高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
1 云霄飞车杀人事件新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。
2 董事长千金绑架事件阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。
4 大都会暗号地图事件少年侦探团成立。
5新干线爆破事件
52 雾天狗传说杀人事件漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
13 奇怪的寻亲杀人事件漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
43 江户川柯南诱拐事件工藤夫妇得知柯南身份。
48-49 外交官杀人事件服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54 电玩公司杀人事件柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57-58 福尔摩斯迷杀人事件服部平次知道柯南身份，并开始合作。
128 黑暗组织10亿抢劫事件灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学。
130-131 竞技场无差别胁迫事件灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176-178 与黑暗组织的再会柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可在暗杀得手后偶见到灰原，认出了她是雪莉，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
170-171 黑暗中的死角新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
188-193 危命的复活柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现。
226-227 格斗游戏的陷阱茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
230-231 神秘的乘客本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而茱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是茱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。
242 元太的灾难灰原哀提到琴酒是左撇子。
253-254 本厅刑事恋爱物语4新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259 来自芝加哥的男子柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、Cool Guy。
269-270 犯罪的纪念品事件目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
271-272 匆忙之中的忽略柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278 西部名侦探vs英语老师案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
284-285 中华街雨中的似成相识
286-288 工藤新一纽约事件毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
289-290 光彦森林迷失记灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-308 无声的证据小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
309-311 与黑色组织的接触柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
329-330 金钱买不到的友情阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336 东都现象所的秘密少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338-339 四辆保时捷哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
340-341 厕所里隐藏的秘密博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
343-344 便利店的陷阱茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angel，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）。
346-347 寻找屁股上的印记灰原哀拒绝了证人保护计划。
361-362 帝丹高中校园灵异事件真正的新出医生回归。
374-375 星星和香烟的暗号山村警官给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
394-396 奇异屋宇大冒险柯南得知Boss的手机号。
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。（在这一集中，出现了两个新黑衣组织成员：狙击手基安蒂、科恩）
429-430 无法回头的二人本堂瑛祐登场。
462-465 黑暗组织的影子贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。
484-485 黑色照片的去向柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。
491-504 红与黑的碰撞本堂瑛祐总给柯南不好的感觉。他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
507-508 卡拉OK包房的死角本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509 红白黄色与侦探团水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
511 推理对决！新一VS冲矢昴柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521 杀人犯 工藤新一工藤新一第三次恢复。
542-543 鱼儿消失的一角岩灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
563-564 侦探团VS强盗团脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）
赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581 召唤危机的红色前兆、黑与13的暗示、逼近的黑色时刻、红色的摇摆目标疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616-621 福尔摩斯的默示录工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
622-623 紧急事态252阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
646-647 幽灵旅馆的推理对决
648-650 侦探事务所笼城事件自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中。
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657 博士的视频网站世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668 婚礼前夕自称侦探的安室透登场，在事件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
671-674 侦探们的夜想曲冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676 一丁点都不原谅世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）
结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友