1、外交关系是国家间的外交活动所形成的关系，外交关系主要涉及的是国家间的宏观政治关系和经济关系，外交代表机关，全面代表派遣国与接受国进行外交往来，随着国际形势的发展，外交关系在国家间的经济往来表现的愈加突出，对促进两国之间的贸易往来以及解决两国之间的贸易摩擦都起到了积极的作用。例如，2010年1月6日至17日中国商务部部长陈德铭率中国政府经贸代表团访问土耳其、沙特阿拉伯、埃塞俄比亚、莫桑比克和坦桑尼亚等五国，并作为中国政府特使出席莫桑比克总统格布扎的就职典礼。而领事关系是两国为了处理有关侨务和其他商务问题而在对方国境内设立领事馆开展领事活动所形成的关系，领事关系涉及的主要是国家间的微观经济关系，而领事机关（领事馆），只是就保护本国的公司、企业和个人的经济利益及其他商务与接受国的地方当局进行交往。
2、一般外交活动由各级外交代表进行，而领事活动由领事官员进行。但实践中，也有国家在没有设立领事馆的接受国由使馆来执行领事馆的活动。
3、外交关系可能会因两国关系恶化而断绝，但领事关系并不随之必然断绝。同样使馆的撤回并不必然引起领事馆的撤回。反之，如果两国断绝领事关系，也不必然导致断绝外交关系，两者不是绝对同生共灭关系。
4、名义、地位不同。使馆是由派遣国委派，全面代表派遣国的外交代表机构，它可以直接和接受国中央政府就两国关系中带有全局性的重大问题进行交涉。领事馆不是外交代表机构，它不能直接和接受国中央政府交涉，只能就其领事职务范围内的事同接受国地方当局交涉。
5、职责不同。使馆及外交代表的职责是全面保护派遣国在接受国的利益，它可以调查接受国的各方面的情况并向派遣国报告。而领事馆及领事的职责主要是保护派遗国在接受国的商务及侨民的具体利益，它一般调查接受国的商业、经济、科技、文化等方面的情况向派遣国报告。
6、工作地域范围不同。使馆及外交代表的工作范围是接受国全境：领事馆及领事人员只能在领事管辖范围内活动。
7、不可侵犯程度不一。使馆馆舍绝对不可侵犯。使馆馆舍是供职工使用和供使馆馆长寓居之用的建筑物或建筑物之各部分，以及其所附属之土地。未经使馆馆长许可，接受国任何人不得进入使馆馆舍。在紧急情况下，比如遭遇火灾或抢劫或恐怖分子袭击时，为了使馆利益是否可不经使馆同意而进入使馆，各国对此意见不一，公约对此未作例外规定。我国在加入该公约时作了解释性保留，认为即使在特殊情况下仍需得到馆长的同意方可进入使馆。可见，我国对于使馆馆舍不可侵犯是坚持绝对主义，即在任何情况下都不允许侵犯。领馆在一定程度上不可侵犯。领馆馆舍是指专供领馆使用的建筑物或建筑物之各部分，以及其所附属之土地，不包括领馆寓所。根据领事关系公约第31条第1、2项的规定，领馆只是在专供领馆工作之用的部分享有不得侵犯权。但遇火灾或其他灾害必须迅速采取保护行动时，得推定领馆馆长已表示同意。可以看出，使馆馆舍的不可侵犯程度远高于领馆馆舍，其范围更广，具有整体性，既不仅包括工作用部分，还包括使馆寓所，而且保护更绝对，任何情况都不可以推定馆长同意接受国人员进入使馆。
8、可否征用不一。《外交关系公约》第22条第3项规定：使馆馆舍及设备，以及馆舍内其他财产与使馆交通工具免受搜查、征用、扣押或强制执行。就是说接受国在任何情况下都不可以征用馆舍，没有回旋的余地。《领事关系公约》第31条第4项规定：领馆馆舍、馆舍设备以及领馆之财产与交通工具应免受为国防或公用目的而事实之任何方式之征用。如为此目的确有征用之必要时，应采取一切可能步骤以免领馆职务之执行受有妨碍，并应向派遣国为迅速、充分及有效之补偿。可见，使馆是在一切情况下都免受征用的，而领馆是在一般情况下免予征用，而在特定时期，经接受国政府决定，是可以在给予充分补偿的条件下予以征用。
9、刑事豁免程度不同。外交代表在刑事管辖上有绝对豁免权，在任何情况下都不受接受国刑法规定的管辖。在任何情况下，接受国都不能因为外交官触犯刑法而对其进行起诉、刑事强制措施或刑事审判，而只能有派遣国处理。例如，1919年8月，美国驻瑞士公使馆的助理武官在瑞士境内开车撞死一人，美国政府主张该助理武官的司法豁免权，要求将其交由派遣国处罚。结果，该助理武官受到了美国军事法庭的审判。如果瑞士不交美国处理的话，显然就违背了《外交关系公约》。领事官员只享有相对刑事管辖免权，根据《领事关系公约》第41条第1项的规定，领事一般享有刑事管辖豁免，但是有例外，在领事犯了严重罪行或为了执行有确定效力的司法判决，可以予以逮捕或羁押。1988年12月2日，美国警方在距芝加哥50公里外的一个加油站，以严重违反美国法律为由，逮捕了南斯拉夫驻芝加哥总领事比耶迪奇。理由是贩卖毒品罪，依美国法律可被判处5年徒刑或25万美元罚金。美国此举并没有违反《领事关系公约》，可以看出，领事在一定条件下是需要受接受国的刑事管辖的。