目前南京共有四所军事院校，分别是中国人民解放军南京陆军指挥学院，中国人民解放军海军指挥学院，中国人民解放军陆军工程大学，中国人民解放军南京政治学院。此外，中国人民解放军国防科技大学与中国人民解放军炮兵防空兵学院都在南京设有分校区。
中国人民解放军南京陆军指挥学院，简称为陆军指挥学院，位于南京市浦口区扬子江北岸，是由中央军委联合参谋部主管下的一所军事指挥学院，是我国“2110工程”重点高校之一，其主要目的是为全军培养优秀的指挥人员及后备力量。学校始建于1938年抗日战争时期，前身为新四军游击支队随营学校，历经多次变迁，最终成为今天的陆军指挥学院。
学校以军事学学科门类为主，主要设有合同战术、作战指挥、军队政工等专业，其中合同战术学、作战指挥学、国防动员学已入选全军重点建设学科行列。全院共有13个硕士学位授予权学科以及4个博士学位授予权学科。
中国人民解放军海军指挥学院是一所由海军主管的军事类院校，是我国海军最高学府，其办学目的是为海军培养优秀的中高级指挥人才。学校始建于1952年，其前身为中国人民解放军军事学院海军系，历经变迁，于1986年改称海军指挥学院并延续至今。
学校学科以海军类为主，共有海军战役指挥、海军合同战术指挥、海军师团政治工作等十余个专业，其中海军战役学、海军合同战术学都属全军重点建设学科范围。全院共有10个硕士学位授权学科以及3个博士学位授予权学科，是我国首批军事学硕士学位授权单位。
中国人民解放军陆军工程大学，简称陆军工程大学，由中国人民解放军陆军主管。该校于2017年在中国人民解放军理工大学和中国人民解放军军械工程学院的基础上组建而成。
学校主要培养陆军通信兵、工程兵以及部分新兴专业军官，并涉及部分陆航飞行员、航空机务生长军官的教育。全校共有通信工程、指挥信息系统工程、机械工程等四十余个专业，其中包含军事装备学、兵器科学与技术等六个国家重点学科，并拥有14个博士学位授权点以及20个博士后科研流动站。
学校师资力量雄厚，有3位中国工程院院士与2位长江学者特聘教授，并拥有一位“2014年度全球最具影响力科学家”和“2015年全球高被引科学家”入选者。
学校还拥有4个国家级实验教学示范中心以及多项国家级、军级教学成果，教学实力极强。
中国人民解放军南京政治学院于2017年并入中国人民解放军国防大学政治学院（中国人民解放军国防大学的二级学院）。主要教授军事政治理论，设有政治学、马克思主义理论、军事历史、新闻学、军队政治工作等专业。学校学术能力极强，设有多个科研机构，并获四十余项军级科技成果奖。
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位于南京市的军校有：中国人民解放军工程兵工程学院， 南京炮兵学院，中国人民解放军国际关系学院，南京陆军指挥学院，南京政治学院，中国人民解放军理工大学，中国人民解放军空军气象学院7所。
南京市军校综合实力排名排名第一：中国人民解放军理工大学
排名第二：中国人民解放军国际关系学院
排名第三：南京政治学院
排名第四：南京陆军指挥学院
排名第五：南京炮兵学院
排名第六：中国人民解放军工程兵工程学院
排名第七：中国人民解放军空军气象学院
一、中国人民解放军理工大学优势专业：测控技术与仪器，计算机科学与技术，信息工程，电子工程，系统工程，网络工程，机械工程及其自动化，电力工程及其自动化，应用气象学，大汽探测， 雷达工程，环境工程，应用物理学，应用数学，信息与计算科学，建筑学，土木工程，国防工程指挥，伪装工程，道路桥梁与渡河工程等。
中国人民解放军理工大学虽是一所双非大学，但是却是一所除开国防大学和国防科技大学外第三好的军事类大学。
二、中国人民解放军国际关系学院优势专业：边防情报，国际调研，国防外事，军事联络等。
三、南京政治学院优势专业：政治学，教育学，汉语言文学，外国语言文学，计算机科学与技术，军事，自然科学等。
四、南京陆军指挥学院优势专业：军事训练与作战仿真，作战指挥，人武指挥，军队政工，合同战术等。
五、南京炮兵学院优势专业：炮兵侦查测地分队指挥和英语，榴炮分队指挥，自行火炮分队指挥，计算机科学与技术，反坦克炮分队指挥等。
六、工程兵工程学院优势专业：机械电子工程，车辆工程，机械设计及理论，机械设计制造及其自动化，系统分析与集成等。
七、解放军空军气象学院优势专业：应用气象学，天气探测学，大气动力学，流体力学，应用教学。
明朝在北京一套六部，在南京一套六部，请问南京六部平时做什么？
“南京六部”也是有工作的，并不是闲差！明朝在封建社会算是个特例，在南京和北京拥有两套中央班底。南京的那套中央班底是朱元璋设立的，本来也是唯一一套。后来，朱棣迁都北京之时，为了减轻阻力，在北京建立中央班底的同时，也给南京留了一套。
按理说，全国所有政务，都有北京的六部决策和执行。其实，南京六部级别和北京六部一样。南京六部也有自己的直属片区---南直隶，以及附近的部分江南省份也归南京六部管理。
<明朝的15个省级行政单位>
北直隶、南直隶、陕西、山西、山东、河南、浙江、江西、湖广、四川、广东、福建、广西、贵州、云南。朱元璋建国时，将应天府、苏州府、凤阳府等14个府级单位（相当于现在的江苏省、安徽省以及上海市）划分为“直隶”，直接归中央六部管理。
朱棣迁都北京时，又把原北平布政使司所辖府和州直隶州（现在的北京、天津两市、河北省大部和河南、山东的小部地区）也直隶中央六部，遂称北直隶，和南直隶对应。
<南京六部权限>
南直隶在迁都之后，依然保留下来，给南京六部当做辖区。
南京兵部，管理南直隶辖区的兵权，有49个卫所。
南京刑部，管理南直隶辖区的刑名案件。
南京吏部，管理南直隶辖区的官员京察考功，权力比北京吏部小很多。
南京工部，管理南直隶辖区的营造工程事项。
南京户部，权力大一些，南直隶和浙江、江西、湖广诸省的税粮都归他管理。还有全国的漕运和盐引，也归他。
南京礼部，唯一一个清闲衙门。因为，皇帝在北京，礼仪祭祀等事务也在北京办，这个部门基本上没业务。
由上可以看出，南京兵部和户部的权利相对大点。其他四部之中，礼部最差。
（文|勇战王聊历史）
一个国家或一个组织，通常只有一个中心。明朝却特立独行，在全国设立南京和北京两个中心，配置两套班子。
1368 年，朱元璋在应天府称帝，建立大明王朝。1402 年，朱元璋第四子燕王朱棣攻破南京，从侄子朱允炆手上抢走了大明江山，自立为帝，是为明成祖。
（朱棣）
朱棣自1380 年就藩北平，在北平苦心经营 20 余年，是时北元残余势力也对大明北疆构成威胁。同时为了摆脱南京前朝势力的羁绊，朱棣继位后，即开始迁都事宜。 14 21年正式迁都北京，从此大明王朝形成北京和南京的两京格局。
其实，两京制度并非明朝的原创，东汉的洛阳和西京长安，唐朝的长安和东都洛阳，北宋的开封和洛阳，均是两京并存。但明朝的诡异之处在于，不但有北京和南京两个中心，且在两地分设两套几乎一模一样的官僚机构。
那么，既然北京已经有一套政府机构，南京那套同样的政府机构，又干什么呢？
北京作为天子之地，官僚机构一应俱全，自不必说。南京除了人们熟悉的六部之外，还有都察院，通政司，五军都督府，翰林院，国子监等机构，俨然一派小朝廷的气象，龙椅上只差一皇帝。
一般人认为，南京六部是大明王朝京师六部的备份。明亡时，南京六部这套备份的官僚系统，似乎也未起到力挽狂澜之作用，而常被人诟病，其实不然。
南京六部与北京六部是两套相互独立的官僚系统，互不干涉，品级和职责一致。二者的区别在于人员配备和地域管辖大小方面。
吏、户、礼、兵、刑、工六部，一般设尚书一人，左右侍郎各一人以及员外郎等其他僚属。南京六部一般设尚书一人，右侍郎一人，兵部更无员外郎之职。在人员配备上，南京六部相对简练。在地域管辖上，南京六部一般管辖南直隶及附近区域，今江苏、安徽、上海及其周边，全国其他地方均属京师六部管辖。
（明朝官员剧照）
在人员配备和地域管辖都较京师六部偏少偏小的情况下，南京六部是不是就是个闲职呢？
显然不是。
南京兵部执掌南京周边，南直隶诸州府下设 49 个卫所，会同南京守备勋臣，镇守太监一起负责南京周边防务安全。明代大思想家王阳明就曾担任过南京兵部尚书，并在任上平定南赣，两广盗乱及宁王之乱。
卫所是明朝的军事编制体制，一卫为 5600 人，朱元璋时全国有 300 多个卫所，兵员约 180 万。据此推算，南京兵部所掌兵约 27万人。加之南直隶位于江海之间，虎踞龙盘之地，南京兵部的职责显然十分重要。
南京作为留都，其最高权力机关是由守备，内守备，参赞机务等组成的守备厅会议。南京兵部尚书一般兼任参赞机务，位居六部之首，这与通常意义上六吏部为六部之首，有所差异。
南京户部掌管南直隶以及浙江、江西、湖广等省的钱粮征收，漕运及全国盐引勘合以及黄册的收藏与管理。
三国孙吴对江东进行经营以来，历经五胡时期的“衣冠南渡”，江南得到大规模开发，逐渐成为全国重要的经济中心。至明时，江南赋税为全国之冠，南京户部所掌钱粮税收对大明王朝至关重要。
南京户部所掌钱粮税收除部分自用外，一般要转运至京师交由户部，这仿佛是南京户部隶属于京师户部，其实并没有这么简单。
（明朝皇宫）
江南作为全国的财富中心，南粮北运是历朝历代必为之事。大运河的开凿除了沟通南北加强交流之外，将南方的钱粮赋税转运北方，也是其重要功能。南京户部钱粮转运至北京，是上缴国家和天子，京师户部代表天子和国家接收。
南京吏部负责南直隶地区大小官员的京察考功，王阳明的父亲就曾担任过南京吏部尚书。南京刑部负责南直隶诸司，公侯伯府及卫所的刑名事宜。
南京工部负责南京及南直隶地区的工程营建等事宜，协助户部征收税款，南京户部印刷盐引勘合的铜版，也由南京工部铸造。天子在北京，相关祭祀及庆贺大典等事宜，均由京师礼部负责，南京礼部的事情相对就少很多。
不过，江南地区经济繁荣，崇尚教育，全国一半以上的科举官员出自江南，主持考试也是南京礼部的重要职责。南京的皇陵祭祀以及由海上而来的外国朝贺使团的接待等事宜，也多由南京礼部负责。
两套班子也自有不变之处，明朝前几任皇帝也多有回迁南京之想法。
1421 年朱棣迁都北京，三年后朱棣去世。太子朱高炽继位后，便着手迁都南京，并派太子朱瞻基回南京主持相关事宜。正在北京群臣热火朝天的准备，万事俱备之时，朱高炽却一命呜呼，回迁事宜便不得不放下。
明宣宗朱瞻基即位后，也着力推动迁都南京。其时南京地震频发，皇帝群臣犹豫不决。直到明朝第六任皇帝明英宗朱祁镇即位后，才彻底决定留守北京。
明朝末年，李自成攻入北京，吴三桂引清军入关，北京沦陷。在此危急时刻，南京六部等官僚机构，似乎并没有亮眼的表现，展现其应有的价值。
明朝的衰败是政治、经济、社会、气候和世界格局综合作用的结果。本已存在的南北之争，外加文武之争，诸王之争，都极大地牵扯了南明残存的精力和资源，共同导致南明政权的迅速败亡。
（参考资料：《明史》《明实录》等）