清酒酿造过程中所需的主要原料为水、米、曲，除此之外还需要酵母和乳酸菌。上述的几种原料为清酒的主原料，在主原料之外还需使用调整酒类酸度的副原料才能产出完美的清酒。
[编辑] 水经过科学的分析，可以得知水大约占了清酒内容物的百分之八十。一般在酿造清酒时主要使用地下水，但在水质良好之地区亦有直接使用自来水的现象。而酿酒时所使用的水可谓左右了清酒的品质，甚至有建于都市地区的酿酒厂为了造出美味的日本酒而从水源区运水至厂房。
判定水质优劣的一个条件为水的硬度。一般日本所使用的硬度标准采用美制，然而在酿酒界所采用的标准却是德国制，但近年因国际势力消长之故，逐渐有往美制倾斜的趋势。若单单只进行粗略地分类，使用硬水酿造的酒口感较烈，而使用软水酿造的酒则口感较甘。原因是在硬水的环境之下，酵母的活性较使用软水时高，酒精发酵（亦即糖分的分解）速度加快；反之在使用软水时，酵母活性低落，发酵的程度便低于硬水。
从江户时代开始，生产日本美酒的滩五乡便使用被称为“宫水”的硬水。然而在十九世纪时，广岛县的三浦仙三郎开发出了软水酿酒法。以往主要是以硬水做为酿酒用水，但因为软水酿出的酒类较合现代人的胃口，因此酿酒用水有逐渐往软水倾斜的趋势。
从古至今，日本生产名酒之处皆离河川不远。酿酒所用的水大多是由河川直接取得或是抽取地下水。虽然水是生产清酒的主要原料之一，但厂商并没有标示水质及水源地的义务。然而这并不意味着厂商在这方面不需要受到监督，事实上在建厂开始生产清酒之前，厂商需将水源地的水送交地方的酿造试验所与食品试验所接受测试。
在此值得一提的是，与中国大陆相较之下，日本各地的水质基本上差异并不会太大。在太平洋战争爆发之时，居住于满州的日本人为了酿造品质优良的日本酒，在寻找优质的水源时可说是吃足了苦头。
另外，除了酿造酒类时所使用的原料水需要受到规范，用来清洗酒瓶及厂房设备的水亦须受到监督。因为若使用劣质水清洗酒瓶和机具，残留下来的水滴会影响酒的纯度及品质。
[编辑] 米主条目：酒米
在优良的水质之外，酿造优良的日本酒亦需要高品质的米。米为谷类的一种，最大的特点为富含淀粉，而淀粉是酵母发酵时所需要的能量来源，故原料米的品质亦左右了酒的品质。
在发酵这一点上，东亚文化圈和西方文化最大的不同在于西方文化主要使用水果类作为发酵物；而东方文化圈如日本与中国等主要是使用米类作为发酵物。而在正式名称的界定之上，我们将西洋文化圈的酿造方式订为单发酵文化圈，而东亚文化圈所采用的酿造方式则称为复发酵文化圈。值得一提的是，东亚文化圈除了酒类之外，亦利用发酵技术制造酱油、纳豆等调味料与食品。
以用途而言，酿酒时所用的米有曲米和挂米。曲米通常使用酿酒专用的酒米（又称酒造好适米）；挂米则较常使用一般的食用米。
[编辑] 酵母在酿酒过程中另外一项值得注意的必需品为酵母。酵母在生物学上是属于真菌类的单细胞生物。而在自然界中有超过十万种的酵母存在，而彼此又各具有不同的特性。而酵母可谓决定酒类的口感、香气与品质的最大关键，而专用来酿造日本酒的酵母称为“清酒酵母”。
在制造日本酒的过程当中，发酵是一个相当重要的步骤。日本酒与洋酒最大的不同之处在于日本酒的原料谷类本身不含糖分，需要经过糖化的步骤才能产生糖分。因此日本酒最大的特性便是同时进行发酵与糖化的制造过程，我们将之称为“并行复发酵”。
在尚未进入科学时代之前，古人们的酿酒方式为将米与水混合，使原本就存在于空气之中的酵母自然增生，尤其是使用酒窖中大量存在的酵母。主因是酒窖中存在的酵母通常是以该酒窖中所存放的酒类占多数。然而这样缺乏科学化管理的制造技术有许多的缺点，因为制造者无法控制该次发酵会取得何种酵母。也因为如此，因此能否酿造出品质优良的酒类只能仰赖运气，造成了酒类品质的低落与原料的浪费。
而在明治时代之后由于西学东渐，日本在引进了微生物学后，也掌握了分离菌株而后培养的技术，日本人则透过此技术欲提升酿酒成品的品质。西元1911年（明治44年），日本酿造协会进行了大规模的酵母采集，并在专家评鉴之后订出了第一名的酵母。在评鉴之后大量培养并分散至全国，这类酵母则称为“协会N号”（视其品种不同，N为不同的数字）。而外界则将此类酵母统称为协会系酵母或协会酵母。
传统的日本酒只有米类的香味，而不似洋酒有果类的香味。而使日本酒具有浓烈香气的最大功臣乃是吟酿酒的诞生。而吟酿酒的酵母则为协会7号与协会9号。
而在1980年代时，由于吟酿酒在消费者间受到广大的欢迎，因此在协会系酵母之外，亦研发了少酸性酵母、苹果酵母等新一代的酵母。目前各大学及研究机构也持续进行着新酵母的研究。
然而吟酿酒浓烈的香气也并非没有缺点，如香水般过度浓烈的香气事实上是有损于酒类的口感的。也因为这个原因，在存放时需要特别处理。
[编辑] 分类方式根据原材料和制作方法，清酒可分为普通酒和特定名称酒两种。而根据日本国税局公告之《清酒酿造品质的表示基准》，特定名称酒又可分为吟酿酒、纯米酒、本酿造酒三种：
本酿造酒―加入少量酿造酒精来调节香气和味道。适合加热后饮用。
纯米酒―单用米与米曲制造的酒，完全不添加酿造酒精。饮用时冷、热皆宜。
吟酿酒―使用特别酵母，进行长期低温发酵的酒，有独特的香气与味道。一般不加热饮用。