发酵罐的清洗是非常重要的，但是很多人不太会，不但没有清洗干净，反而可能导致更不好的后果。所以清洗方法非常重要。
因为发酵罐采用自然酵母发酵时，需要洗干净，无残留酒石霉菌即可，不必消毒，泵及管道每次用后用高压水冲洗。
发酵过程会产生大量的蛋白质 、酒花树脂、多糖、酵母等有机物和草酸钙、硫酸盐等无机物，在发酵罐清空后，有机物和无机物污物附着在罐壁上，呈黄褐色。酒石数量多时，表面呈现白色，如同盐碱地表皮一样，无机物与有机物相互交织在一起。
清洗时使用火碱，只是对去除有机物有作用，清洗温度达到80℃以上，才会有较好的清洗效果。
清洗时采用单一的硝酸进行清洗，只是对无机物有一定效果，对有机物几乎无效。而发酵罐壁所结污物为无机物和有机物的混合物，使用单一清洗剂清洗困难。因此，有的啤酒厂每年都会对发酵罐进行一次大清洗，彻底清刷发酵罐。
诸多因素会致使发酵罐经过几年的使用后，会产生很多脏物质，比如罐壁积累了一定量的污物，使用常规清洗工艺难以彻底清除。故每4至5年，可利用生产淡季对发酵罐进行深度清洗。这是最好的方法。