。
3、代号：基安蒂
黑衣组织狙击手，然而到目前为止，并没有什么卵用……
4、代号：科恩
黑衣组织狙击手×2，没什么卵用×2
5、安室透
代号：波本
呵呵呵，这么帅气的人怎么可能是反面角色，安室透真实身份是潜伏在黑衣组织里的公安警察…
6、广田雅美
化名：宫野明美
真是身份是灰原哀的姐姐，FBI赤井秀一的前女友，后被琴酒枪杀。
7、宫野志保
代号：雪莉
化名：灰原哀
黑衣组织里的科学家，柯南和她自己所服用的毒药APTX-4869就是她所研制，后成为叛徒逃离组织。
8、本堂瑛海
代号：基尔
化名：水无怜奈
真实身份，CIA派来的卧底……
9、代号：库拉索
这个更搞笑了，就在剧场版中出现了一下，不仅完全被小朋友们带节奏，还分分钟被小朋友们策反了……
10、伏特加
琴酒的跟班，算是最忠实的黑衣组织成员了吧，然而成事不足败事有余啊……
其他成员：
皮斯克，死亡
龙舌兰，死亡
卡尔瓦多斯，死亡
宫野厚司，死亡
宫野艾莲娜，死亡
楠田陆道，死亡
沼渊己一郎，被捕
伊森本堂（CIA)，死亡
原佳明，死亡
爱尔兰，死亡
冈仓政明，死亡
（太悲催了，我都不好意思继续写下去了……）
司陶特，死亡
阿夸维特，死亡
威士莲，死亡
阿拉克，死亡
朱乃瑞克，脱离组织
……………………
8. 琴酒是卧底吗官方答案
除了琴酒和小弟伏特加以外，其他大概都是。
波本一一日本公安；
黑麦威示忌一一赤井秀一，FBI卧底；
基尔一一水无怜奈，CIA卧底。
苦艾酒一一不明。
9. 琴酒真实身份是卧底
黑暗组织二把手朗姆三个嫌疑人的分析（自己分析的一些＋借鉴的一些，图透1050话已经凉了，静等两三年后的1100话揭晓答案，立下字据，到时候看看能对多少，朗姆篇拖的太长了14年波本篇结束进入朗姆篇，17年三选一，2020年进一步揭晓了案底，但还是不揭晓朗姆是谁[发怒]）
1.黑田兵卫:初步分析是赤井秀一的父亲赤井务武
a.黑对赤，田对井，兵对务，卫对武。
b.黑田兵卫第一眼见到世良真纯就知道她是女的，正常人第一眼见到世良真纯会以为他是男的，1048话证明，赤井务武17年前离开时候赤井玛丽（玛丽.世良）已经怀了一个女儿，这一点赤井务武应该了解。
c.黑田兵卫有17年前羽田浩司案的回忆，证明17年前他和这个案子有关。
d.黑田兵卫能直接对卧底于黑暗组织代号为波本威士忌的降谷零下命令，当时和降谷零一同卧底于组织的同学组织代号为苏格兰威士忌的诸伏景光，由于卧底身份暴露，当时苏格兰威士忌想要自杀，被FBI卧底代号为黑麦威士忌的赤井秀一阻止，并坦白了自己也是卧底，这时候降谷零从楼梯上来，诸伏景光错以为是其他组织成员而自杀，赤井秀一不知道降谷零是卧底，遂说叛徒的下场就是这样。可见诸伏景光绝对是红方，既然黑田兵卫是零的上司，所以这个卧底计划绝对知情不少，若黑田兵卫是朗姆，则诸伏景光不可能卧底那么长时间，红方会一败涂地。
2.胁田兼则:初步分析是二把手RUM
a.组织对朗姆有很多描述，首先他具有，和其他两位嫌疑人的一样的特征，只有一只眼，其次像女人一样的男人，胁田兼则部分动作女人化，上了年纪的老人，胁田兼则也符合。
b.RUM是个急性子，当看到有人爆料工藤新一在清水寺案发现场破案时，其他两位只是很注意这件事，而胁田兼则则是直接来到了工藤家门口。
3.若狭留美:有可能是黑暗组织boss家族的人
a.和前两位一样若狭留美一只眼为义眼。
b.若狭留美是女的但武力值很高，轻松搞定暴徒，由于像女人一样的男人这是模糊描述，所以rum也有可能是女的。
c.若狭留美有组织最新的APTX4869名单，上面有已经被列为死亡的工藤新一和17年前的羽田浩司。
这样看上去若狭留美也很像RUM，但实则不然。
d.羽田浩司在临死之前利用玻璃的机械化学效应，在水中剪了一面商家宣传的印有“PUT ON MASCARA（涂睫毛膏吧）”的小镜子，只留下了PTON四个字母，除去PTON四个字母，还剩下UMASCARA，这几个字母，赤井秀一和柯南解释为AKASA,RUM即浅香和朗姆酒，工藤优作进一步分析这些字母可以进一步组合KARASUMA,即乌丸，从而推断出组织boss是乌丸莲耶，再看若狭留美，外文名是WAKASA RUMI,重新排列组合之后是KARASUMA WI.即她的姓是乌丸，可以猜测她是乌丸家族的成员。
e.灰原哀感应出她和组织有关 但给她发了好人卡。
d.若狭脑海里有羽田浩司对她说的话，仔细理解最终应该不是若狭杀的他。
某B站up主脑洞，若狭留美是boss乌丸莲耶的女儿，被指婚给了朗姆，但若狭爱上了为人正直的将棋名人羽田浩司，朗姆杀了和羽田浩司会面的大资本家阿曼达，被羽田浩司看穿，若狭让羽田不要插手，但最终RUM还是杀害了羽田，但最终羽田留下了暗号，这也是为什么琴酒曾对伏特加说朗姆17年前把这个案子搞砸了。RUM将若狭带回了组织，若狭受到了组织惩罚，所以手臂上带有伤，这也就解释了若狭留美为什么会有A药名单。
所以综上所述，黑田兵卫是赤井务武，若狭留美是乌丸家族成员，胁田兼则是代号为朗姆酒的组织二把手。17年前，羽田浩司邀请赤井务武一起会见了资本家阿曼达，并一起喝了一份英式下午茶，因为阿曼达是美国人，羽田浩司是日本人，只有赤井务武长期在英国生活，并和娶了英国人妻子玛丽.世良。所以当时赤井务武必在场，组织出于某种目的杀害了资本家阿曼达，RUM后来又杀了羽田浩司，还自以为也杀了赤井务武，没想到羽田浩司留下了暗号，还让赤井务武死里逃生搞砸了那件事。最后朗姆将若狭留美带回了组织。17年后羽田浩司案又被注意到，所以朗姆决定出面摆平这件事。
朗姆是组织二把手，地位在琴酒（给工藤新一喂药的那个黑衣男子）和千面魔女贝尔摩德（苦艾酒）之上一旦身份被揭穿红与黑的决战即将开始。青山刚昌说漫画回到一百卷左右，一卷11话，会到1100话左右，那是也许朗姆身份揭晓，红与黑的对决正式开始。
10. 琴酒身边的卧底
1、皮斯科
在组织中，皮斯可是一位靠着组织的力量成为成功的企业家，与Boss关系密切，是黑衣组织中元老级成员。对外宣称，他的名字是枡山宪三，不知道是化名还是真名。因为在暗杀政治家吞口重彦的行动中被摄影师拍到，留下重要杀人证据，在Boss的命令下被琴酒灭口。
2、龙舌兰
在组织中，龙舌兰是一位体型高大，面目狰狞的凶大汉。他个性十分凶暴，对于柯南这种小孩子都能毫不留情下脚猛踹，说话带有浓厚的关西口音，让人不敢接近。在一次与和满天堂游戏公司社员中岛英明进行交易后，龙舌兰由于错拿了装有炸弹的手提箱，结果被炸死了。
3、卡尔瓦多斯
组织中，卡尔瓦多斯是一名狙击手，与基安蒂和科恩是搭档。他因为喜欢贝尔摩得，所以总是协助她进行任务。作为一名杀手，他擅长用来福枪、猎枪、手枪等武器，不过他最喜欢的还是霰弹枪。在贝尔摩得与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。正是因为他的死，使得基安蒂和科恩无比讨厌贝尔摩得。
4、爱尔兰酒
爱尔兰酒登场于剧场版《漆黑的追踪者》，他的观察能力与智力都很高，格斗技术更是一流，以一己之力能打昏七名警官。曾在贝尔摩得的帮助下，他易容为松本清长潜入警视厅去拿回存有组织成员名单的闪存卡。他与组织中的皮斯可的关系很好，他是将皮斯可当成父亲来敬重的，所以对于杀死皮斯可的琴酒恨之入骨，因此他识破柯南就是新一时，就想将他带到Boss面前，证实琴酒的失职。后来因为他的身份被暴露，所以琴酒想杀他灭口，最后在东京铁塔上，爱尔兰酒为了保护柯南而被基安蒂射杀，在死之前，他鼓励新一“无论如何都要追下去”。
5、苏格兰威士忌
苏格兰威士忌是日本公安打入组织的卧底，与波本安室透是好朋友。后来因为卧底身份曝光，所以他选择自杀身亡。
6、司陶特
在组织中，他是M16(英国军情六处)打入组织的卧底。因为库拉索偷盗了各国打入组织的卧底名单而暴露，最后被科恩射杀于巴士中。
7、阿夸维特
在组织中，阿夸维特是CSIS（加拿大安全情报局）派入黑衣组织的卧底，后因卧底身份暴露，被基安蒂射杀。
8、威士莲
在组织中，她是BND（德国联邦情报局总部）派入组织的卧底，后来卧底身份被曝光，在柏林被琴酒杀死。
9、库拉索
在组织中，库拉索是黑衣组织二把手朗姆的心腹，由于其大脑拥有记忆存储功能而被重用。她身手矫健，曾以一己之力进入公安厅偷盗走各国的卧底名单，并在警方的重重追捕中成功脱身。后来因为撞击失去记忆并且流落到东都水族馆，在那里她得到少年侦探团帮助后被感化，决定背叛组织。最后为了阻止被琴酒他们射落而掉下的摩天轮砸中避难所的游客以及为了救下摩天轮上的少年侦探团，库拉索驾驶吊车阻止摩天轮，由于摩天轮重量巨大，碾轧了其所在的驾驶室。